HHsearch 1.5 NAME c2m9hA_ FAM FILE c2m9hA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2m9hA_.a3m DATE Sat Jul 19 11:45:46 2014 LENG 106 match states, 106 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4095 -0.4084 SEQ >ss_dssp CCSCCCCSSCCCCCCCCSCCSCCCCSSHHHHHHHHHHHHCCCSTTHHHHHHHHHTTSSCSSCCHHHHHHHHHHHHCCCCCSCCCCCSCSSCCCCCCCCCC SCCCCC >sa_dssp EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEDEECACECAEDBCEEDDEDEDDCDEAACEBDDDDEEDEDCEDACECBEDDEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE EEEEEE >ss_pred CCCCHHHHHCCCCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCCCC CCCCCC >ss_conf 9742111100244567860121025711569999999985205014999999997542243247898986557899999973274654310110754200 021369 >Consensus gxgsxsxxaxvgxgtsxxkqrRhKFspxEDeAIlxGvARFxkgxgrFqxIlyAYRsVWhxxRTaxqLyDHWrgtlrxxvxqqxgyrgknsvaxrxxxkas xmenne >c2m9hA_ GPGSLSNFANVGVGTSSGKQKRYKFSASEDEAIIKGLARFTKGQQRFQQIYYAYRSVWHPARTVSQLYDHWRGTLRYKVIQQQGYRGKNSVAARSPEKAS NMENNE >UniRef50_B7S760(664-733:796) TTAGGG repeat-binding factor 2 n=4 Tax=Leishmania RepID=B7S760_LEIAM E=4e-13 s/c=1.08 id=53% cov=50% -------------------RRRHKFSPQEDAAILHGVARFGQMSGSFQYILHAYRSVWRAGRTALHLYDHW----------------------------- ------ >UniRef50_Q4DLL0(212-385:385) Putative uncharacterized protein n=2 Tax=Trypanosoma cruzi RepID=Q4DLL0_TRYCR E=2e-71 s/c=0.71 id=60% cov=92% GT-SRSDIAPVGL---RPKQRRHKFTPEEDEAILQGVARFAKGPGRFESILYAYRGVWHRDRTATQLHDHWRGTLRQRaVLQQGGYRGKNSIATRGGK-- SEME--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1291 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 918 * * * 1087 * * * 2 918 * 1087 * * * * 1291 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1291 0 0 L 5 * * * * * * * * * 918 * * * * 1087 * * * * * 5 0 * * * * * * 1291 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1291 0 0 N 7 * * 1087 * * * * * * * * 918 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1291 0 0 F 8 * * * * 918 * * 1087 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1291 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1291 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 918 1087 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1291 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1291 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1291 0 0 V 13 * * * * * * * * * 1087 * * * * * * * 918 * * 13 918 * 1087 * * * * 1291 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * 0 1000 0 1000 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * 0 1000 0 1000 S 16 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 16 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 17 * * * * * * * * * * * * * * 1087 918 * * * * 17 0 * * * * * * 1291 0 0 G 18 * * * * * 918 * * * * * * 1087 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1291 0 0 K 19 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 20 * * * * * * * * * * * * * 599 1557 * * * * * 20 0 * * * * * * 1513 0 0 K 21 * * * * * * * * 1557 * * * * * 599 * * * * * 21 0 * * * * * * 1513 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 22 0 * * * * * * 1513 0 0 Y 23 * * * * * * 599 * * * * * * * * * * * * 1557 23 0 * * * * * * 1513 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1513 0 0 F 25 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1513 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 557 1642 * * * 26 0 * * * * * * 1513 0 0 A 27 1557 * * * * * * * * * * * 599 * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1513 0 0 S 28 * * * 1642 * * * * * * * * * 1557 * 1557 * * * * 28 0 * * * * * * 1513 0 0 E 29 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1513 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1513 0 0 E 31 1557 * * 599 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1513 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1513 0 0 I 33 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1513 0 0 I 34 * * * * * * * 1557 * 599 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1513 0 0 K 35 * * * * * * 1557 * 1557 * * * * 1642 * * * * * * 35 0 * * * * * * 1513 0 0 G 36 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1513 0 0 L 37 * * * * * * * * * 1557 * * * * * * * 599 * * 37 0 * * * * * * 1513 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1513 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 39 0 * * * * * * 1513 0 0 F 40 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1513 0 0 T 41 1642 * * * * 1557 * * * * * * * * * * 1557 * * * 41 0 * * * * * * 1513 0 0 K 42 * * * * * * * * 599 * * * * 1557 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1513 0 0 G 43 * * * * * 599 * * * * 1557 * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1513 0 0 Q 44 * * * * * * * * * * * * 1642 1557 * 1557 * * * * 44 0 * * * * * * 1513 0 0 Q 45 * * * * * 599 * * * * * * * 1557 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1513 0 0 R 46 * * * * * * * * * * * * * * 599 1557 * * * * 46 0 * * * * * * 1513 0 0 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1513 0 0 Q 48 * * * 1642 * * * * * * * * * 557 * * * * * * 48 0 * * * * * * 1513 0 0 Q 49 * * * * * * * * * * * * * 1557 * 1642 * * * 1557 49 0 * * * * * * 1513 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1513 0 0 Y 51 * * * * * * * * * 599 * * * * * * * * * 1557 51 0 * * * * * * 1513 0 0 Y 52 * * * * * * 1557 * * * * * * * * * * * * 599 52 0 * * * * * * 1513 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1513 0 0 Y 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 54 0 * * * * * * 1513 0 0 R 55 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 55 0 * * * * * * 1513 0 0 S 56 * * * * * 1642 * * * * * * * * * 557 * * * * 56 0 * * * * * * 1513 0 0 V 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 57 0 * * * * * * 1513 0 0 W 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 58 0 * * * * * * 1513 0 0 H 59 * * * * * * 599 * * * * * * * 1557 * * * * * 59 0 * * * * * * 1513 0 0 P 60 1557 * * * * * * * * * * * 1557 * 1642 * * * * * 60 0 * * * * * * 1513 0 0 A 61 1557 * 1642 * * 1557 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1513 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1513 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 63 0 * * * * * * 1513 0 0 V 64 599 * * * * * * * * * * * * * * * * 1557 * * 64 0 * * * * * * 1513 0 0 S 65 * * * * * * * * * 1557 * * * * * 1557 1642 * * * 65 0 * * * * * * 1513 0 0 Q 66 * * * * * * 1557 * * * * * * 599 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1513 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1513 0 0 Y 68 * * * * * * 1642 * * * * * * * * * * * * 557 68 0 * * * * * * 1513 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1513 0 0 H 70 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1513 0 0 W 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 71 0 * * * * * * 1513 0 0 R 72 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 72 0 * * * * * * 1291 0 0 G 73 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1291 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 74 0 * * * * * * 1291 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1291 0 0 R 76 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 76 0 * * * * * * 1291 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * 1087 * * * * * 918 77 0 * * * * * * 1291 0 0 K 78 * * * * * * * * 918 * * * * * 1087 * * * * * 78 918 1087 * 0 * * * 1291 1000 0 V 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 79 0 * * * * * * 1291 0 0 I 80 * * * * * * * 918 * 1087 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 81 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 81 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 82 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 82 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 83 * * * * * 1087 * * * * * * * 918 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1291 0 0 G 84 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1291 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 85 0 * * * * * * 1291 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 86 0 * * * * * * 1291 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1291 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1291 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1291 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 90 0 * * * * * * 1291 0 0 V 91 * * * * * * * 1087 * * * * * * * * * 918 * * 91 0 * * * * * * 1291 0 0 A 92 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1291 0 0 A 93 918 * * * * * * * * * * * * * * * 1087 * * * 93 0 * * * * * * 1291 0 0 R 94 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 94 0 * * * * * * 1291 0 0 S 95 * * * * * 1087 * * * * * * * * * 918 * * * * 95 0 * * * * * * 1291 0 0 P 96 * * * * * 1087 * * * * * * 918 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1291 0 0 E 97 * * * 918 * * * * 1087 * * * * * * * * * * * 97 918 * 1087 * * * * 1291 0 0 K 98 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 100 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 100 0 * * * * * * 1291 0 0 N 101 * * * 1087 * * * * * * * 918 * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1291 0 0 M 102 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1291 0 0 E 103 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1291 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 N 105 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 E 106 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //