HHsearch 1.5 NAME c2mimA_ FAM FILE c2mimA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2mimA_.a3m DATE Sat Feb 15 08:23:36 2014 LENG 178 match states, 178 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4140 -0.7805 SEQ >ss_dssp CCCCSSSTTCEEEETTEEEEECTTCSSSBCCCSCGGGCBTTEEEEESCCSBCCEEEEEETTEEEEEECCBCSSSSCCSSCCCCCCSCSSCSCCCCCCCCS CCSSSSCCCCEEEETTEEEECCCCSSSSSCCSCCEESSCCCCCCSSBCSCBSSSCCCSCEECCSSTTCCCEEECCCCC >sa_dssp EEEEDDDDBBBDCCCDCBCADACADDEDBEBDCCEECDDECCADAEDBDDCDCBABADAEEDCCBBBBCDEBCEDDDEEEEEEEECEEEEEDEEDEECED EEEEEEDCBCCDEDEDDABACBBCDDEEECCCBBCBEEDECCECEEADCCCDEDDBEBCABACEDEEBDACABBECEE >ss_pred CCCCCCEEEEEEECCCEEEEECCCCCCCCEECCCCCEECCCEEEEECCCCCCEEEEECCCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEE EEEECCEEEEEEECCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCEEEEEEEC >ss_conf 9756730467996384799980688983213588753206515883068984589960488402699851014631012333211101121110047344 443110137724402137788526665654013231011103310111110320787405521358845259999979 >Consensus gshmgqeefaveisgttvtitcpssgddxkwkpdpxxxxnnkyiiqnhdsspltvsctagdxehtmylnakvgsaddakkdaakkddakkddakkdgsva klgvhGlsxsVkExxGxvxLqCqxskdlnTNxxWxxGxxxLgnmrqldLGAixxDPRGTYtCxxxxNxxSTLxVxxRM >c2mimA_ GSHMGQEEFAVEISGTTVTITCPSSGDDIKWKPDPALGDNNKYIIQNHDSSPLTVSCTAGDQEHTMYLNAKVGSADDAKKDAAKKDDAKKDDAKKDGSVA KLGVHGLSMSVKEVSGKVFLQCQESKDLNTNYLWKKGKEELGNMRQLDLGAIYDDPRGTYTCQRDENVNSTLHVHYRM >UniRef50_Q98910(24-91:175) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain n=6 Tax=Neognathae RepID=CD3E_CHICK E=2e-33 s/c=2.10 id=90% cov=39% ----GQEEFAVEISGTTVTITCPSSGDDVKWKPDPKMVVNNKYIIQNHDSSPLTVSCTAGDEEHTMYLNAKV---------------------------- ------------------------------------------------------------------------------ >UniRef50_Q90XD6(21-87:168) CD3 gamma/delta chain protein n=1 Tax=Pleurodeles waltl RepID=Q90XD6_PLEWA E=1e-05 s/c=0.77 id=42% cov=37% ---------------------------------------------------------------------------------------------------- -----GVNVTVRESLGELVLECKGA----TNAEWNTGGRNL----EVNLGALTRDPRGTYSCSEHGNPQSkdTLQVYVRM # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 G 5 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1063 0 0 Q 6 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1063 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1063 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1063 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1063 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1063 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1063 0 0 E 12 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1063 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1063 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1063 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1063 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1063 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1063 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1063 0 0 T 19 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 19 0 * * * * * * 1063 0 0 I 20 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1063 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 21 0 * * * * * * 1063 0 0 C 22 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1063 0 0 P 23 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1063 0 0 S 24 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 24 0 * * * * * * 1063 0 0 S 25 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 25 0 * * * * * * 1063 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1063 0 0 D 27 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1063 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1063 0 0 I 29 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 29 0 * * * * * * 1063 0 0 K 30 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1063 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 31 0 * * * * * * 1063 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1063 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1063 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1063 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1063 0 0 A 36 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1063 0 0 L 37 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1063 0 0 G 38 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * 38 0 * * * * * * 1063 0 0 D 39 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 39 0 * * * * * * 1063 0 0 N 40 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1063 0 0 N 41 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1063 0 0 K 42 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1063 0 0 Y 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 43 0 * * * * * * 1063 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1063 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1063 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1063 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1063 0 0 H 48 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1063 0 0 D 49 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1063 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1063 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1063 0 0 P 52 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1063 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1063 0 0 T 54 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 54 0 * * * * * * 1063 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 55 0 * * * * * * 1063 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1063 0 0 C 57 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1063 0 0 T 58 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 58 0 * * * * * * 1063 0 0 A 59 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1063 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1063 0 0 D 61 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1063 0 0 Q 62 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1063 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1063 0 0 H 64 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1063 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1063 0 0 M 66 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1063 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1063 0 0 L 68 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1063 0 0 N 69 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1063 0 0 A 70 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1063 0 0 K 71 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1063 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1063 0 0 G 73 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 A 75 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 A 78 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 K 80 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 D 81 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 A 82 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 K 84 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 K 85 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 K 89 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 K 90 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 D 91 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 D 92 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 A 93 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 K 94 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 K 95 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 D 96 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 A 100 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 K 101 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 G 103 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 V 104 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 H 105 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 G 106 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1417 0 0 L 107 * * * * * * * * * 850 * * * * * * * 1167 * * 107 0 * * * * * * 1417 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * 1167 * * * 850 * * * * 108 0 * * * * * * 1417 0 0 M 109 * * * * * * * * * * 850 * * * * * * 1167 * * 109 0 * * * * * * 1417 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * * * 850 1167 * * * 110 0 * * * * * * 1417 0 0 V 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 111 0 * * * * * * 1417 0 0 K 112 * * * * * * * * 850 * * * * * 1167 * * * * * 112 0 * * * * * * 1417 0 0 E 113 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1417 0 0 V 114 * * * * * * * * * * * * * * * 1167 * 850 * * 114 0 * * * * * * 1417 0 0 S 115 * * * * * * * * * 1167 * * * * * 850 * * * * 115 0 * * * * * * 1417 0 0 G 116 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1417 0 0 K 117 * * * 1167 * * * * 850 * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1417 0 0 V 118 * * * * * * * * * 1167 * * * * * * * 850 * * 118 0 * * * * * * 1417 0 0 F 119 * * * * 850 * * * * * * * * * * * * 1167 * * 119 0 * * * * * * 1417 0 0 L 120 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1417 0 0 Q 121 * * * 1167 * * * * * * * * * 850 * * * * * * 121 0 * * * * * * 1417 0 0 C 122 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1417 0 0 Q 123 * * * * * * * * 1167 * * * * 850 * * * * * * 123 0 * * * * * * 1417 0 0 E 124 * * * 850 * 1167 * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1417 0 0 S 125 1167 * * * * * * * * * * * * * * 850 * * * * 125 850 * 1167 * * * * 1417 0 0 K 126 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * 0 1000 0 1000 D 127 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * 0 1000 0 1000 L 128 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * 0 1000 0 1000 N 129 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 129 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 T 130 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 130 0 * * * * * * 1417 0 0 N 131 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1417 0 0 Y 132 1167 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 850 132 0 * * * * * * 1417 0 0 L 133 * * * 1167 * * * * * 850 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1417 0 0 W 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 134 0 * * * * * * 1417 0 0 K 135 * * * * * * * * 850 * * 1167 * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1417 0 0 K 136 * * * * * * * * 850 * * * * * * * 1167 * * * 136 0 * * * * * * 1417 0 0 G 137 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1417 0 0 K 138 * * * * * 1167 * * 850 * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1417 0 0 E 139 * * * 850 * * * * * * * * * * 1167 * * * * * 139 0 * * * * * * 1417 0 0 E 140 * * * 850 * * * * * * * 1167 * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1417 0 0 L 141 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 141 850 * 1167 * * * * 1417 0 0 G 142 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * 0 1000 0 1000 N 143 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 143 0 * * * * * 0 1000 0 1000 M 144 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 144 0 * * * * * 0 1000 0 1000 R 145 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 145 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 Q 146 * * * 1167 * * * * * * * * * 850 * * * * * * 146 0 * * * * * * 1417 0 0 L 147 * * * * * * * * * 850 * * * * * * * 1167 * * 147 0 * * * * * * 1417 0 0 D 148 * * 850 * * * * * * * * 1167 * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1417 0 0 L 149 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1417 0 0 G 150 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1417 0 0 A 151 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1417 0 0 I 152 * * * * * * * 850 * 1167 * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1417 0 0 Y 153 * * * * * * * * * * * * * * * * 1167 * * 850 153 0 * * * * * * 1417 0 0 D 154 * * 850 * * * * * * * * * * * 1167 * * * * * 154 0 * * * * * * 1417 0 0 D 155 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1417 0 0 P 156 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1417 0 0 R 157 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 157 0 * * * * * * 1417 0 0 G 158 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1417 0 0 T 159 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 159 0 * * * * * * 1417 0 0 Y 160 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 160 0 * * * * * * 1417 0 0 T 161 * * * * * * * * * * * * * * * 1167 850 * * * 161 0 * * * * * * 1417 0 0 C 162 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1417 0 0 Q 163 * * * * * * * * * * * * * 850 * 1167 * * * * 163 0 * * * * * * 1417 0 0 R 164 * * * 1167 * * * * * * * * * * 850 * * * * * 164 0 * * * * * * 1417 0 0 D 165 * * 850 * * * 1167 * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1417 0 0 E 166 * * * 850 * 1167 * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1417 0 0 N 167 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1417 0 0 V 168 * * * * * * * * * * * * 1167 * * * * 850 * * 168 0 * * * * * * 1417 0 0 N 169 * * * * * * * * * * * 850 * 1167 * * * * * * 169 0 * * * * * * 1417 0 0 S 170 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 170 850 1167 * 1000 1000 * * 1417 1000 0 T 171 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 171 0 * * * * * * 1417 0 0 L 172 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1417 0 0 H 173 * * * * * * 850 * * * * * * 1167 * * * * * * 173 0 * * * * * * 1417 0 0 V 174 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 174 0 * * * * * * 1417 0 0 H 175 * * * * * * 850 * * * * * * * * * * * * 1167 175 0 * * * * * * 1417 0 0 Y 176 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1167 * 850 176 0 * * * * * * 1417 0 0 R 177 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 177 0 * * * * * * 1417 0 0 M 178 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 178 0 * * 0 * * * 1417 0 0 //