HHsearch 1.5 NAME c2mu4A_ FAM FILE c2mu4A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2mu4A_.a3m DATE Sat Jun 13 08:23:25 2015 LENG 114 match states, 114 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.1 EVD 0.4198 -0.8960 SEQ >ss_dssp CCSCCEEETTEEEEEESSCHHHHHHHHHHHHHTTCCCCTTCCCCCEEEEEECSSEEEEEEECSSCTTCEEEEEEEEETTTEEEEEECCCTTCTHHHHHHH HHHHHHHHHHHHCC >sa_dssp EDCCCDEDECDBCACAEBDBECACDAACCAADEBEBECEDEBDCECDEDCEEDEBACACADCEEBEDCCBDABACDDEEEBACACBCCBEDCBCECADDA BDDACCCADEEDEE >ss_pred CCCCCEEEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCEEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHH HHHHHHHHCCCCCC >ss_conf 9877545400699982378999999999862059705861521321330357872799970477876449999998067623899997065303456787 87765311013569 >Consensus xdxgtxYxdGyYixxlxynfxxVYxAtlxsIxxgxtxxxxxxxydlxxnxxxxxkaxixxxxxxDxxdslxixixklsxxxTkvxIKygxxGdsirSSal xxxIegnixyaxxx >c2mu4A_ MDKGTQYKDGYYITTLNYNFNTVYNATLQAIQNGQTFDYKSNPYDISVNKNNGTDAEIVSASDSDSTDSLQVAMKKLPNNATRISIKYGSQGNSIRSSAL IGIIEGNIRYANTH >UniRef50_A4IVS0(37-136:136) Hypothetical membrane protein n=36 Tax=Francisella RepID=A4IVS0_FRATW E=7e-06 s/c=0.52 id=37% cov=89% ------YIDGNYFMNIEGNYKAVYKATLKAINDNNDFVLVSK--DLDQTKQN---ADIEGATKIDST-SFSVKIERLTDQATKVTIKFGTFGDQAMSSTL MDQIQAAVHKAS-- >UniRef50_C6YUX7(1-138:138) Predicted protein n=2 Tax=Francisella philomiragia RepID=C6YUX7_9GAMM E=3e-39 s/c=1.18 id=41% cov=98% SienNNGIKYVEGYYIVDMPYSFDKVYSAALESIKTGETYTINGVPYDLKINSNANGKAILEGVNDNDLKDTIRIEIVKLSDELTKVAIKYGKDGNSIRS SAEVQIIEGNIKYG--- >UniRef50_B4ARS3(1-131:135) Lipoprotein, putative n=17 Tax=Francisella RepID=B4ARS3_FRANO E=6e-31 s/c=1.18 id=40% cov=92% StnDSNTRYENGYYIAELNYDFNDVYQATINSISSGITYDENGHVYNLLENSEINNKVTITAVNNKDPNDRLEIIIFKISKNNTKIMIKYADHGDSIRSS ALLNTI---------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 1561 * * * * 597 * * * * 1 1561 597 * 1320 738 * * 1846 1482 0 D 2 * * 581 * * * * * * * * 1592 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1846 0 0 K 3 * * * * * * * * 1561 * * 1592 * * * 1602 * * * * 3 0 * * * * * * 1846 0 0 G 4 * * * * * 576 * * * * * 1602 * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1846 0 0 T 5 * * * * * * * 1592 * * * * * * * * 581 * * * 5 0 * * * * * * 1846 0 0 Q 6 * * * * * * * * 1592 * * * * 1561 1602 * * * * * 6 0 * * * * * * 1846 0 0 Y 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 7 0 * * * * * * 2193 0 0 K 8 * * * 1971 * * * 1942 2065 * * * * * * * * 2025 * * 8 0 * * * * * * 2193 0 0 D 9 * * 1002 2025 * * * * * * * 1971 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2193 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 2193 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * 1942 * * * * * * * 435 11 0 * * * * * * 2193 0 0 Y 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 12 0 * * * * * * 2193 0 0 I 13 * * * * 1942 * * 435 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 2193 0 0 T 14 1971 * * * * * * * * * 1942 * * * * * 2065 2025 * * 14 0 * * * * * * 2193 0 0 T 15 * * 2025 1971 * * * * * * * 1942 * * * * 2065 * * * 15 0 * * * * * * 2193 0 0 L 16 * * * * * * * 1942 * 1017 2025 * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 2193 0 0 N 17 * * * 1942 * * * * * * * 1017 2025 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 2193 0 0 Y 18 * * * * * 1942 * * * * * * * * * * * * * 435 18 0 * * * * * * 2193 0 0 N 19 * * 1971 * * * * * * * * 1002 * * * 2025 * * * * 19 0 * * * * * * 2193 0 0 F 20 * * * * 435 * * * * * * * * * * * * * * 1942 20 0 * * * * * * 2193 0 0 N 21 * * 2025 * * * * * 1942 * * 1017 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 2193 0 0 T 22 1942 * 1971 * * * * * 2025 * * * * * * * 2065 * * * 22 0 * * * * * * 2193 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 23 0 * * * * * * 2193 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 2193 0 0 N 25 * * * * * * * * 1942 * * 2065 * 1971 * 2025 * * * * 25 0 * * * * * * 2193 0 0 A 26 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 2193 0 0 T 27 2025 * * * * * * * * * * * * * * * 407 * * * 27 0 * * * * * * 2193 0 0 L 28 * * * * * * * 1971 * 425 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 2193 0 0 Q 29 * * * 2025 * * * * 1942 * * 1971 * 2065 * * * * * * 29 0 * * * * * * 2193 0 0 A 30 1002 * * * * * * * * * * * * * * 998 * * * * 30 0 * * * * * * 2193 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 2193 0 0 Q 32 * * * * * * * * 2025 * * 1942 * 2065 * 1971 * * * * 32 0 * * * * * * 2193 0 0 N 33 * * 1942 * * * * * * * * 2065 * * * 1971 2025 * * * 33 0 * * * * * * 2193 0 0 G 34 * * * * * 435 * * * * * 1942 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2193 0 0 Q 35 * * * 2025 * * * 1971 * * * 1942 * 2065 * * * * * * 35 0 * * * * * * 2193 0 0 T 36 * * 1942 * * * * * * * * * * * * * 435 * * * 36 0 * * * * * * 2193 0 0 F 37 * * * * 1002 * * * * * * * * * * * * * * 998 37 0 * * * * * * 2193 0 0 D 38 * * 1017 * * * * * * * * * * * * * 2025 1942 * * 38 0 * * * * * * 2193 0 0 Y 39 * * * 1971 * * * 2025 * 1942 * * * * * * * * * 2065 39 0 * * * * * * 2193 0 0 K 40 * * * * * * * * 2065 * * 998 * * * * * 1942 * * 40 0 * * * * * * 2193 0 0 S 41 * * * * * 998 * * * * * * * * * 1002 * * * * 41 0 * * * * * * 2193 0 0 N 42 * * * * * * 1971 * 1942 * * 2065 * * * * * 2025 * * 42 435 * 1942 * * * * 2193 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 576 * * * * 1602 * * 43 0 * * * * * 0 1846 0 1000 Y 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 44 0 * * * * 0 * 1846 0 1000 D 45 * * 425 * * * * * * * * 1971 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 2193 0 0 I 46 * * * * * * * 2065 * 394 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 2193 0 0 S 47 * * 1942 * * * * * 2025 1971 * * * * * 2065 * * * * 47 0 * * * * * * 2193 0 0 V 48 * * * 1971 * * * 2025 * * * * * 1942 * * * 2065 * * 48 0 * * * * * * 2193 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 435 * * * * 1942 * * * 49 0 * * * * * * 2193 0 0 K 50 * * * * * * * * 1002 * * * * * * 998 * * * * 50 0 * * * * * * 2193 0 0 N 51 * * * 1971 * * * * * * * 1045 * 1942 * * * * * * 51 0 * * * * * * 2193 0 0 N 52 2025 * * * * * * 1971 * * * 1002 * * * * * * * * 52 435 * 1942 * * * * 2193 0 0 G 53 * * * * * 1561 * * * * * 597 * * * * * * * * 53 0 * * * * * 0 1846 0 1000 T 54 * * * * * 1592 * * * * * 1602 * * * * 1561 * * * 54 0 * * * * * 0 1846 0 1000 D 55 * * 1561 * * * * * 597 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * 0 * 1846 0 1000 A 56 425 * * * * * * * * * * * * * * * * 1971 * * 56 0 * * * * * * 2193 0 0 E 57 * * 1942 2065 * * * 2025 * * * * * * * * 1971 * * * 57 0 * * * * * * 2193 0 0 I 58 * * * * * * * 407 * 2025 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 2193 0 0 V 59 * * * 983 * * * * * * * * * * * * 1971 2065 * * 59 0 * * * * * * 2193 0 0 S 60 1971 * * * * 983 * * * * * * * * * 2065 * * * * 60 0 * * * * * * 2193 0 0 A 61 1002 * * * * * * * * * * * * * * * * 998 * * 61 0 * * * * * * 2193 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * 998 * * * 2065 1942 * * * 62 0 * * * * * * 2193 0 0 D 63 * * 1045 * * * * * 1942 * * 1971 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 2193 0 0 S 64 * * * * * * * 1942 1971 * * 2025 * * * 2065 * * * * 64 0 * * * * * * 2193 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2193 0 0 S 66 * * * * * * * * * 2025 * * 1971 * * 1002 * * * * 66 0 * * * * * * 2193 0 0 T 67 * * * * * * * * 2025 * * 1971 * * * * 1002 * * * 67 435 * 1942 * * * * 2193 0 0 D 68 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * 0 * 1846 0 1000 S 69 * * * * * * * * * * * * * * 1971 1002 2025 * * * 69 0 * * * * * * 2193 0 0 L 70 * * * * 1942 * * 2025 * 1017 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 2193 0 0 Q 71 * * * 1971 * * * * * * * * * 2065 2025 1942 * * * * 71 0 * * * * * * 2193 0 0 V 72 * * * * * * * 998 * * * * * * * * * 1002 * * 72 0 * * * * * * 2193 0 0 A 73 2065 * * 2025 * * * 1971 1942 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 2193 0 0 M 74 * * * * * * * 394 * * 2065 * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2193 0 0 K 75 * * * 1942 1971 * * * 2065 * * * * * * * * 2025 * * 75 0 * * * * * * 2193 0 0 K 76 * * * * * * * * 435 * * * * * 1942 * * * * * 76 0 * * * * * * 2193 0 0 L 77 * * * * * * * 1971 * 425 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2193 0 0 P 78 * * * * * * * * * * * * 2065 * * 998 1942 * * * 78 0 * * * * * * 2193 0 0 N 79 * * 983 * * * * * 1971 * * 2065 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 2193 0 0 N 80 * * * 2025 * * * * * * * 1017 * 1942 * * * * * * 80 0 * * * * * * 2193 0 0 A 81 1002 * * * * * * * * 2025 * 1971 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 2193 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 82 0 * * * * * * 2193 0 0 R 83 * * * * * * * * 394 * * * * * 2065 * * * * * 83 0 * * * * * * 2193 0 0 I 84 * * * * * * * 1017 * * * * * * * * * 983 * * 84 0 * * * * * * 2193 0 0 S 85 2025 * * * * * * * * * 1971 * * * * 2065 1942 * * * 85 0 * * * * * * 2193 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2193 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2193 0 0 Y 88 * * * * 1942 * * * * * * * * * * * * * * 435 88 0 * * * * * * 2193 0 0 G 89 1971 * * * * 425 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 2193 0 0 S 90 * * 1971 * * * * * 2025 * * * * * * 2065 1942 * * * 90 0 * * * * * * 2193 0 0 Q 91 * * 2025 * 1942 * 1971 * * * * * * 2065 * * * * * * 91 0 * * * * * * 2193 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2193 0 0 N 93 * * 956 * * * * * * * * 1045 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 2193 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * 1942 * 435 * * * * 94 0 * * * * * * 2193 0 0 I 95 1942 * * * * * * 435 * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 2193 0 0 R 96 * * * * * * * * * * 1942 * * * 435 * * * * * 96 0 * * * * * * 2193 0 0 S 97 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 97 0 * * * * * * 2193 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 2193 0 0 A 99 435 * * * * * * * * * * * * * * * 1942 * * * 99 0 * * * * * * 2193 0 0 L 100 * * * 2025 * * * * * 407 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 2193 0 0 I 101 * * * * * * * 2065 * 1971 1942 * * * * * * 2025 * * 101 0 * * * * * * 2193 0 0 G 102 * * 1942 * * 2065 * * * * * 1971 * 2025 * * * * * * 102 0 * * * * * * 2193 0 0 I 103 * * * * * * * 1045 * * * * * 1942 * * 1971 * * * 103 0 * * * * * * 2193 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 2193 0 0 E 105 * * * 578 * * * * * * * * * 1599 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1905 0 0 G 106 1599 * * * * 578 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1905 0 0 N 107 1599 * * * * * * * * * * 578 * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1905 0 0 I 108 * * * * * * * 578 * * * * * * * * * 1599 * * 108 0 * * * * * * 1905 0 0 R 109 * * * * * * 1599 * 1528 * * * * * 1630 * * * * * 109 0 * * * * * * 1905 0 0 Y 110 * * * * * * * * 1599 * * * * * * * * * * 578 110 0 * * * * * * 1905 0 0 A 111 614 * * * * 1528 * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1905 0 0 N 112 * * * * * * * * * * * 921 * * * 1084 * * * * 112 0 * * * * * * 1508 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 H 114 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //