HHsearch 1.5 NAME c2xseA_ FAM FILE c2xseA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2xseA_.a3m DATE Sat Apr 2 08:45:34 2011 LENG 160 match states, 160 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4303 0.0209 SEQ >ss_dssp CHHHHHHGGGGGSHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTCCCCCCCSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCSSCCHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHTSCCCTTTTCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTCC >sa_dssp EDEEBDEDCDDACDEDADEEBBEDABDCADEBCDDABECACEBBEEBDEEDEECEEAEBDEECEACCABDBAABAACAAABCDDEDDEBDEECCEDBBCC AABBABCAACEDCEBCEEAACDECADDCBEECDEEEDEECEEECDCCCDDACDABCEEEE >ss_pred CHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHCCCHHCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 9367777765218899999988999988887699999999787777663480112100055231004789899999773365430254074543236678 776640689986166101121000033210177899745898999999999999852896 >Consensus xxxxaxxkrxyldxexlxxxxxxxxxxiwxqsrxxwlxlvxkewxhqxxxnpxrxxfxwxnxsxmnxaffdlcxvxkqxmxgxxgxxxxxxkeeqsfwxm xaxhlxxacxxeixmxxxsmxxxklnvklkdxnfdmppeexxrrrxrrxxiexarrhgxp >c2xseA_ XVSTAVEKKKYLDSEFLLHCISAQLLDXWKQARARWLELVGKEWAHXLALNPERKDFLWKNQSEXNSAFFDLCEVGKQVXLGLLGKEVALPKEEQAFWIX YAVHLSAACAEELHXPEVAXSLRKLNVKLKDFNFDXPPEEKKRRXERKQRIEEARRHGXP >UniRef50_Q9U6M3(419-580:839) Thymine dioxygenase JBP1 n=4 Tax=Trypanosoma RepID=JBP1_TRYBB E=3e-64 s/c=1.51 id=46% cov=98% -LNEAMNKRHYLDKENLQKMFGEEFVNIWTQSRTHWLQLVKKEWEHQKETNPTRTRFSWNNTSAMNFAFFDLCDVAKQLMCGAFGDREVNKKEEQSFWGM FAAHLDNACINEIGMLQGSMGMHKLNVKLKDYNFggtrylkDMPPEEQERRRRRRLEIEQARR---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * X 1 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 1 * * * * * * * 0 0 0 V 2 * * * * * * * * * 919 * * * * * * * 1086 * * 2 0 * * * * * * 1391 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * 919 * * * 1086 * * * * 3 0 * * * * * * 1391 0 0 T 4 * * * 919 * * * * * * * * * * * * 1086 * * * 4 0 * * * * * * 1391 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1391 0 0 V 6 * * * * * * * * * * 919 * * * * * * 1086 * * 6 0 * * * * * * 1391 0 0 E 7 * * * 1086 * * * * * * * 919 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1391 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1391 0 0 K 9 * * * * * * * * 1086 * * * * * 919 * * * * * 9 0 * * * * * * 1391 0 0 K 10 * * * * * * 919 * 1086 * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1391 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 11 0 * * * * * * 1391 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1391 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1391 0 0 S 14 * * * * * * * * 919 * * * * * * 1086 * * * * 14 0 * * * * * * 1391 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1391 0 0 F 16 * * * * 1086 * * * * * * 919 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1391 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1391 0 0 L 18 * * * * * * * * * 1086 * * * 919 * * * * * * 18 0 * * * * * * 1391 0 0 H 19 * * * * * * 1086 * 919 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1391 0 0 C 20 * 1086 * * * * * * * * 919 * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1391 0 0 I 21 * * * * 919 * * 1086 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1391 0 0 S 22 * * * * * 919 * * * * * * * * * 1086 * * * * 22 0 * * * * * * 1391 0 0 A 23 1086 * * 919 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1391 0 0 Q 24 * * * 919 * * * * * * * * * 1086 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1391 0 0 L 25 * * * * 919 * * * * 1086 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1391 0 0 L 26 * * * * * * * * * 1086 * * * * * * * 919 * * 26 0 * * * * * * 1391 0 0 D 27 * * 1086 * * * * * * * * 919 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1391 0 0 X 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 W 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 29 0 * * * * * * 1391 0 0 K 30 * * * * * * * * 1086 * * * * * * * 919 * * * 30 0 * * * * * * 1391 0 0 Q 31 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 31 0 * * * * * * 1391 0 0 A 32 1086 * * * * * * * * * * * * * * 919 * * * * 32 0 * * * * * * 1391 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1391 0 0 A 34 1086 * * * * * * * * * * * * * * * 919 * * * 34 0 * * * * * * 1391 0 0 R 35 * * * * * * 919 * * * * * * * 1086 * * * * * 35 0 * * * * * * 1391 0 0 W 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 36 0 * * * * * * 1391 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1391 0 0 E 38 * * * 1086 * * * * * * * * * 919 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1391 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1391 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1391 0 0 G 41 * * * * * 1086 * * 919 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1391 0 0 K 42 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1391 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1391 0 0 W 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 44 0 * * * * * * 1391 0 0 A 45 1086 * * 919 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1391 0 0 H 46 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1391 0 0 X 47 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * 919 1086 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1391 0 0 A 49 1086 * * 919 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1391 0 0 L 50 * * * * * * * * * 1086 * * * * * * 919 * * * 50 0 * * * * * * 1391 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1391 0 0 P 52 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1391 0 0 E 53 * * * 1086 * * * * * * * * * * * * 919 * * * 53 0 * * * * * * 1391 0 0 R 54 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 54 0 * * * * * * 1391 0 0 K 55 * * * * * * * * 1086 * * * * * * * 919 * * * 55 0 * * * * * * 1391 0 0 D 56 * * 1086 * * * * * * * * * * * 919 * * * * * 56 0 * * * * * * 1391 0 0 F 57 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1391 0 0 L 58 * * * * * * * * * 1086 * * * * * 919 * * * * 58 0 * * * * * * 1391 0 0 W 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 59 0 * * * * * * 1391 0 0 K 60 * * * * * * * * 1086 * * 919 * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1391 0 0 N 61 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1391 0 0 Q 62 * * * * * * * * * * * * * 1086 * * 919 * * * 62 0 * * * * * * 1391 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1391 0 0 E 64 919 * * 1086 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1391 0 0 X 65 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1391 0 0 S 67 * * * * 919 * * * * * * * * * * 1086 * * * * 67 0 * * * * * * 1391 0 0 A 68 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1391 0 0 F 69 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1391 0 0 F 70 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1391 0 0 D 71 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1391 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1391 0 0 C 73 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1391 0 0 E 74 * * 919 1086 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1391 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1391 0 0 G 76 919 * * * * 1086 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1391 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1391 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 78 0 * * * * * * 1391 0 0 V 79 * * * * * * * * * 919 * * * * * * * 1086 * * 79 0 * * * * * * 1391 0 0 X 80 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 L 81 * 919 * * * * * * * 1086 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1391 0 0 G 82 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1391 0 0 L 83 919 * * * * * * * * 1086 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1391 0 0 L 84 * * * * 919 * * * * 1086 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1391 0 0 G 85 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1391 0 0 K 86 * * 919 * * * * * 1086 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1391 0 0 E 87 * * * 1086 * * * * * * * * * * 919 * * * * * 87 0 * * * * * * 1391 0 0 V 88 * * * 919 * * * * * * * * * * * * * 1086 * * 88 0 * * * * * * 1391 0 0 A 89 1086 * * * * * * * * * * * * * * * * 919 * * 89 0 * * * * * * 1391 0 0 L 90 * * * * * * * * * 1086 * 919 * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1391 0 0 P 91 * * * * * * * * 919 * * * 1086 * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1391 0 0 K 92 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1391 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1391 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1391 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1391 0 0 A 96 1086 * * * * * * * * * * * * * * 919 * * * * 96 0 * * * * * * 1391 0 0 F 97 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1391 0 0 W 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 98 0 * * * * * * 1391 0 0 I 99 * * * * * 919 * 1086 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1391 0 0 X 100 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 101 * * * * 919 * * * * * * * * * * * * * * 1086 101 0 * * * * * * 1391 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1391 0 0 V 103 919 * * * * * * * * * * * * * * * * 1086 * * 103 0 * * * * * * 1391 0 0 H 104 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1391 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1391 0 0 S 106 * * 919 * * * * * * * * * * * * 1086 * * * * 106 0 * * * * * * 1391 0 0 A 107 1086 * * * * * * * * * * 919 * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1391 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1391 0 0 C 109 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1391 0 0 A 110 1086 * * * * * * 919 * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1391 0 0 E 111 * * * 1086 * * * * * * * 919 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1391 0 0 E 112 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1391 0 0 L 113 * * * * * * * 919 * 1086 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1391 0 0 H 114 * * * * * 919 1086 * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1391 0 0 X 115 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 P 116 * * * * * * * * * 919 * * 1086 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1391 0 0 E 117 * * * 1086 * * * * * * * * * 919 * * * * * * 117 0 * * * * * * 1391 0 0 V 118 * * * * * 919 * * * * * * * * * * * 1086 * * 118 0 * * * * * * 1391 0 0 A 119 1086 * * * * * * * * * * * * * * 919 * * * * 119 0 * * * * * * 1391 0 0 X 120 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 S 121 * * * * * 919 * * * * * * * * * 1086 * * * * 121 0 * * * * * * 1391 0 0 L 122 * * * * * * * * * 1086 919 * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1391 0 0 R 123 * * * * * * 919 * * * * * * * 1086 * * * * * 123 0 * * * * * * 1391 0 0 K 124 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1391 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1391 0 0 N 126 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1391 0 0 V 127 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 127 0 * * * * * * 1391 0 0 K 128 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1391 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1391 0 0 K 130 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1391 0 0 D 131 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1391 0 0 F 132 * * * * 1086 * * * * * * * * * * * * * * 919 132 0 * * * * * * 1391 0 0 N 133 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1391 0 0 F 134 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 134 1086 919 * 2807 222 * * 1391 1000 0 D 135 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1391 0 0 X 136 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 P 137 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1391 0 0 P 138 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1391 0 0 E 139 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1391 0 0 E 140 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1391 0 0 K 141 * * * * * * * * 1086 * * * * 919 * * * * * * 141 0 * * * * * * 1391 0 0 K 142 * * * 919 * * * * 1086 * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1391 0 0 R 143 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 143 0 * * * * * * 1391 0 0 R 144 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 144 0 * * * * * * 1391 0 0 X 145 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 E 146 * * * 1086 * * * * * * * * * * 919 * * * * * 146 0 * * * * * * 1391 0 0 R 147 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 147 0 * * * * * * 1391 0 0 K 148 * * * * * * * * 1086 * * * * * 919 * * * * * 148 0 * * * * * * 1391 0 0 Q 149 * * * * * * * * * 919 * * * 1086 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1391 0 0 R 150 * * * 919 * * * * * * * * * * 1086 * * * * * 150 0 * * * * * * 1391 0 0 I 151 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1391 0 0 E 152 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1391 0 0 E 153 * * * 1086 * * * * * * * * * 919 * * * * * * 153 0 * * * * * * 1391 0 0 A 154 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1391 0 0 R 155 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 155 0 * * * * * * 1391 0 0 R 156 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 156 0 * * * * * * 1391 0 0 H 157 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 G 158 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 X 159 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 159 * * * * * * * 1000 0 0 P 160 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 160 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //