HHsearch 1.5 NAME c2rmsB_ FAM FILE c2rmsB_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2rmsB_.a3m DATE Tue Mar 9 22:25:17 2010 LENG 61 match states, 61 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4543 1.7051 SEQ >ss_dssp CCCCSCHHHHHHHHHHHHHTTTTSSSSSCCCTTTSSSCSSCCCCCCCCSSSCSSSCSCSCC >sa_dssp EEEEEEEECDEDDCDEEEEEDCEDDDEDEDDEEDDDEEEEDEEEEEDECEEDEEDCCCEEE >ss_pred CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9500254578888876764125667210211287656898501145898988864466779 >Consensus xxtwlseaemialagllqmsqgeqtpxxxasslpsxscpdpxxvsedpgpxgxqscsgxdt >c2rmsB_ SSTWLSEAEMIALAGLLQMSQGEQTPNCVASSLPSTSCPDPVSVSEDPGPSGDQSCSGTDT >UniRef50_UPI0000DA3826(45-240:254) PREDICTED: hypothetical protein n=1 Tax=Rattus norvegicus RepID=UPI0000DA3826 E=2e-58 s/c=0.66 id=80% cov=98% PPTWLSEAEMIALAGLLQMSQGEQTPDSQASSLPSASCPDPAYVSEDPGPNGGQSCSGS-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 1 0 * * * * * * 1138 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 2 0 * * * * * * 1138 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1138 0 0 W 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 4 0 * * * * * * 1138 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1138 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1138 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1138 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1138 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1138 0 0 M 10 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1138 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1138 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1138 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1138 0 0 A 14 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1138 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1138 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1138 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1138 0 0 Q 18 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 18 0 * * * * * * 1138 0 0 M 19 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1138 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1138 0 0 Q 21 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 21 0 * * * * * * 1138 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1138 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1138 0 0 Q 24 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1138 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1138 0 0 P 26 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1138 0 0 N 27 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1138 0 0 C 28 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 28 0 * * * * * * 1138 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * 29 0 * * * * * * 1138 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1138 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1138 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1138 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1138 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1138 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1138 0 0 T 36 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 36 0 * * * * * * 1138 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1138 0 0 C 38 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1138 0 0 P 39 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1138 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1138 0 0 P 41 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1138 0 0 V 42 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 42 0 * * * * * * 1138 0 0 S 43 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 43 0 * * * * * * 1138 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1138 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1138 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1138 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1138 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1138 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1138 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1138 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 51 0 * * * * * * 1138 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1138 0 0 D 53 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1138 0 0 Q 54 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1138 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1138 0 0 C 56 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1138 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1138 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1138 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 59 0 * * * * * * 1138 0 0 D 60 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 61 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //