HHsearch 1.5 NAME c3kwrA_ FAM FILE c3kwrA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3kwrA_.a3m DATE Sat Aug 28 15:46:39 2010 LENG 83 match states, 83 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4487 1.2244 SEQ >ss_dssp CCEEEEEEEECSSSEEEECTTCGGGCEEESSHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCCCCCCGGGCCCCTTEEEEEEECCCCCCSTTC >sa_dssp ECDBAABACDDEEDCBACBDCBEEAECEBEDDEDABDDACEBACECBEEEEECEDCDCEECDDDEDBDCCDBDCCEEDEDEEE >ss_pred CCCCCEEEECCCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEEHHCCCCCCCCCEEEEECCEEEEEEEECCEEECCCC >ss_conf 96355357026626665338873110026358976146653345543010388988864477404308999972010324789 >Consensus evkypaifrdegtywdvrfpdvpaaqtfgasvqvaadnaanalaialfeqslppasdpqywrlastefvvwitxadvqfgpga >c3kwrA_ EVKYPAIFRDEGTYWDVRFPDVPAAQTFGASVQVAADNAANALAIALFEQSLPPASDPQYWRLASTEFVVWITXADVQFGPGA # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 V 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 4 0 * * * * * * 1000 0 0 P 5 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 F 8 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 D 10 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 T 13 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 14 0 * * * * * * 1000 0 0 W 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 V 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 F 19 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 P 23 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 F 28 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 D 37 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 N 41 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 A 42 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 A 44 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 F 48 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 E 49 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 P 53 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 P 54 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 D 57 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 P 58 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 59 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 60 0 * * * * * * 1000 0 0 W 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 A 64 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 F 68 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 W 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 I 72 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 T 73 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 X 74 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 74 * * * * * * * 1000 0 0 A 75 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 V 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 F 79 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 G 80 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 G 82 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //