HHsearch 1.5 NAME c2mxxA_ FAM FILE c2mxxA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2mxxA_.a3m DATE Sat May 16 08:16:09 2015 LENG 179 match states, 179 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4114 -1.7869 SEQ >ss_dssp CCCCCCCCCCCSCCCTTTSSSCTTHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHSHHHHHHHHHHTTTGGGCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTTT SSTTCCSCCCCCHHHHHHTTCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCC >sa_dssp EDCDDEEEDEEEEECDDCEEEEEEBEDBEECCDEDDEDAEEEACDCDABCABCBCBDECCEDDEECDECDDCCDBACCBABBDBCCECACECCBEECEEE DDDEBEEEEDCCCBCDDBEECEEEEDDEEEEECEECEEDEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH HHHCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCC >ss_conf 9610122321278605875521577898999874055200200258245454555554306766501357888887767788998999999997633201 2202100126881113478998740455788430002667854477766667654421223211044013443321159 >Consensus madeatdaarnndgayylqtqftnadkvneylaqhdgeiraeaaadpavvaakaaldaveggshnygevkaayeaafnnafnavrnkyvqrfqatynnat eqegktyiqgetpeqanarylkrvgaannqnpaaedkgattpaskeeakkseaaaknagkaagkalpktsavkhhhhhh >c2mxxA_ MADEATDAARNNDGAYYLQTQFTNADKVNEYLAQHDGEIRAEAAADPAVVAAKAALDAVEGGSHNYGEVKAAYEAAFNNAFNAVRNKYVQRFQATYNNAT EQEGKTYIQGETPEQANARYLKRVGAANNQNPAAEDKGATTPASKEEAKKSEAAAKNAGKAAGKALPKTSAVKHHHHHH # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 A 15 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 16 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 19 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 21 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 F 22 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 D 26 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 N 29 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 31 0 * * * * * * 1000 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 34 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 H 35 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 I 39 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 A 44 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 P 47 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 V 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 A 52 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 D 57 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 A 58 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 V 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 G 61 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 G 62 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 H 64 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 66 0 * * * * * * 1000 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 K 70 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 73 0 * * * * * * 1000 0 0 E 74 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 A 75 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 A 76 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 F 77 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 N 78 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 F 81 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 N 82 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 R 85 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 N 86 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 88 0 * * * * * * 1000 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 R 91 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 F 92 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 93 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 T 95 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 96 0 * * * * * * 1000 0 0 N 97 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 T 100 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 E 101 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 102 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 E 103 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 G 104 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 K 105 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 107 0 * * * * * * 1000 0 0 I 108 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 E 111 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 T 112 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 P 113 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 E 114 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 115 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 N 117 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 A 118 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 R 119 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 120 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 120 0 * * * * * * 1000 0 0 L 121 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 K 122 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 R 123 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 V 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 G 125 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 A 126 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 A 127 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 N 128 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 N 129 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 130 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 N 131 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 P 132 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 A 133 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 A 134 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 E 135 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 D 136 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 K 137 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 G 138 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 A 139 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 T 140 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 T 141 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 P 142 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 A 143 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 S 144 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 K 145 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 E 146 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 E 147 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 A 148 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 K 149 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 K 150 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 S 151 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 E 152 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 A 153 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 A 154 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 A 155 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 K 156 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 N 157 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 A 158 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 G 159 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 K 160 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 A 161 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 A 162 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 G 163 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 K 164 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 A 165 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 L 166 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 P 167 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 K 168 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 T 169 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 S 170 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 A 171 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 V 172 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 K 173 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 H 174 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 H 175 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 H 176 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 H 177 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 H 178 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 H 179 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 179 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //