HHsearch 1.5 NAME c3a57A_ FAM FILE c3a57A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3a57A_.a3m DATE Sun Aug 29 01:18:52 2010 LENG 154 match states, 154 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4098 -1.0160 SEQ >ss_dssp CEEEEEEEEEEGGGGSSSCCCEEEEEEEESSEEEECCCSSCSSEEEEEEEEESSEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEESCCCCSSHHHHH HHHCCCGGGSSEEEEEEECSSCEEEEEEEEETTEEEEEEEEECTTTGGGGTCCC >sa_dssp EECCACABACBBADEBEEDBEBDBDCCCBCDEDEEEBEEDBECDBBABABBDBCAAAAAAACACEDCAAAAAAAADCEEEEBBABDBDDCEBEEDDECAC ECBDDDEEBBEDDDECCECEEBCABBCACEDEEBACACABAABEEACEDBDEEE >ss_pred CCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEHHEECCCCCCCCCCHHHCCCEEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCEEEEEECCEEEEEECHHHHH HHHCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHCC >ss_conf 9851999996011068874156832102167654253001014335641552243356888745773155542033566317998323067642253477 663385233731133136865578742121689849999971962477775149 >Consensus gsdeilfvvrdttfntnapvnvevsdfwtnrnvkrkpykdvygqsvfttsgtkwltsymtvnindkdytmaavsgykhghsavfvksdqvqlqhsydsva sfvgededsipskmyxDETPdYFVxxEaYESGxGxiixMCIaNxxsxxqCxxQq >c3a57A_ GSDEILFVVRDTTFNTNAPVNVEVSDFWTNRNVKRKPYKDVYGQSVFTTSGTKWLTSYMTVNINDKDYTMAAVSGYKHGHSAVFVKSDQVQLQHSYDSVA SFVGEDEDSIPSKMYLDETPEYFVNVEAYESGSGNILVMCISNKESFFECKHQQ >UniRef50_A6XSN0(2-39:40) Cluster: Trh; n=1; Vibrio cholerae AM-19226|Rep: Trh - Vibrio cholerae AM-19226 E=2e-05 s/c=1.32 id=49% cov=25% ---------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------VDETPDYFVTTESYESGNGHVITMCIANNKTLSQCLEQ- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 T 13 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 F 14 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 S 25 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 D 26 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 W 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 R 31 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 N 32 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 P 37 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1000 0 0 K 39 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 42 0 * * * * * * 1000 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 44 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 V 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 T 48 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 G 51 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 T 52 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 W 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1000 0 0 M 59 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 T 60 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 I 63 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 N 64 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 K 66 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 D 67 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 68 0 * * * * * * 1000 0 0 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 M 70 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 V 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 76 0 * * * * * * 1000 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 H 78 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 G 79 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 H 80 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 S 81 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 A 82 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 V 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 F 84 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 V 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 K 86 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 D 88 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 89 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 91 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 93 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 H 94 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 S 95 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 96 0 * * * * * * 1000 0 0 D 97 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 A 100 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 F 102 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 V 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 G 104 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 E 105 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 E 107 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 D 108 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 I 110 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 P 111 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 S 112 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 K 113 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 M 114 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 115 0 * * * * * * 1000 0 0 L 116 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 116 0 * * * * * * 1414 0 0 D 117 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1414 0 0 E 118 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1414 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1414 0 0 P 120 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1414 0 0 E 121 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1414 0 0 Y 122 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 122 0 * * * * * * 1414 0 0 F 123 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1414 0 0 V 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 124 0 * * * * * * 1414 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 125 0 * * * * * * 1414 0 0 V 126 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 126 0 * * * * * * 1414 0 0 E 127 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1414 0 0 A 128 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 128 0 * * * * * * 1414 0 0 Y 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 129 0 * * * * * * 1414 0 0 E 130 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1414 0 0 S 131 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 131 0 * * * * * * 1414 0 0 G 132 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1414 0 0 S 133 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 133 0 * * * * * * 1414 0 0 G 134 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1414 0 0 N 135 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1414 0 0 I 136 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 136 0 * * * * * * 1414 0 0 L 137 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1414 0 0 V 138 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 138 0 * * * * * * 1414 0 0 M 139 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1414 0 0 C 140 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1414 0 0 I 141 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1414 0 0 S 142 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 142 0 * * * * * * 1414 0 0 N 143 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1414 0 0 K 144 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1414 0 0 E 145 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1414 0 0 S 146 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 146 0 * * * * * * 1414 0 0 F 147 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1414 0 0 F 148 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 148 0 * * * * * * 1414 0 0 E 149 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1414 0 0 C 150 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1414 0 0 K 151 * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1414 0 0 H 152 * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1414 0 0 Q 153 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 153 0 * * * * * * 1414 0 0 Q 154 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 154 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //