HHsearch 1.5 NAME c2m35A_ FAM FILE c2m35A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2m35A_.a3m DATE Sat Jan 18 08:12:43 2014 LENG 52 match states, 52 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4769 1.9928 SEQ >ss_dssp CCCTTTCTTTSCHHHHHHHHHHHHHHTCTTHHHHHHSCHHHHHHHHHHHTTC >sa_dssp EEEDEEDCBECEEEBDDBAECABEEDEEEDCDDCACDEDECBEEADDEBEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9730333777667677799986188876368999843003599999997319 >Consensus tddessnkcaktkrrenvcrvcgnrsgndeyyseccesdyryhrcldllrnf >c2m35A_ TDDESSNKCAKTKRRENVCRVCGNRSGNDEYYSECCESDYRYHRCLDLLRNF # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 D 2 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 C 9 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 E 16 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 C 19 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 R 20 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 C 22 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 N 28 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 31 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 32 0 * * * * * * 1000 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 C 35 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 C 36 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 E 37 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 S 38 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1000 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 42 0 * * * * * * 1000 0 0 H 43 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 R 44 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 C 45 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //