HHsearch 1.5 NAME c3kvpF_ FAM FILE c3kvpF_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3kvpF_.a3m DATE Thu Jan 10 01:36:25 2013 LENG 42 match states, 42 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5071 3.6216 SEQ >ss_dssp CCCEEEECSTTEEEEECSSCEEEEEEETTTTEEEEEEECCC- >sa_dssp EEEEEDEDEEDCCABDDEEECCCCCCCEEDEDEDDEEDDEE- >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEHHHCCC >ss_conf 987535431231110347709999954865435551530589 >Consensus pqptsfplehnhfgvxedgyikiyeynesrnevklkkeyadd >c3kvpF_ PQPTSFPLEHNHFGVXEDGYIKIYEYNESRNEVKLKKEYADD # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 P 7 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 H 10 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 H 12 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 F 13 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 X 16 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 16 * * * * * * * 1000 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 K 22 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1000 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1000 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 N 31 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 D 42 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //