HHsearch 1.5 NAME c2mf3A_ FAM FILE c2mf3A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2mf3A_.a3m DATE Sat Oct 18 08:21:59 2014 LENG 47 match states, 47 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4577 2.0998 SEQ >ss_dssp CCCCCCTTSBCCTTTTCCCSSCCEECCCCCSCTTTCCCCCEECCCCC >sa_dssp EEEDCEEEDEBEEEEEDECDCDCEDDECEEEECEEEEDEDCCBBEEE >ss_pred CCCCCCCCCEEEEECCCCCCEEEEECCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 94213557489994488630001506988677366541011237789 >Consensus skecmtdgtvcyihnhndccgsclcsngpiarpwemmvgncmcgpka >c2mf3A_ SKECMTDGTVCYIHNHNDCCGSCLCSNGPIARPWEMMVGNCMCGPKA # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 C 4 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 M 5 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 T 9 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 C 11 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 12 0 * * * * * * 1000 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 H 14 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 H 16 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 C 19 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 C 20 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 C 23 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 C 25 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 P 29 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 I 30 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 R 32 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 W 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 M 36 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 M 37 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 G 39 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 N 40 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 C 41 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 M 42 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 C 43 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 A 47 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //