HHsearch 1.5 NAME c2n32A_ FAM FILE c2n32A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2n32A_.a3m DATE Sat Oct 24 14:00:19 2015 LENG 109 match states, 109 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4556 1.0901 SEQ >ss_dssp CCCCCCCCEECCSSSSCEECSSCEEEEEEEECCTTTEEEEEECCCCCEEEETTTTEECSSCCTTEEEECCEEEEEETTSCEEEEETTEEEEEECGGGTTT CCBCCGGGC >sa_dssp EEEEEDEBECDEEDCBCADCDEDCBBAACDDCCEEDCEDEBBEDECEBCABCEEEECDEEECEEBCDACBBDACCBEEECCAABACEECACACCDEDEEE CECBEBECD >ss_pred CCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCEEEEEEEECCHHHCCCCEEEEEEHHCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEEECCEEECCCCEEEEEECCCEEEEEHHHCCCC CEEEEECCC >ss_conf 9766407995066324799849379984210473213830012210011000011221015786289997032550576088996073589632320343 002554059 >Consensus xxxxxkxvxFdegsyxxFxYkgkxYxvxxqevxexxixxxkvxFxkxlvvdxKxekxisksnxxsvtlxlnnlYxxsdkxlaigInDxYYKvxlesdxxx xxaxxxxxx >c2n32A_ YQTSHKKVRFDEGSYTNFIYDNKSYFVTDKEIPQENVNNSKVKFYKLLIVDMKSEKLLSSSNKNSVTLVLNNIYEASDKSLCMGINDRYYKILPESDKGA VKALRLQNF >UniRef50_Q2QBS6(26-123:238) NsuI n=1 Tax=Streptococcus uberis RepID=Q2QBS6_STRUB E=2e-28 s/c=1.29 id=31% cov=91% -----KTIEFHDQSFNQFRYKGNEYTIMNQIVDENDLGIMKESFIKTLVIDKKTHKVISKSNSDSISLAYSGLYNHSD-GLAISINDSYYKVSLSSDVKS NNAM----- >UniRef50_A4VUS2(21-106:125) Putative uncharacterized protein n=6 Tax=Streptococcus suis RepID=A4VUS2_STRSY E=0.0004 s/c=0.53 id=35% cov=73% ---------FDEG-YQTFHYKGKVYAVSKQEVAEDSIQGTEVQFMEWPVV--KEEGAVKK------TVSLNNLYVTTNKEWAIGVQDGYYKVDLEEN--- --------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Y 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 H 5 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1598 0 0 K 7 * * * * * * * * 985 * * * * * * * 1015 * * * 7 0 * * * * * * 1598 0 0 V 8 * * * * * * * 1015 * * * * * * * * * 985 * * 8 0 * * * * * * 1598 0 0 R 9 * * * 1015 * * * * * * * * * * 985 * * * * * 9 0 * * * * * * 1598 0 0 F 10 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1919 0 0 D 11 * * 629 * * * 1501 * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1919 0 0 E 12 * * 1501 629 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1919 0 0 G 13 * * * * * 629 * * * * * * * 1501 * * * * * * 13 513 * 1741 * * * * 1919 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * 0 * 1598 0 1000 Y 15 * * * * 1501 * * * * * * * * * * * * * * 629 15 0 * * * * * * 1919 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * 1501 * 1741 * * 1525 * * * 16 0 * * * * * * 1919 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 1525 * 1501 * * 1741 * * * 17 0 * * * * * * 1919 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1919 0 0 I 19 * * * * * * 1741 1525 * * * * * * 1501 * * * * * 19 0 * * * * * * 1919 0 0 Y 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 20 0 * * * * * * 1919 0 0 D 21 * * 1525 * * * * * 616 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1919 0 0 N 22 * * * * * 616 * * * * * 1525 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1919 0 0 K 23 * * * * * * * * 629 * * 1501 * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1919 0 0 S 24 * * * 1501 * * * * * * * * * * * 1525 * 1741 * * 24 0 * * * * * * 1919 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 25 0 * * * * * * 1919 0 0 F 26 1741 * * * 1525 * * * * * * * * * * * 1501 * * * 26 0 * * * * * * 1919 0 0 V 27 * * * * * * * 1501 * * * * * * * * * 629 * * 27 0 * * * * * * 1919 0 0 T 28 * * * * * * * * * * 1501 * * * * 1741 1525 * * * 28 0 * * * * * * 1919 0 0 D 29 * * 1525 * * * * * 1741 * * 1501 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1919 0 0 K 30 * * * * * * * * 1525 * * * * 616 * * * * * * 30 0 * * * * * * 1919 0 0 E 31 * * * 629 * * * 1501 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1919 0 0 I 32 * * * * * * * 1525 * * * * * * * * * 616 * * 32 0 * * * * * * 1919 0 0 P 33 1741 * 1501 * * * * * * * * * 1525 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1919 0 0 Q 34 * * * 616 * * * * * * * * * 1525 * * * * * * 34 0 * * * * * * 1919 0 0 E 35 * * 1741 1525 * * * * * * * 1501 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1919 0 0 N 36 * * 1501 * * * * * * * * 1525 * * * 1741 * * * * 36 0 * * * * * * 1919 0 0 V 37 * * * * * * * 1741 * 1501 * * * * * * * 1525 * * 37 0 * * * * * * 1919 0 0 N 38 * * * * * 1501 * * * * * 1525 * 1741 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1919 0 0 N 39 * * * * * 1741 * 1501 * * * 1525 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1919 0 0 S 40 * * * * * * * * * * 1501 * * * * 1525 1741 * * * 40 0 * * * * * * 1919 0 0 K 41 * * * 1741 * * * * 513 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1919 0 0 V 42 * * * 1501 * * * * * * * * * * * * * 629 * * 42 0 * * * * * * 1919 0 0 K 43 * * * * * * * * 1525 * * * * 1741 * 1501 * * * * 43 0 * * * * * * 1919 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1919 0 0 Y 45 * * * * * * * 1501 * * 1741 * * * * * * * * 1525 45 0 * * * * * * 1919 0 0 K 46 * * * 1741 * * * * 513 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1919 0 0 L 47 * * * * * * * * * 1525 * * * * * * 1501 * 1741 * 47 0 * * * * * * 1919 0 0 L 48 * * * * * * * * * 513 * * 1741 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1919 0 0 I 49 * * * * * * * 1525 * * * * * * * * * 616 * * 49 0 * * * * * * 1919 0 0 V 50 * * * * * * * 1501 * * * * * * * * * 629 * * 50 513 * 1741 * * * * 1919 0 0 D 51 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * 0 1598 0 1000 M 52 * * * * * * * * 1015 * 985 * * * * * * * * * 52 0 * * * * 0 * 1598 0 1000 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1919 0 0 S 54 * * * 1741 * * * * * * * * * * * 1525 1501 * * * 54 0 * * * * * * 1919 0 0 E 55 * * * 629 * * 1501 * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1919 0 0 K 56 * * * * * 1741 * * 513 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1919 0 0 L 57 1741 * * * * * * * * 1525 * * * * * * * 1501 * * 57 0 * * * * * * 1919 0 0 L 58 * * * * * * * 1501 * 1525 * * * * * * * 1741 * * 58 0 * * * * * * 1919 0 0 S 59 * * * * * * * * 1741 * * * * * * 513 * * * * 59 0 * * * * * * 1919 0 0 S 60 * * * * * * * * 616 * * * * * * 1525 * * * * 60 513 * 1741 * * * * 1919 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 61 0 * * * * * 0 1598 0 1000 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * 0 1598 0 1000 K 63 * * * * * * * * 985 * * * * * * 1015 * * * * 63 0 * * * * * 0 1598 0 1000 N 64 * * 1015 * * * * * * * * 985 * * * * * * * * 64 0 * * * * * 0 1598 0 1000 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * 0 1598 0 1000 V 66 * * * * * * * 1015 * * * * * * * * * 985 * * 66 0 * * * * 0 * 1598 0 1000 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * 1501 629 * * * 67 0 * * * * * * 1919 0 0 L 68 * * * * * * * * * 513 * * * * * * * 1741 * * 68 0 * * * * * * 1919 0 0 V 69 1501 * * * * * * * * * * * * * * 1741 * 1525 * * 69 0 * * * * * * 1919 0 0 L 70 * * * * * * * * * 629 * * * * * * * * * 1501 70 0 * * * * * * 1919 0 0 N 71 * * * * * * * * * * * 629 * * * 1501 * * * * 71 0 * * * * * * 1919 0 0 N 72 * * * * * 1501 * * * * * 629 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1919 0 0 I 73 * * * * * * * 1525 * 616 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1919 0 0 Y 74 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 74 0 * * * * * * 1919 0 0 E 75 * * * 1525 * * * * * * * 1501 * * * * * 1741 * * 75 0 * * * * * * 1919 0 0 A 76 1525 * * * * * 1501 * * * * * * * * * 1741 * * * 76 0 * * * * * * 1919 0 0 S 77 * * * * * * * * * * * * * * * 513 1741 * * * 77 0 * * * * * * 1919 0 0 D 78 * * 513 * * * * * * * * 1741 * * * * * * * * 78 629 * 1501 * * * * 1919 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * 0 * 1490 0 1000 S 80 * * * 1741 * 1501 * * * * * * * * * 1525 * * * * 80 0 * * * * * * 1919 0 0 L 81 * * * * * * * * * 513 * * * * * * * * 1741 * 81 0 * * * * * * 1919 0 0 C 82 616 1525 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1919 0 0 M 83 * * * * * * * 616 * * 1525 * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1919 0 0 G 84 * * * * * 629 * * * * * * * * * 1501 * * * * 84 0 * * * * * * 1919 0 0 I 85 * * * * * * * 513 * * * * * * * * * 1741 * * 85 0 * * * * * * 1919 0 0 N 86 * * * * * * * * * * * 513 * 1741 * * * * * * 86 0 * * * * * * 1919 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1919 0 0 R 88 * * * * * 1741 * * * * * * * * 1525 1501 * * * * 88 0 * * * * * * 1919 0 0 Y 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 89 0 * * * * * * 1919 0 0 Y 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 90 0 * * * * * * 1919 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1919 0 0 I 92 * * * * * * * 1525 * * * * * * * * * 616 * * 92 0 * * * * * * 1919 0 0 L 93 * * 1741 * * * * * * 1525 * * * * * 1501 * * * * 93 0 * * * * * * 1919 0 0 P 94 * * * * * * * * * 616 * * 1525 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1919 0 0 E 95 * * * 629 * * * * * * * * * * * 1501 * * * * 95 0 * * * * * * 1919 0 0 S 96 * * * 1741 * * * * * * * * * * * 513 * * * * 96 0 * * * * * * 1919 0 0 D 97 * * 513 * * * * * * * * 1741 * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1919 0 0 K 98 * * * * * * * * 985 * * * * * * * * 1015 * * 98 0 * * * * * * 1598 0 0 G 99 * * * * * 985 * * 1015 * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1598 0 0 A 100 985 * * * * * * * * * * * * * * 1015 * * * * 100 0 * * * * * * 1598 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * 1015 * * * * * 985 * * 101 0 * * * * * * 1598 0 0 K 102 * * * * * * * * 985 * * 1015 * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1598 0 0 A 103 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1598 0 0 L 104 * * * * * * * * * 985 1015 * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1598 0 0 R 105 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 107 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //