HHsearch 1.5 NAME c2r2cA_ FAM FILE c2r2cA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2r2cA_.a3m DATE Tue Mar 9 14:04:50 2010 LENG 121 match states, 121 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4347 0.4191 SEQ >ss_dssp CCCCBCCCCCCCEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEECTTCCCCSEEEEEEEEEECCEEEEEETTCTTCEECCTTCCEEEEEECCCCTTCCCCGGGEEEEEE EEETTTCCEEEEEEEEEECCC >sa_dssp EEDECCEEEEEDADBDCDACBDDECDADADBDADCCEEEECDEBCABACAABDEECCCCBCBBDEECDEBDDEDEBEBECDAECCEEDECCCEDBBAAAB ACBCEEEDCBCDCDCEBDEEE >ss_pred CCCEEEEEEEEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCEEEEECCCCCHHHEECHHHEEEEEEECCCCCCEEEECCEEEEEE EEEEEEEEEEEEEEEEECCCC >ss_conf 9740232035678889986403541899999767762675881118999991666055420134110000223212566462334675034234259999 985224777669999964789 >Consensus ksyktwdvpiakinifavaeytdtqkikvtvkgkilegntlpksxvqvylledknhvlrgavngiwgeefvnlkdylytyaveplsgxsfvaenysivaf vydvqtfevydvvhvkinpqs >c2r2cA_ KSYKTWDVPIAKINIFAVAEYTDTQKIKVTVKGKILEGNTLPKSXVQVYLLEDKNHVLRGAVNGIWGEEFVNLKDYLYTYAVEPLSGXSFVAENYSIVAF VYDVQTFEVYDVVHVKINPQS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 3 0 * * * * * * 1000 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 W 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 K 12 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 I 15 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 21 0 * * * * * * 1000 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 D 23 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 I 27 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 K 28 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 I 35 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 E 37 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 N 39 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 P 42 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 S 44 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 X 45 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 45 * * * * * * * 1000 0 0 V 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 47 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 49 0 * * * * * * 1000 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 D 53 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 N 55 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 H 56 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 V 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 L 58 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 R 59 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 A 61 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 V 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 G 64 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 I 65 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 W 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 F 70 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 V 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 N 72 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 K 74 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 D 75 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 76 0 * * * * * * 1000 0 0 L 77 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 78 0 * * * * * * 1000 0 0 T 79 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 80 0 * * * * * * 1000 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 V 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 E 83 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 X 88 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 88 * * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 F 90 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 V 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 A 92 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 N 94 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 1000 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 V 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 F 100 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 102 0 * * * * * * 1000 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 V 104 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 105 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 F 107 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 E 108 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 V 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 110 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 110 0 * * * * * * 1000 0 0 D 111 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 V 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 V 113 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 H 114 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 V 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 K 116 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 I 117 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 N 118 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 P 119 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 120 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 121 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //