HHsearch 1.5 NAME c2mj7A_ FAM FILE c2mj7A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2mj7A_.a3m DATE Sat Feb 1 08:17:11 2014 LENG 141 match states, 141 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4011 -1.1290 SEQ >ss_dssp CCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCEECCSCCCHHHHHHHHHHSCCSEEEEEECCSSCCHHHHHHHHHHTTCEEEEECCTTCSSEEEEEEEEETTSCEEEEEEE ECSSSCEEEEEEEESSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCC >sa_dssp EDEEEEEEEEEEEEEEEEECDBDDDEEBEEEDBDECBEECEDDCDCEDEBEEEBCBEDADEBADECDABCCDBCEEEDDDADACAAACADEDABAAABAC ACDEEDCACAAABBEEEDEDBCECABDCACEAACDBCCEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHEEEEHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCEEEEEHHHH CCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9741123557773755573477038774888875322111100210578875347267999997531225553388887248999974681226515142 07898549999722785148899999999999997987509 >Consensus mghhhhhhshmqelpdsgxLxLxxxxxLTxdxFEkTWLxLkvahQxxxPxxxxxxPxtLQxAlqxlnIQxlAxtxxxtxPWrvYLxxxxxxxxLxLxELL xePGxsExxisxkQxxxxxExLxxFxSvLxTVixTieeiks >c2mj7A_ MGHHHHHHSHMQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLKVAHQQVLPWRGEFHPDTLQMALQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELL LEPGNSEMQISVKQNEARTETLNSFISVLETVIGTIEEIKS >UniRef50_UPI00016E0FA2(454-580:585) UPI00016E0FA2 related cluster n=1 Tax=Takifugu rubripes RepID=UPI00016E0FA2 E=9e-43 s/c=1.37 id=38% cov=81% ------------------GLSLSSSPTLTPEEFERTWLRL----QRLPPGQTLCSPHNLQAALQLLNIQMLAFTPPHTLPWRVYLYTHTQRAraghTLVL GELLW-PGETqkeggaepeeEVRVTLRQQPPDDEALKGFFSILTTVLQTV----- >UniRef50_Q4SUM9(714-777:778) Chromosome undetermined SCAF13860, whole genome shotgun sequence n=1 Tax=Tetraodon nigroviridis RepID=Q4SUM9_TETNG E=2e-16 s/c=1.36 id=39% cov=22% -------------------------------------------------------PHTLQAAMRQLHIQMLAFTPPHTLPWRVYL--------------- ----------------------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 H 5 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 H 6 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 H 7 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 H 8 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 H 10 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 M 11 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 A 19 940 * * * * 1062 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1508 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1508 0 0 M 21 * * * * * * * * * * 940 * * * * 1062 * * * * 21 0 * * * * * * 1508 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1508 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * 1062 * 940 * * 23 0 * * * * * * 1508 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 940 * * 1062 * * * * 24 0 * * * * * * 1508 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 940 * * * 1062 * * * * 25 0 * * * * * * 1508 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * 1062 * 940 * * * * * 26 0 * * * * * * 1508 0 0 Q 27 * * * * * * * * * * * * * 940 * * 1062 * * * 27 0 * * * * * * 1508 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1508 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1508 0 0 A 30 940 * * * * * * * * * * * 1062 * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1508 0 0 D 31 * * 940 1062 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1508 0 0 Y 32 * * * 1062 * * * * * * * * * * * * * * * 940 32 0 * * * * * * 1508 0 0 F 33 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1508 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1508 0 0 K 35 * * * * * * * * 940 * * * * * 1062 * * * * * 35 0 * * * * * * 1508 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1508 0 0 W 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 37 0 * * * * * * 1508 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1508 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * 1062 940 * * * * 39 0 * * * * * * 1508 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 940 * 1062 * * * * 1508 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * 0 1000 0 1000 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * 0 1000 0 1000 H 44 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 Q 45 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1508 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 940 1062 * * * * * 46 0 * * * * * * 1508 0 0 V 47 * * * * * * * * * 1062 * * * * * * * 940 * * 47 0 * * * * * * 1508 0 0 L 48 * * * * * * * * * 940 * * 1062 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1508 0 0 P 49 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1508 0 0 W 50 * * * * * 1062 * * * * * * * * * * * * 940 * 50 0 * * * * * * 1508 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * * * 1062 940 * * * * * 51 0 * * * * * * 1508 0 0 G 52 * * * * * 940 * * * * * * * * * * 1062 * * * 52 0 * * * * * * 1508 0 0 E 53 * * * 940 * * * * * 1062 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1508 0 0 F 54 * 1062 * * 940 * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1508 0 0 H 55 * * * * * * 940 * * * * * * * * 1062 * * * * 55 0 * * * * * * 1508 0 0 P 56 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1541 0 0 D 57 * * 1322 * * * 737 * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1541 0 0 T 58 * * * * * * * * * * * 1778 * * * * 497 * * * 58 0 * * * * * * 1541 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1541 0 0 Q 60 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1541 0 0 M 61 737 * * * * * * * * * 1322 * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1541 0 0 A 62 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1541 0 0 L 63 * * * * * * * * * 532 1697 * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1541 0 0 Q 64 * * * * * * * * * * * * * 532 1697 * * * * * 64 0 * * * * * * 1541 0 0 V 65 * * * * * * * * * 1778 * * * 1697 * * * 1322 * * 65 0 * * * * * * 1541 0 0 V 66 * * * * * * * * * 737 * * * * * * * 1322 * * 66 0 * * * * * * 1541 0 0 N 67 * * * * * * 1697 * * * * 532 * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1541 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1541 0 0 Q 69 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 69 0 * * * * * * 1541 0 0 T 70 * * * * * * * * * * 737 * * * * * 1322 * * * 70 0 * * * * * * 1541 0 0 I 71 * * * * * * * 1322 * 737 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1541 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1541 0 0 M 73 * * * * 737 * * * * * 1322 * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1541 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 1322 737 * * * 74 0 * * * * * * 1541 0 0 R 75 * * * * * * * * * * * * 737 * 1322 * * * * * 75 0 * * * * * * 1541 0 0 A 76 1322 * * * * * * * * * * * 737 * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1541 0 0 G 77 * * * * * 1322 737 * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1541 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 1322 737 * * * 78 0 * * * * * * 1541 0 0 R 79 * * * * * * * * * 737 * * * * 1322 * * * * * 79 0 * * * * * * 1541 0 0 P 80 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1541 0 0 W 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 81 0 * * * * * * 1541 0 0 K 82 * * * * * * * * 1322 * * * * * 737 * * * * * 82 0 * * * * * * 1541 0 0 A 83 1322 * * * * * * * * * * * * * * * * 737 * * 83 0 * * * * * * 1541 0 0 Y 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 84 0 * * * * * * 1541 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1541 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * * * 940 * * * 1062 86 0 * * * * * * 1508 0 0 A 87 940 * * * * * * * * * * * * * * * 1062 * * * 87 0 * * * * * * 1508 0 0 Q 88 * * * * * * 1062 * * * * * * 940 * * * * * * 88 0 * * * * * * 1508 0 0 D 89 * * 940 * * * * * * * * * * * * * 1062 * * * 89 0 * * * * * * 1508 0 0 D 90 * * 940 * * * * * * * * * * 1062 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1508 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * 1062 * 940 * * * 91 0 * * * * * * 1508 0 0 G 92 1062 * * * * 940 * * * * * * * * * * * * * * 92 940 1062 * 2000 415 * * 1508 1000 0 C 93 * 940 * * * * * * * * * * * * * * 1062 * * * 93 0 * * * * * * 1508 0 0 L 94 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1508 0 0 F 95 * * * * 940 * * * * * * * * * * * * 1062 * * 95 0 * * * * * * 1508 0 0 L 96 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1508 0 0 T 97 * * * * * 1062 * * * * * * * * * * 940 * * * 97 0 * * * * * * 1508 0 0 E 98 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1508 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1508 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1508 0 0 L 101 * * * * * * * * * 940 * * * * * * * * 1062 * 101 940 * 1062 * * * * 1508 0 0 E 102 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 P 103 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1508 0 0 G 104 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1508 0 0 N 105 * * * 1062 * * * * * * * 940 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1508 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * * * 940 1062 * * * 106 940 1062 * 3322 152 * * 1508 1000 0 E 107 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1508 0 0 M 108 * * * * * * * * * * 940 * * * * * * 1062 * * 108 0 * * * * * * 1508 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 940 1062 * * * * * 109 0 * * * * * * 1508 0 0 I 110 * * * * * * * 940 * * * * * * * * * 1062 * * 110 0 * * * * * * 1508 0 0 S 111 * * * * * * * * * * * * * * * 940 1062 * * * 111 0 * * * * * * 1508 0 0 V 112 * * * * * * * * * 1062 * * * * * * * 940 * * 112 0 * * * * * * 1508 0 0 K 113 * * * * * * * * 940 * * * * * 1062 * * * * * 113 0 * * * * * * 1508 0 0 Q 114 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 114 0 * * * * * * 1508 0 0 N 115 * * * * * * * * * * * 940 * 1062 * * * * * * 115 0 * * * * * * 1508 0 0 E 116 * * * 940 * * * * * * * * 1062 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1508 0 0 A 117 940 * * * * * * * * * * * 1062 * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1508 0 0 R 118 * * 1062 * * * * * * * * * * * 940 * * * * * 118 0 * * * * * * 1508 0 0 T 119 * * 1062 * * * * * * * * * * * * * 940 * * * 119 0 * * * * * * 1508 0 0 E 120 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1508 0 0 T 121 1062 * * * * * * * * * * * * * * * 940 * * * 121 0 * * * * * * 1508 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1508 0 0 N 123 * * * * * * * * 1062 * * 940 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1508 0 0 S 124 * * * * * 1062 * * * * * * * * * 940 * * * * 124 0 * * * * * * 1508 0 0 F 125 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1508 0 0 I 126 * * * * 1062 * * 940 * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1508 0 0 S 127 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 127 0 * * * * * * 1508 0 0 V 128 * * * * * * * 1062 * * * * * * * * * 940 * * 128 0 * * * * * * 1508 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1508 0 0 E 130 * * * 940 * * * * * * * * * * * * 1062 * * * 130 0 * * * * * * 1508 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1508 0 0 V 132 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 132 0 * * * * * * 1508 0 0 I 133 * * * * * * * 940 * 1062 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1508 0 0 G 134 * * * * * 940 * * * * * * * 1062 * * * * * * 134 0 * * * * * * 1508 0 0 T 135 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 135 0 * * * * * * 1508 0 0 I 136 * * * * * * * 940 * * * * * * * * * 1062 * * 136 0 * * * * * * 1508 0 0 E 137 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 E 138 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 I 139 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 K 140 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 S 141 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 141 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //