HHsearch 1.5 NAME c2rdcA_ FAM FILE c2rdcA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2rdcA_.a3m DATE Wed Mar 10 21:59:30 2010 LENG 133 match states, 133 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4130 -0.3851 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCT TTTSCCCCSSSCCCCHHHHHHHHHHHHHHTCCC >sa_dssp DEBCCBCCDADECADEBDDACECBEDACECBDEBDDCCDEBDEECDDBDEEDDEDDCECCCDECCEDDDECCEEADDCBECACECADEDBCEDACECEAE CAABCCEEEECEDCDCDEABCDBBDBDEEEDEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9247999999987424589999999999979988888887532122354112728999999999986556799999879999999999985688752212 675888501012454765678999999863139 >Consensus exxxxRyKxvxxxxkxDexaxxllExlIdsxtxYxxkVxxmExxlqtxRfrlExeeyRexxexLDRxRxxAHdalISsxxIiNRyxvkeygexlxeagxx ggifpxpxaxrdriaiadwagellxgiyxxrxx >c2rdcA_ ETTXGRYKKVIEITGHDEVAAKLLEGLIDAGTRYFSKVVEXEHRXASARFRLDGEELRELTETLDRSRRLAHESLISSLHVFNRYIVKEYGEELKEAGIE GGIFPKPEANRDRIAIADWAGELLTGIYENRHR >UniRef50_A0R7Y2(25-157:157) Putative uncharacterized protein n=2 Tax=Desulfuromonadales RepID=A0R7Y2_PELPD E=6e-53 s/c=1.56 id=67% cov=101% EEVMERYKAVCSIIKSDEVAVRLLEGLIDAATRYFGKVVEMENRLQTARFRLESEELKALTEDLDRSRRFAHDAMISDLHIFNRYLVKEYGEDLSEAGFQ GGIFPNPDAIRDRIAIADWAGELLSGIYAARKK >UniRef50_A6NY50(4-83:131) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Bacteroides capillosus ATCC 29799 RepID=A6NY50_9BACE E=4e-24 s/c=1.40 id=31% cov=60% -----RFKRLVCSAKGDADVLSIIEDAMNSFSHYVNTVYSMEIHLQTLRFRLEGDAYRDAVMELDRRRHSAHEAAIASCAVINR---------------- --------------------------------- >UniRef50_C6PZZ7(4-85:123) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Clostridium carboxidivorans P7 RepID=C6PZZ7_9CLOT E=1e-15 s/c=1.02 id=33% cov=47% ----------------------MMEELIDSAGDYLRRVNVLEVGIMVGKYSKEDNEYREYIEKLDKQRSNAHDNLISNVKIINR---------------- --------------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1232 0 0 T 2 * * * 968 * * * * * * * * * * * * 1033 * * * 2 0 * * * * * * 1232 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 1033 968 * * 3 0 * * * * * * 1232 0 0 X 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 G 5 * * * 968 * 1033 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1232 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1735 0 0 Y 7 * * * * 1334 * * * * * * * * * * * * * * 729 7 0 * * * * * * 1735 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1735 0 0 K 9 1699 * * * * * * * 1759 * * * * * 1334 * * * * * 9 0 * * * * * * 1735 0 0 V 10 * * * * * * * * * 1334 * * * * * * * 729 * * 10 0 * * * * * * 1735 0 0 I 11 * 1699 * * * * * 1759 * * * * * * * * * 1334 * * 11 0 * * * * * * 1735 0 0 E 12 * 1334 * 1759 * * * * * * * * * * * 1699 * * * * 12 0 * * * * * * 1735 0 0 I 13 * * * * * * * 729 * * * * * * * 1334 * * * * 13 0 * * * * * * 1735 0 0 T 14 1334 * * * * * * 1699 * * * * * * * * 1759 * * * 14 0 * * * * * * 1735 0 0 G 15 * * * * * 1759 * * 505 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1735 0 0 H 16 * * * * * 1334 1759 * * * * * * * * 1699 * * * * 16 0 * * * * * * 1735 0 0 D 17 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1735 0 0 E 18 1334 * * 729 * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1735 0 0 V 19 * * 1334 * * * * * * * * * * * * * * 729 * * 19 0 * * * * * * 1735 0 0 A 20 729 * * * * * * * * * * * * * * * * 1334 * * 20 0 * * * * * * 1735 0 0 A 21 1759 * * * * * * * * 1334 * * * * * * * 1699 * * 21 0 * * * * * * 1735 0 0 K 22 * * * * * * * * 1759 * * * * * 1699 1334 * * * * 22 0 * * * * * * 1735 0 0 L 23 * * * * * * * 1804 * 1254 1764 * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 2088 0 0 L 24 * * * * * * * 1804 * 1254 1764 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2088 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 2088 0 0 G 26 * * 1804 1764 * 1254 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 2088 0 0 L 27 1804 * * * * * * * * 487 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 2088 0 0 I 28 * * * * * * * 487 * * 1804 * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 2088 0 0 D 29 * * 487 * * * * * * * * 1804 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 2088 0 0 A 30 1254 * * * * * * * * * * * * * * 784 * * * * 30 0 * * * * * * 2088 0 0 G 31 977 * * * 1804 2282 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 2088 0 0 T 32 * * * * * 1764 * * * * * * * * * 1804 1254 * * * 32 0 * * * * * * 2088 0 0 R 33 * * 1764 * * * 1804 * * * * * * * 1254 * * * * * 33 0 * * * * * * 2088 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 34 0 * * * * * * 2088 0 0 F 35 * * * * 1254 * * * * 1764 * * * * * * * 1804 * * 35 0 * * * * * * 2088 0 0 S 36 * * * * * 2226 * * * * * 1804 * * 1764 2282 * * * * 36 0 * * * * * * 2088 0 0 K 37 * * * * * * * * 1254 * * * * * 1764 * 1804 * * * 37 0 * * * * * * 2088 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 2088 0 0 V 39 * * * * * * * * * * * 1764 * * * * * 1254 * 1804 39 0 * * * * * * 2088 0 0 E 40 * * * 1254 * * * * * * * * * * * 1804 * 1764 * * 40 0 * * * * * * 2088 0 0 X 41 * * * * * * * * * 1545 605 * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 2009 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 2088 0 0 H 43 * * * * * * 2282 1804 * * * 2226 * * * * * 1764 * * 43 0 * * * * * * 2088 0 0 R 44 * * * * * 1764 1804 * * * * * * * 1254 * * * * * 44 0 * * * * * * 2088 0 0 X 45 * * * * * * * 1545 * 605 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 2009 0 0 A 46 2282 * * * * * * * * * 1764 * * 1000 * * * * * * 46 0 * * * * * * 2088 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 2282 1000 1764 * * 47 0 * * * * * * 2088 0 0 A 48 1254 * * * * 1764 * * * 1804 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 2088 0 0 R 49 * * * * * * * * 1764 * * * * * 503 * * * * * 49 0 * * * * * * 2088 0 0 F 50 * * * * 503 * * * * * * * * * * * * * * 1764 50 0 * * * * * * 2088 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * * * * 503 1764 * * * * 51 0 * * * * * * 2088 0 0 L 52 * * * * * * * * 1764 503 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2088 0 0 D 53 * * 2282 332 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 2088 0 0 G 54 * * 1764 * * 1023 * * * * * * * * * 2226 * * * * 54 0 * * * * * * 2088 0 0 E 55 * * 1804 1254 * * * * * * * 1764 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 2088 0 0 E 56 1804 * * 487 * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 2088 0 0 L 57 * * * * * * * * * 1254 * * * * * * * * * 784 57 0 * * * * * * 2088 0 0 R 58 * * * * * * * * 2226 * * * * * 347 * * * * * 58 0 * * * * * * 2088 0 0 E 59 2226 * 1804 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 2088 0 0 L 60 1804 * * * * * * * * 1254 * * * * * * * * * 1764 60 0 * * * * * * 2088 0 0 T 61 * * * * * * * 1764 * * * * * * * * 1254 1804 * * 61 0 * * * * * * 2088 0 0 E 62 * * * 487 * * * * * * 1804 * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 2088 0 0 T 63 * * 2226 1804 * * * * 1764 * * * * * * * 2282 * * * 63 0 * * * * * * 2088 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 2088 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2088 0 0 R 66 * * * * * * * * 1764 * * * * * 503 * * * * * 66 0 * * * * * * 2088 0 0 S 67 * * * * * * * * * * * * * 1764 1804 1254 * * * * 67 0 * * * * * * 2088 0 0 R 68 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 68 0 * * * * * * 2088 0 0 R 69 * * * * * * 1804 * * * * * * * 1254 1764 * * * * 69 0 * * * * * * 2088 0 0 L 70 * * * * 2226 * * * * 2282 * 1764 * * * 1804 * * * * 70 0 * * * * * * 2088 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 2088 0 0 H 72 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 2088 0 0 E 73 * * 977 1023 * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 2088 0 0 S 74 1000 * * * * * * * * * * 1764 * * * 2282 * * * * 74 0 * * * * * * 2088 0 0 L 75 1804 * * * * * * * * 1000 2226 * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 2088 0 0 I 76 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2088 0 0 S 77 1804 * * * * * * * * * * * * * * 487 * * * * 77 0 * * * * * * 2088 0 0 S 78 * * 2226 * * * * * * * * 1764 * * * 1023 * * * * 78 0 * * * * * * 2088 0 0 L 79 * 1804 * * * * * * * 1254 * * * * * * * 1764 * * 79 0 * * * * * * 2088 0 0 H 80 1804 * * * * * 1254 * 1764 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 2088 0 0 V 81 * * * * * * * 977 * * * * * * * * * 1023 * * 81 0 * * * * * * 2088 0 0 F 82 * * * * 1254 * * 784 * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 2088 0 0 N 83 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2088 0 0 R 84 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 84 0 * * * * * * 2088 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 85 0 * * * * * * 1232 0 0 I 86 * * * * * * * 1033 * 968 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1232 0 0 V 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 87 0 * * * * * * 1232 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1232 0 0 E 89 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1232 0 0 Y 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 90 0 * * * * * * 1232 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1232 0 0 E 92 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1232 0 0 E 93 * * 968 1033 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1232 0 0 L 94 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1232 0 0 K 95 * * * * * * * * 1033 * * * * * * 968 * * * * 95 0 * * * * * * 1232 0 0 E 96 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1232 0 0 A 97 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1232 0 0 G 98 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1232 0 0 I 99 * * * * 968 * * 1033 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1232 0 0 E 100 * * * 1033 * * * * * * * * * 968 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1232 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1232 0 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1232 0 0 I 103 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1232 0 0 F 104 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1232 0 0 P 105 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1232 0 0 K 106 * * * * * * * * 1033 * * 968 * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1232 0 0 P 107 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1232 0 0 E 108 * * 968 1033 * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1232 0 0 A 109 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1232 0 0 N 110 * * * * * * * 968 * * * 1033 * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1232 0 0 R 111 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 111 0 * * * * * * 1232 0 0 D 112 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1232 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1232 0 0 I 114 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1232 0 0 A 115 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1232 0 0 I 116 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1232 0 0 A 117 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1232 0 0 D 118 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1232 0 0 W 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 119 0 * * * * * * 1232 0 0 A 120 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1232 0 0 G 121 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1232 0 0 E 122 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1232 0 0 L 123 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1232 0 0 L 124 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1232 0 0 T 125 * * * * * * * * * * * * * * * 968 1033 * * * 125 0 * * * * * * 1232 0 0 G 126 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1232 0 0 I 127 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1232 0 0 Y 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 128 0 * * * * * * 1232 0 0 E 129 968 * * 1033 * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1232 0 0 N 130 968 * * * * * * * * * * 1033 * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1232 0 0 R 131 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 131 0 * * * * * * 1232 0 0 H 132 * * * * * * 1033 * 968 * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1232 0 0 R 133 * * * * * * * * 968 * * * * * 1033 * * * * * 133 0 * * 0 * * * 1232 0 0 //