HHsearch 1.5 NAME c2mpoA_ FAM FILE c2mpoA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2mpoA_.a3m DATE Sat Nov 29 08:15:24 2014 LENG 182 match states, 182 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4235 -0.3411 SEQ >ss_dssp CCSSEEECSBSSCCCCSSSSCCCBEEEECCCCSSEEEEEEECCCSSSSSSCCCCCCEEEEEECSSSTTCCTTTTTEEEEEECSSTTTSSCEEEEECCCCC SSCCCEEEEEECSSSSCEEEEEEEECSSSTTTCEEEEEEEEEECCCSCCCEEEEEETCCCSEEEEETTTCCCCSCGGGTBCC >sa_dssp EEDEDEDBDCDAAAABCEDDEADCACABADCBECACADABABCADEEEEECEECDAACADABAEDBEECDEECCBDACBCBCCBDEBEEEDDEDCEACAD BDCDBABABAAAEECECACABACACBEEDDEECDBEDEBDADAABBBBAAAAADBEEBEBEDACAABAACACEBEEEDDBEE >ss_pred CCEEEEECCCCCEEEEEEECHHHEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCHHEEECCCC CCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEEEEECCCEEEEEECCCEEEEEEEECCCCEEECCCCCCCCCC >ss_conf 9226773258807987863800169874055667459999844555776422312101235302458875654431454315897511124100211001 4683599999668887678778985068876763665576500326430332313772887765035822202786645359 >Consensus tflelvevpcnsvhvqgvmtpnqmvkvtgagwdngvlefyvtrptktggdtsrshlasimcyskdidgvpsdkagkcflknfsgedsseidekevslpik shndafmfvcssndgsalqcdvfaldntnssdgwkvntvdlgvsvspdlafgltadgvkvkklyassgltainddpslgcka >c2mpoA_ TFLELVEVPCNSVHVQGVMTPNQMVKVTGAGWDNGVLEFYVTRPTKTGGDTSRSHLASIMCYSKDIDGVPSDKAGKCFLKNFSGEDSSEIDEKEVSLPIK SHNDAFMFVCSSNDGSALQCDVFALDNTNSSDGWKVNTVDLGVSVSPDLAFGLTADGVKVKKLYASSGLTAINDDPSLGCKA # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 C 10 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 H 14 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 16 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 M 19 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 P 21 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 N 22 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 M 24 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 V 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 W 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 D 33 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 N 34 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 F 39 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1000 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 R 43 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 D 50 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 T 51 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 S 52 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 H 55 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 M 60 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 C 61 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 K 64 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 I 66 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 D 67 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 P 70 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 D 72 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 K 73 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 K 76 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 C 77 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 F 78 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 K 80 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 N 81 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 F 82 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 G 84 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 S 88 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 E 89 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 I 90 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 D 91 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 E 92 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 K 93 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 V 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 P 98 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 K 100 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 H 102 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 N 103 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 D 104 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 A 105 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 F 106 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 M 107 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 F 108 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 V 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 C 110 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 S 111 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 S 112 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 N 113 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 D 114 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 S 116 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 A 117 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 119 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 C 120 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 D 121 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 V 122 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 F 123 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 A 124 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 D 126 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 N 127 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 T 128 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 N 129 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 S 130 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 S 131 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 D 132 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 G 133 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 W 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 K 135 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 V 136 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 T 138 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 V 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 D 140 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 L 141 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 G 142 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 V 143 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 S 144 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 V 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 S 146 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 P 147 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 D 148 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 L 149 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 A 150 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 F 151 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 G 152 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 L 153 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 T 154 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 A 155 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 D 156 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 G 157 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 V 158 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 K 159 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 V 160 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 K 161 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 K 162 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 L 163 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 164 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 164 0 * * * * * * 1000 0 0 A 165 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 S 166 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 S 167 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 G 168 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 L 169 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 T 170 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 A 171 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 I 172 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 N 173 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 D 174 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 D 175 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 P 176 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 S 177 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 L 178 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 G 179 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 C 180 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 K 181 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 181 0 * * * * * * 1000 0 0 A 182 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 182 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //