HHsearch 1.5 NAME c3kbyB_ FAM FILE c3kbyB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3kbyB_.a3m DATE Thu Oct 28 12:51:09 2010 LENG 145 match states, 145 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4208 0.0795 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHTGGGGGGTGGGSCCSSHHHHHHHHHHHHHTTTTTTSHHHHHHHHHHTSHHHHTTSCGGGCSSTTGGGEETTEECHHHHHSCHHHHHH HHHHHHHTTCCCSSSCHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHTTTCC >sa_dssp EDECDDDBEDBCEDCEDAEECBDEBCBDDDDACDBADDBBEDBEECCEDCCBAABAAAAABCDACEDBEBEEBEDBBDBADDEEDCCEDAEEBCECBBCA AABABCDDECECCEECADDCADEEBDEDCCDBCDAADBABEBECE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEECHHCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHCCHHHHCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHCCHHHHHH HHHHHEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEEHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9604778998875333344421002345001015712788897245578520140423660645201000004785379971477100011000119977 543301110133335762046777421001200024343543039 >Consensus gshxfnvleqqiihsxdmaxfrxeffyvnhehrenyealliyykxsxdnpvvdgacyilalpeifnxvdvfesxlpfxwvydengxxxtmksxsvplqyl iaaalevtdvnifkpsgftmgmnnwniaqlrifwqyxaivrkeal >c3kbyB_ GSHXFNXLEQQIIHSQDXAHFRSEFFYVNHEHRENYEALLIYYKNSIDNPIVDGACYILALPEIFNSVDVFESELPFSWVYDENGITETXKSLSIPLQYL VAAALEVTDVNIFKPSGFTXGXNNWNIAQXRIFWQYTAIIRKEAL >UniRef50_Q5HQB6(16-156:156) Putative uncharacterized protein n=8 Tax=Staphylococcus RepID=Q5HQB6_STAEQ E=9e-65 s/c=1.74 id=83% cov=98% ----FNVLEQQIIHSKDMALFRNEFFYVNHEHRENYEALLIYYKDSLDNPVVDGACYILALPEIFNKVDVFESDLPFTWVYDENGLSDTMKSISVPLQYL IAAALEVTDVNIFKPSGFTMGMNNWNIAQLRIFWQYCAIVRKEAL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 X 4 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 4 * * * * * * * 1000 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1087 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1087 0 0 X 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1087 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1087 0 0 Q 10 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1087 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1087 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1087 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1087 0 0 H 14 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1087 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1087 0 0 Q 16 * * * * * * * * 940 * * * * 1063 * * * * * * 16 0 * * * * * * 1087 0 0 D 17 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1087 0 0 X 18 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1087 0 0 H 20 * * * * * * 1063 * * 940 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1087 0 0 F 21 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1087 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 22 0 * * * * * * 1087 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * 940 * * * 1063 * * * * 23 0 * * * * * * 1087 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1087 0 0 F 25 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1087 0 0 F 26 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1087 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1087 0 0 N 29 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1087 0 0 H 30 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1087 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1087 0 0 H 32 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1087 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1087 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1087 0 0 N 35 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 36 0 * * * * * * 1087 0 0 E 37 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1087 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1087 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1087 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1087 0 0 I 41 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 42 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 43 0 * * * * * * 1087 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1087 0 0 N 45 * * 940 * * * * * * * * 1063 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1087 0 0 S 46 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 46 0 * * * * * * 1087 0 0 I 47 * * * * * * * 1063 * 940 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1087 0 0 D 48 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1087 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1087 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1087 0 0 I 51 * * * * * * * 1063 * * * * * * * * * 940 * * 51 0 * * * * * * 1087 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 52 0 * * * * * * 1087 0 0 D 53 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1087 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1087 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1087 0 0 C 56 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 57 0 * * * * * * 1087 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1087 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1087 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1087 0 0 L 61 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1087 0 0 P 62 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1087 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1087 0 0 I 64 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1087 0 0 F 65 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1087 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1087 0 0 S 67 * * * * * * * * 940 * * * * * * 1063 * * * * 67 0 * * * * * * 1087 0 0 V 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 68 0 * * * * * * 1087 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1087 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1087 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1087 0 0 E 72 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1087 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 73 0 * * * * * * 1087 0 0 E 74 * * 940 1063 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1087 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1087 0 0 P 76 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1087 0 0 F 77 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1087 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 1063 940 * * * 78 0 * * * * * * 1087 0 0 W 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 79 0 * * * * * * 1087 0 0 V 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 80 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 81 0 * * * * * * 1087 0 0 D 82 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1087 0 0 E 83 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1087 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1087 0 0 G 85 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1087 0 0 I 86 * * * * * * * 1063 * 940 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1087 0 0 T 87 * * * * * * * * * * * * * * * 940 1063 * * * 87 0 * * * * * * 1087 0 0 E 88 * * 940 1063 * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1087 0 0 T 89 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 89 0 * * * * * * 1087 0 0 X 90 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1087 0 0 S 92 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 92 0 * * * * * * 1087 0 0 L 93 * * * * * * * 940 * 1063 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1087 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1087 0 0 I 95 * * * * * * * 1063 * * * * * * * * * 940 * * 95 0 * * * * * * 1087 0 0 P 96 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1087 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1087 0 0 Q 98 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 99 0 * * * * * * 1087 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1087 0 0 V 101 * * * * * * * 940 * * * * * * * * * 1063 * * 101 0 * * * * * * 1087 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1087 0 0 A 103 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1087 0 0 A 104 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1087 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1087 0 0 E 106 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1087 0 0 V 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 107 0 * * * * * * 1087 0 0 T 108 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 108 0 * * * * * * 1087 0 0 D 109 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1087 0 0 V 110 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 110 0 * * * * * * 1087 0 0 N 111 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1087 0 0 I 112 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1087 0 0 F 113 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1087 0 0 K 114 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1087 0 0 P 115 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1087 0 0 S 116 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 116 0 * * * * * * 1087 0 0 G 117 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1087 0 0 F 118 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1087 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1087 0 0 X 120 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 G 121 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1087 0 0 X 122 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1087 0 0 N 124 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1087 0 0 W 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 125 0 * * * * * * 1087 0 0 N 126 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1087 0 0 I 127 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1087 0 0 A 128 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1087 0 0 Q 129 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 129 0 * * * * * * 1087 0 0 X 130 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 R 131 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 131 0 * * * * * * 1087 0 0 I 132 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1087 0 0 F 133 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1087 0 0 W 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 134 0 * * * * * * 1087 0 0 Q 135 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 135 0 * * * * * * 1087 0 0 Y 136 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 136 0 * * * * * * 1087 0 0 T 137 * 940 * * * * * * * * * * * * * * 1063 * * * 137 0 * * * * * * 1087 0 0 A 138 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1087 0 0 I 139 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1087 0 0 I 140 * * * * * * * 1063 * * * * * * * * * 940 * * 140 0 * * * * * * 1087 0 0 R 141 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 141 0 * * * * * * 1087 0 0 K 142 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1087 0 0 E 143 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1087 0 0 A 144 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1087 0 0 L 145 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 145 0 * * 0 * * * 1087 0 0 //