HHsearch 1.5 NAME c2n3zA_ FAM FILE c2n3zA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2n3zA_.a3m DATE Sat Sep 19 08:13:25 2015 LENG 99 match states, 99 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4358 0.5454 SEQ >ss_dssp CCCEEEEESSHHHHHHHHHHCTTSEEEECSSHHHHHHHHHHHHHHTCSEEEEESCCHHHHHHHHHHHTCEEEEESSHHHHHHHHHHHCSSCSSCCCCCC >sa_dssp EDEBAAAACCEECCEDAEEDAECBCADCBEEDECADEABECADEDDADCAAABDBDDECBDCACEDBEBECCEBEDDBDAADCADEDCEECECECDEEE >ss_pred CCEEEEEEEHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCEEEEEEECHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCC >ss_conf 971999986178999998648631899984016699999999852401001230009999998622082799960614799999851024300110259 >Consensus mgrlvvvvtseqlkeevrkkfpqvevrlvtteedakqvikeiqkkgvqkvvlvgvsekllqkikqeanvqvyrvtsndeleqvvkdvkgsglehhhhhh >c2n3zA_ MGRLVVVVTSEQLKEEVRKKFPQVEVRLVTTEEDAKQVIKEIQKKGVQKVVLVGVSEKLLQKIKQEANVQVYRVTSNDELEQVVKDVKGSGLEHHHHHH # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 T 9 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 E 16 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 V 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 K 19 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 K 20 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 F 21 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 V 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 I 39 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 I 42 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 G 46 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 V 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 48 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 K 49 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 V 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 V 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 E 57 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 K 58 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 61 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 K 62 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 I 63 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 K 64 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 65 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 E 66 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 A 67 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 N 68 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 70 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 V 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 72 0 * * * * * * 1000 0 0 R 73 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 V 74 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 S 76 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 N 77 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 E 79 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 E 81 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 82 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 V 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 K 85 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 V 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 H 94 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 H 95 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 H 96 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 H 97 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 H 98 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 H 99 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //