HHsearch 1.5 NAME c3di3A_ FAM FILE c3di3A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c3di3A_.a3m DATE Thu Mar 11 21:22:31 2010 LENG 118 match states, 118 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4317 0.4817 SEQ >ss_dssp CCSHHHHHTHHHHHHHHHHHTTTCCTTTCCCCCHHHHHSCCCSSCCHHHHHHHHHHHGGGCCSSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCCCCCCCCCHH HHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEDEEBCEEBCDBACDACEEBDECDEEDEEDDCEBCDCCDCEEEDCCDBACEABCCADBBBDDEDECEDBDCACEAADCBDECCDEDEDDDEEEEDEDDC BACCAADCACDABDCDDE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9602335567773999998884138788777778999862455202468876443099986037510145777653134114421005666667655668 999999999999998619 >Consensus KdGkxYesVLMiSIdxlLDxMxxxxsNCxNNExnffkkHxCDxnKexxflxraaRKlxqfxkxnxsxxfxxhlxxvsqgtxxllnctxxvKeQkKxndlC fLkrLLqeIKTCWNKILx >c3di3A_ KDGKQYESVLMVSIDQLLDSMKEIGSNCLNNEFNFFKRHICDANKEGMFLFRAARKLRQFLKMNSTGDFDLHLLKVSEGTTILLNCTGQVKGQKKLNDLC FLKRLLQEIKTCWNKILM >UniRef50_Q5FBY9(1-133:133) IL7 nirs variant 2 n=6 Tax=Homo sapiens RepID=Q5FBY9_HUMAN E=2e-45 s/c=0.63 id=77% cov=83% KDGKQYESVLMVSIDQLLDSMKEIGSNCLNNEFNFFKRHICDANK------VKGRKPAALGEAQPTKSLEEN---------------KSLKEQKKLNDLC FLKRLLQEIKTCWNKILM >UniRef50_P10168(1-153:154) Interleukin-7 n=7 Tax=Muridae RepID=IL7_MOUSE E=3e-60 s/c=1.19 id=68% cov=99% KEGKAYESVLMISIDE-LDKMTGTDSNCPNNEPNFFRKHVCDDTKEAAFLNRAARKLKQFLKMNISEEFNVHLLTVSQGTQTLVNCTSKeeknVKEQKK- NDACFLKRLLREIKTCWNKILK >UniRef50_D2HR10(1-179:179) Putative uncharacterized protein (Fragment) n=3 Tax=Laurasiatheria RepID=D2HR10_AILME E=2e-57 s/c=1.13 id=60% cov=100% KDGREYQHVLMISIND-LDTMIKNRTNCPNNEPKVLKKHACDDNKEGMFLYRAARKLKQFVKVNNSEDFNLHLSRVSQGTLQLLNCTPKvikslkknktk lpslgkvqptknlednksVKEQRKQKSLCSLGILLQKIKTCWNKILR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1540 0 0 D 2 * * 431 1952 * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1540 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1540 0 0 K 4 * * * * * * * * 487 * * * * * 1802 * * * * * 4 0 * * * * * * 1540 0 0 Q 5 1952 * * 1802 * * * * * * * * * 1137 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1540 0 0 Y 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 6 0 * * * * * * 1540 0 0 E 7 * * * 487 * * * * * * * * * 1802 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1540 0 0 S 8 * * * * * * 1802 * * * * * * * * 487 * * * * 8 0 * * * * * * 1540 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1540 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1540 0 0 M 11 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1540 0 0 V 12 * * * * * * * 875 * * * * * * * * * 1137 * * 12 0 * * * * * * 1540 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1540 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1540 0 0 D 15 * * 487 * * * * * * * * 1802 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1540 0 0 Q 16 * * 1802 1952 * * * * * * * * * 1137 * * * * * * 16 1137 * 875 * * * * 1540 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * 0 * 1135 0 1290 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1540 0 0 D 19 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1540 0 0 S 20 * * * * * * * * 1952 * * * * * * 1137 1802 * * * 20 0 * * * * * * 1540 0 0 M 21 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1540 0 0 K 22 * * * * * * * 1802 1137 * * * * * * * 1952 * * * 22 0 * * * * * * 1540 0 0 E 23 * * * 1137 * 1952 * * 1802 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1540 0 0 I 24 * * * * * * * 1137 * * * 1802 * * * * 1952 * * * 24 0 * * * * * * 1540 0 0 G 25 * * 1952 * * 1137 * * * * * * * * 1802 * * * * * 25 0 * * * * * * 1540 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 487 1802 * * * 26 0 * * * * * * 1540 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1540 0 0 C 28 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1540 0 0 L 29 * * * * * * * * * 1137 * * 875 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1540 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1540 0 0 N 31 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1540 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1540 0 0 F 33 * * * * 1137 * * * * * * * 875 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1540 0 0 N 34 * * * * * * * * 1802 * * 487 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1540 0 0 F 35 * * * * 487 * * * * * * * * * * * * 1802 * * 35 0 * * * * * * 1540 0 0 F 36 * * * * 487 * * * * 1802 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1540 0 0 K 37 * * * * * * * * 431 * * * * * 1952 * * * * * 37 0 * * * * * * 1540 0 0 R 38 * * * * * * * * 875 * * * * * 1137 * * * * * 38 0 * * * * * * 1540 0 0 H 39 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1540 0 0 I 40 1802 * * * * * * 1137 * * * * * * * * * 1952 * * 40 0 * * * * * * 1540 0 0 C 41 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1540 0 0 D 42 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1540 0 0 A 43 1137 * 875 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1540 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 431 * * * * 1952 * * * 44 0 * * * * * * 1540 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 350 * 2215 * * * * 1540 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * 0 1436 0 1000 G 47 1641 * * * * 558 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * 0 1436 0 1000 M 48 1641 * * * * * * * * * 558 * * * * * * * * * 48 0 * * * * * 0 1436 0 1000 F 49 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * 0 1436 0 1000 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * 0 1436 0 1000 F 51 * * * * 1567 * * * * * * 1641 * * * * * * * 1549 51 0 * * * * 0 * 1436 0 1000 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 350 * * 2215 * * 52 0 * * * * * * 1540 0 0 A 53 350 * * * * * * * 2215 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1540 0 0 A 54 350 * * * * 2215 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1540 0 0 R 55 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 55 0 * * * * * * 1540 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1540 0 0 L 57 * * * * * * * * * 350 * * 2215 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1540 0 0 R 58 2215 * * * * * * * 875 * * * * * 2062 * * * * * 58 0 * * * * * * 1540 0 0 Q 59 2215 * * * * * * * * * * * * 350 * * * * * * 59 0 * * * * * * 1540 0 0 F 60 * * * * 350 * * * * 2215 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1540 0 0 L 61 * * * * * 2215 * * * 1006 * * * * * * * 1802 * * 61 0 * * * * * * 1540 0 0 K 62 * * * 2215 * * * * 350 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1540 0 0 M 63 2215 * * * * * * * * * 1006 * * * * * * 1802 * * 63 0 * * * * * * 1540 0 0 N 64 * * * * * * * * * * * 350 * 2215 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1540 0 0 S 65 * * * * * * * 1952 * * * 1802 2215 * * 2062 * * * * 65 0 * * * * * * 1540 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * 875 1137 * * * 66 0 * * * * * * 1540 0 0 G 67 * * * 875 * 2062 * * 2215 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1540 0 0 D 68 * * 927 1952 * * * * * * * * * * * 2215 * * * * 68 0 * * * * * * 1540 0 0 F 69 * * * * 350 * * * * 2215 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1540 0 0 D 70 * * 2062 2215 * * * * * * * 875 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1540 0 0 L 71 * * * 2215 * * * * * 927 * * * * * * * 1952 * * 71 0 * * * * * * 1540 0 0 H 72 * * * * * * 350 * * * * 2215 * * * * * * * * 72 350 * 2215 * * * * 1540 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * 0 1436 0 1000 L 74 * * * * * * * * * 603 * * * * * 1549 * * * * 74 0 * * * * * 0 1436 0 1000 K 75 * * * * * * * * 1567 * * * * * 1549 * 1641 * * * 75 0 * * * * * 0 1436 0 1000 V 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 76 0 * * * * * 0 1436 0 1000 S 77 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 77 0 * * * * * 0 1436 0 1000 E 78 * * * 1567 * * * * * * * * * 594 * * * * * * 78 0 * * * * * 0 1436 0 1000 G 79 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * 0 1436 0 1000 T 80 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 80 0 * * * * * 0 1436 0 1000 T 81 * * * * * * * * * 1549 * * * 1641 * * 1567 * * * 81 0 * * * * * 0 1436 0 1000 I 82 * * * * * * * 1567 * * * * * 1549 * * 1641 * * * 82 0 * * * * * 0 1436 0 1000 L 83 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * 0 1436 0 1000 L 84 * * * * * * * * * 558 * * * * * * * 1641 * * 84 0 * * * * * 0 1436 0 1000 N 85 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 85 0 * * * * * 0 1436 0 1000 C 86 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * 0 1436 0 1000 T 87 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 87 0 * * * * 0 * 1436 0 1000 G 88 * * * * * 2062 * * 2215 * * * 1802 * * 1952 * * * * 88 0 * * * * * * 1540 0 0 Q 89 * * * * * * * * 875 * * * * 2062 * 2215 * * * * 89 1137 875 * 4095 87 * * 1540 1290 0 V 90 * * * * * * * * * 2215 * * * * * * * 350 * * 90 0 * * * * * * 1540 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1540 0 0 G 92 * * * 395 * 2062 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1540 0 0 Q 93 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 93 0 * * * * * * 1540 0 0 K 94 * * * * * * * * 487 * * * * * 1802 * * * * * 94 0 * * * * * * 1540 0 0 K 95 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 95 431 * 1952 * * * * 1540 0 0 L 96 * * * * * * * * * 723 * * * 1343 * * * * * * 96 0 * * * * 0 * 1426 0 1000 N 97 * * * * * * * * 1802 * * 487 * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1540 0 0 D 98 * * 487 * * * * * * * * * * * * 1802 * * * * 98 0 * * * * * * 1540 0 0 L 99 1952 * * * * * * * * 431 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1540 0 0 C 100 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1540 0 0 F 101 * * * * 487 * * * * * * * * * * 1802 * * * * 101 0 * * * * * * 1540 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1540 0 0 K 103 * * * * * 1802 * * 487 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1540 0 0 R 104 * * * * * * * 1802 * * * * * * 487 * * * * * 104 0 * * * * * * 1540 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1540 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1540 0 0 Q 107 * * * * * * * * * * * * * 431 1952 * * * * * 107 0 * * * * * * 1540 0 0 E 108 * * * 487 * * * * 1802 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1540 0 0 I 109 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1540 0 0 K 110 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1540 0 0 T 111 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 111 0 * * * * * * 1540 0 0 C 112 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1540 0 0 W 113 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 113 0 * * * * * * 1540 0 0 N 114 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1540 0 0 K 115 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1540 0 0 I 116 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1540 0 0 L 117 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1540 0 0 M 118 * * * * * * * * 1952 * 1137 * * * 1802 * * * * * 118 0 * * 0 * * * 1540 0 0 //