HHsearch 1.5 NAME c3dl8D_ FAM FILE c3dl8D_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c3dl8D_.a3m DATE Tue Mar 9 04:46:18 2010 LENG 35 match states, 35 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.5142 2.8245 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp DEDDDCCDCDCDCDDCCCCCCCDCDCCCDCCDDDD >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 92235679999999999999875999999994059 >Consensus xatisviifslxxgiylwixdlsftkixsfixxxr >c3dl8D_ KATISVIIFSLAIGVYLWILDLTFTKIISFILSLR >UniRef50_B4U731(28-61:66) Preprotein translocase, SecE subunit n=2 Tax=Aquificaceae RepID=B4U731_HYDS0 E=5e-05 s/c=1.44 id=66% cov=100% RATVSVIIFSLFFGIYLWIVDLSFTKILSFIFGI- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 1 0 * * * * * * 1251 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1251 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1251 0 0 I 4 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 4 0 * * * * * * 1251 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1251 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1251 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1251 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1251 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1251 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1251 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1251 0 0 A 12 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1251 0 0 I 13 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1251 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1251 0 0 V 15 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 15 0 * * * * * * 1251 0 0 Y 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 16 0 * * * * * * 1251 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1251 0 0 W 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 18 0 * * * * * * 1251 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1251 0 0 L 20 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 20 0 * * * * * * 1251 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1251 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1251 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 23 0 * * * * * * 1251 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1251 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1251 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1251 0 0 I 27 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1251 0 0 I 28 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1251 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1251 0 0 F 30 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1251 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1251 0 0 L 32 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1251 0 0 S 33 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 33 0 * * * * * * 1251 0 0 L 34 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1251 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //