HHsearch 1.5 NAME c2rp5A_ FAM FILE c2rp5A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2rp5A_.a3m DATE Wed Mar 10 17:21:39 2010 LENG 117 match states, 117 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.3966 -1.1336 SEQ >ss_dssp CCSCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHTTSCTTTCSHHHHHHTTCTTTHHHHHHHTCCSTTHHHHHHHHTSCHHHHHTCCGGGHHHHH HHHHHHHHHHHHHHCCC >sa_dssp EEDECEEEECEEEDCCEDACDCAEBADEDECEEACADDACEBEBEEBBDDBADBBEAEEACECAEEDCADEDCCABEBBEEDCCAADEBDBCDECBCCAA DABCBBBCBBCBEECEE >ss_pred CCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 9763268873268899999999720467520204588887428157799999985065013444320223588899999988789987176778899999 99999999997416899 >Consensus tnysfRxxxLSxxEYtKxVxFxArExxvxrYxxxPxQvxSxixPtxxlErFLxxixxxxxsxxFxxxGixTMxDxxrxFxxxxxxFExIGiDSSKxxKYY xxFLxxxRiQExxklpk >c2rp5A_ TNYSFRTLTLSTAEYTKVVEFLAREAKVPRYTWVPTQVVSHILPTEGLERFLTAIKAGHDSVLFNANGIYTMGDMIREFEKHNDIFERIGIDSSKLSKYY EAFLSFYRIQEAMKLPK >UniRef50_A8WW61(540-653:658) Transcription factor cep-1 n=2 Tax=Caenorhabditis briggsae RepID=CEP1_CAEBR E=8e-13 s/c=0.66 id=37% cov=93% -----RQVKLSEKEYSKFVAFFAKEGenEISKYasahCLTPAQ-ASRLDPSDKIEKFLAFVGDESAADNFRKHGLFTMLDLDKYFQVYDSAFETIGVDSS KMEKYYDLFLHYHRVQENIR--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1541 0 0 T 7 * * * * * * * * * * * * * 1013 * * 987 * * * 7 0 * * * * * * 1541 0 0 L 8 * * * * * * * * * 987 * * * * * * * 1013 * * 8 0 * * * * * * 1541 0 0 T 9 * * * * * * * * 1013 * * * * * * * 987 * * * 9 0 * * * * * * 1541 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1541 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1541 0 0 T 12 * * * 1013 * * * * * * * * * * * * 987 * * * 12 0 * * * * * * 1541 0 0 A 13 987 * * * * * * * 1013 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1541 0 0 E 14 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 15 0 * * * * * * 1541 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * 1013 987 * * * 16 0 * * * * * * 1541 0 0 K 17 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1541 0 0 V 18 * * * * 1013 * * * * * * * * * * * * 987 * * 18 0 * * * * * * 1541 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1541 0 0 E 20 1013 * * 987 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1541 0 0 F 21 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1541 0 0 L 22 * * * * 1013 * * * * 987 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1541 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1541 0 0 R 24 * * * * * * * * 1013 * * * * * 987 * * * * * 24 0 * * * * * * 1541 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1541 0 0 A 26 987 * * * * 1013 * * * * * * * * * * * * * * 26 987 1013 * 1000 1000 * * 1541 1000 0 K 27 * * * 1013 * * * * 987 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1541 0 0 V 28 * * * * * * * 1013 * * * * * * * * * 987 * * 28 0 * * * * * * 1541 0 0 P 29 * * * * * * * * * * * * 987 * * 1013 * * * * 29 0 * * * * * * 1541 0 0 R 30 * * * * * * * * 1013 * * * * * 987 * * * * * 30 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 31 987 1013 * 2000 415 * * 1541 1000 0 T 32 * 1013 * * * * * * * * * * * * * * 987 * * * 32 0 * * * * * * 1541 0 0 W 33 * * * * * * * * * 1013 * * * * * * * * 987 * 33 0 * * * * * * 1541 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * 1013 987 * * 34 0 * * * * * * 1541 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1541 0 0 T 36 1013 * * * * * * * * * * * * * * * 987 * * * 36 0 * * * * * * 1541 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 987 * 1013 * * * * 1541 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 V 39 1013 * * * * * * * * * * * * * * * * 987 * * 39 0 * * * * * * 1541 0 0 S 40 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 40 0 * * * * * * 1541 0 0 H 41 * * * * * * 987 * * * * * * * 1013 * * * * * 41 0 * * * * * * 1541 0 0 I 42 * * * * * * * 987 * 1013 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1541 0 0 L 43 * * 1013 * * * * * * 987 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1541 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1541 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * 1013 987 * * * 45 0 * * * * * * 1541 0 0 E 46 * * 1013 987 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1541 0 0 G 47 * * * * * 987 * * 1013 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1541 0 0 L 48 * * * * * * * 1013 * 987 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1541 0 0 E 49 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1541 0 0 R 50 * * * * * * * * 1013 * * * * * 987 * * * * * 50 0 * * * * * * 1541 0 0 F 51 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1541 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1541 0 0 T 53 1013 * * * * * * * * * * * * * * * 987 * * * 53 0 * * * * * * 1541 0 0 A 54 987 * * * 1013 * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1541 0 0 I 55 * * * * * * * 987 * * * * * * * * * 1013 * * 55 0 * * * * * * 1541 0 0 K 56 * * * * * 1013 * * 987 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1541 0 0 A 57 987 * 1013 * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1541 0 0 G 58 * * * 1013 * 987 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1541 0 0 H 59 * * * * * * 987 * * * * * * * * 1013 * * * * 59 0 * * * * * * 1541 0 0 D 60 1013 * 987 * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1541 0 0 S 61 1013 * * * * * * * * * * * * * * 987 * * * * 61 0 * * * * * * 1541 0 0 V 62 * * 1013 * * * * * * * * * * * * * * 987 * * 62 0 * * * * * * 1541 0 0 L 63 * * * * * * * * * 987 * 1013 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1541 0 0 F 64 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1541 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 987 * * 1013 * * * * * 65 0 * * * * * * 1541 0 0 A 66 987 * * * * * * * 1013 * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1541 0 0 N 67 * * * * * * 1013 * * * * 987 * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1541 0 0 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1541 0 0 I 69 * * * * * * * 987 * 1013 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 70 * * * * 1013 * * * * * * * * * * * * * * 987 70 0 * * * * * * 1541 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1541 0 0 M 72 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1541 0 0 G 73 * * * * * 987 * * * 1013 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1541 0 0 D 74 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1541 0 0 M 75 * * * * * * * * * 1013 987 * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1541 0 0 I 76 * * 1013 * * * * 987 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1541 0 0 R 77 * * * * * * * * 1013 * * * * * 987 * * * * * 77 0 * * * * * * 1541 0 0 E 78 * * * 987 * * * * * * * * * * * * * * * 1013 78 0 * * * * * * 1541 0 0 F 79 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1541 0 0 E 80 * * * 987 * * * * * * * * * 1013 * * * * * * 80 0 * * * * * * 1541 0 0 K 81 * * * * * * * * 987 * * * * * * * * 1013 * * 81 0 * * * * * * 1541 0 0 H 82 * * * * * * 987 * * * * * * * * * * * * 1013 82 0 * * * * * * 1541 0 0 N 83 * * 1013 * * * * * * * * 987 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1541 0 0 D 84 * * 987 * * * * * * * * * * * * 1013 * * * * 84 0 * * * * * * 1541 0 0 I 85 1013 * * * * * * 987 * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1541 0 0 F 86 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1541 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1541 0 0 R 88 * * * * * * * * * * * * * * 987 * 1013 * * * 88 0 * * * * * * 1541 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1541 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1541 0 0 I 91 * * * * * * * 987 * * * * * * * * * 1013 * * 91 0 * * * * * * 1541 0 0 D 92 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1541 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1541 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1541 0 0 K 95 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1541 0 0 L 96 * * * * * * * * * 987 1013 * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1541 0 0 S 97 * * * 1013 * * * * * * * * * * * 987 * * * * 97 0 * * * * * * 1541 0 0 K 98 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 99 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 100 0 * * * * * * 1541 0 0 E 101 * * 1013 987 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1541 0 0 A 102 987 * * * * * * * * 1013 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1541 0 0 F 103 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1541 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1541 0 0 S 105 * * * * * * 1013 * * * * * * * * 987 * * * * 105 0 * * * * * * 1541 0 0 F 106 * * * * 987 * * * * * * * * * * * * * * 1013 106 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 107 * * * * * * 1013 * * * * * * * * * * * * 987 107 0 * * * * * * 1541 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1541 0 0 I 109 * * * * * * * 987 * * * * * * * * * 1013 * * 109 0 * * * * * * 1541 0 0 Q 110 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 110 0 * * * * * * 1541 0 0 E 111 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1541 0 0 A 112 987 * * * * * * * * * * 1013 * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1541 0 0 M 113 * * * * * * * 1013 * * 987 * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1541 0 0 K 114 * * * * * * * * 987 * * * * * 1013 * * * * * 114 0 * * * * * * 1541 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 P 116 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 K 117 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 117 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //