HHsearch 1.5 NAME c2rmeA_ FAM FILE c2rmeA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2rmeA_.a3m DATE Wed Jan 9 22:54:51 2013 LENG 35 match states, 35 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4919 2.8612 SEQ >ss_dssp CCCSSSCCCHHHHSCCCCSTTSSSSTHHHHCCCCC >sa_dssp EEEEEEEEDEEEDEEEEEDEEEDEECDDEEDEEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC >ss_conf 97013199999999999999999987532200249 >Consensus ppisldlthllrevlearaeqxaqqxhsxrkxeii >c2rmeA_ PPISLDLTHLLREVLEARAEQLAQQEHSKRKLEII >UniRef50_Q5U3N6(123-156:162) Corticotropin releasing hormone n=33 Tax=Clupeocephala RepID=Q5U3N6_DANRE E=6e-06 s/c=1.53 id=85% cov=94% PPISLDLTfHLLREVLEmARAEQMAQQAHSNRKM--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1091 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1091 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1091 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1091 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1091 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1091 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1091 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 8 1000 1000 * 0 * * * 1091 1000 0 H 9 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1091 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1091 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1091 0 0 R 12 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 12 0 * * * * * * 1091 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1091 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1091 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1091 0 0 E 16 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 1000 1000 * 0 * * * 1091 1000 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1091 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1091 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1091 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1091 0 0 Q 21 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 21 0 * * * * * * 1091 0 0 L 22 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1091 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1091 0 0 Q 24 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1091 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1091 0 0 E 26 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1091 0 0 H 27 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1091 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1091 0 0 K 29 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1091 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1091 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1091 0 0 L 32 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1091 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 I 35 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //