HHsearch 1.5 NAME c3jzaB_ FAM FILE c3jzaB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3jzaB_.a3m DATE Sat Aug 28 22:10:07 2010 LENG 193 match states, 193 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4181 -0.4738 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHGGGGTTCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCSSCCSHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHSCTTCCCCCCGGGCCCHHHHHHHHHHHHHHHSCTTCEETTEEHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHHHCCCTTCSSCCCC >sa_dssp EDDEDCBDDACDCACDABDCADEDDCDBAADCACDACDCAEECEBDCEBACEDAEECEBCDCABABBDBBECBACCABEBADCEDBDECABDCADDBCEB BDBACDACBDEEDEDECCEEDECDCBEAABBAADBACEDBEEECEADDABACCAADDABDCADECCEEEDDDEECBDEBBCCABDEDEDECED >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHH HHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCC >ss_conf 9511112458886421565654054136787679999998732674422382002464370268999987300000234454422100471378888655 566542212765567999771124268999999999863180012232104788643679999766424888899999974055468887349 >Consensus vtrienlenakklwdnansmlekgnisgylkaanelhkfmkeknlkeddlrpelsdktispkgyailqslwgaasdysraaatltestvepglvsavnkm saffmdcklspneratpdpdfkvgkskilvgimqfikdvadptskiwmhntkalmnhkiaaiqklersnnvndetlesvlsskgenlseylsy >c3jzaB_ VTRIENLENAKKLWDNANSMLEKGNISGYLKAANELHKFMKEKNLKEDDLRPELSDKTISPKGYAILQSLWGAASDYSRAAATLTESTVEPGLVSAVNKM SAFFMDCKLSPNERATPDPDFKVGKSKILVGIMQFIKDVADPTSKIWMHNTKALMNHKIAAIQKLERSNNVNDETLESVLSSKGENLSEYLSY # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 K 12 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 W 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 D 15 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 M 20 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 G 24 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 29 0 * * * * * * 1000 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 N 34 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 H 37 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 F 39 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 M 40 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 D 48 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 D 49 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 P 52 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 T 58 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 S 60 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 K 62 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 G 63 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1000 0 0 A 65 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 I 66 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 S 69 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 W 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 G 72 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 77 0 * * * * * * 1000 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 A 82 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 T 83 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 T 85 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 E 86 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 T 88 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 E 90 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 P 91 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 L 93 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 V 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 S 95 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 A 96 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 V 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 K 99 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 M 100 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 F 103 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 F 104 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 M 105 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 C 107 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 K 108 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 L 109 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 P 111 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 N 112 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 E 113 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 R 114 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 A 115 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 T 116 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 P 117 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 D 118 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 P 119 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 D 120 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 F 121 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 K 122 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 V 123 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 G 124 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 S 126 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 K 127 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 I 128 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 V 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 I 132 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 M 133 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 134 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 F 135 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 I 136 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 K 137 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 D 138 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 V 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 A 140 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 D 141 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 P 142 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 T 143 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 S 144 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 K 145 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 I 146 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 W 147 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 M 148 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 H 149 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 N 150 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 T 151 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 K 152 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 A 153 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 L 154 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 M 155 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 N 156 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 H 157 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 K 158 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 I 159 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 A 160 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 A 161 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 I 162 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 163 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 K 164 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 L 165 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 E 166 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 R 167 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 S 168 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 N 169 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 N 170 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 V 171 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 N 172 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 D 173 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 E 174 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 T 175 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 L 176 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 E 177 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 S 178 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 V 179 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 L 180 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 S 181 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 181 0 * * * * * * 1000 0 0 S 182 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 182 0 * * * * * * 1000 0 0 K 183 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 183 0 * * * * * * 1000 0 0 G 184 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 184 0 * * * * * * 1000 0 0 E 185 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 185 0 * * * * * * 1000 0 0 N 186 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 186 0 * * * * * * 1000 0 0 L 187 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 187 0 * * * * * * 1000 0 0 S 188 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 188 0 * * * * * * 1000 0 0 E 189 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 189 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 190 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 190 0 * * * * * * 1000 0 0 L 191 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 191 0 * * * * * * 1000 0 0 S 192 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 192 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 193 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 193 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //