HHsearch 1.5 NAME c2m0aA_ FAM FILE c2m0aA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2m0aA_.a3m DATE Fri Feb 1 11:46:42 2013 LENG 114 match states, 114 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4416 0.9980 SEQ >ss_dssp CCCSCCCSSSTTSCCCSEEEECCCCCSSSHHHHHHHHHCSCEEEETTCCHHHHHHHHHHHHHHHSCTTTTCHHHHTHHHHHHHHHHSCCCEEEESSSSCC CCSSEEEESSCSCC >sa_dssp EDCEEDEDEDEECDDDEBEEBEECDDDEECBDDBBDECBDDCEADEECEBDDABDEBBDCBCEECEDAEEDEECCEBDDCBEECEEDEDBDABCEECEEE BCDEBDBBEBDDEE >ss_pred CCEEEECCCCCEEECCCCCEEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCEE EEEEEEEECCCCCC >ss_conf 9535753884200078751489999852018999974332101434445999999999987632000443282267799999973134676550586333 22002540258889 >Consensus gkkvxfndkpkvxxipstrkikixfaldatfdsvlskacsefevdkdvtldelldvvldavestlspckehxvigtkvcallxrlxxdyvylfdeggxev iaxrmycsfsapdx >c2m0aA_ GKKVEFNDKPKVRKIPSTRKIKITFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHDVIGTKVCALLDRLAGDYVYLFDEGGDEV IAPRMYCSFSAPDD >UniRef50_P0C6V1(833-946:4474) Non-structural protein 11 n=374 Tax=root RepID=R1A_CVMJH E=1e-58 s/c=1.98 id=89% cov=101% GKKVVFNDKPKVKEVPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHGVIGTKVCALLERLVDDYVYLFDEGGEEV IASRMYCSFSAPDE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1076 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1076 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1076 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1076 0 0 E 5 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 5 0 * * * * * * 1076 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1076 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1076 0 0 D 8 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1076 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1076 0 0 P 10 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1076 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1076 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1076 0 0 R 13 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 13 0 * * * * * * 1076 0 0 K 14 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1076 0 0 I 15 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 15 0 * * * * * * 1076 0 0 P 16 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1076 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1076 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 18 0 * * * * * * 1076 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1076 0 0 K 20 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1076 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1076 0 0 K 22 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1076 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1076 0 0 T 24 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 24 0 * * * * * * 1076 0 0 F 25 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1076 0 0 A 26 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1076 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1076 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1076 0 0 A 29 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1076 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1076 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1076 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1076 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1076 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1076 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1076 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1076 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1076 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1076 0 0 C 39 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1076 0 0 S 40 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 40 0 * * * * * * 1076 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1076 0 0 F 42 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1076 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1076 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1076 0 0 D 45 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1076 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1076 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1076 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1076 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1076 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1076 0 0 D 51 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1076 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1076 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1076 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1076 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1076 0 0 V 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 56 0 * * * * * * 1076 0 0 V 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 57 0 * * * * * * 1076 0 0 L 58 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1076 0 0 D 59 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1076 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1076 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1076 0 0 E 62 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1076 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1076 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1076 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1076 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 66 0 * * * * * * 1076 0 0 P 67 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1076 0 0 C 68 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1076 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1076 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1076 0 0 H 71 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1076 0 0 D 72 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1076 0 0 V 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 73 0 * * * * * * 1076 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1076 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1076 0 0 T 76 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 76 0 * * * * * * 1076 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1076 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 78 0 * * * * * * 1076 0 0 C 79 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1076 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1076 0 0 L 81 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1076 0 0 L 82 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1076 0 0 D 83 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1076 0 0 R 84 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 84 0 * * * * * * 1076 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1076 0 0 A 86 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 86 0 * * * * * * 1076 0 0 G 87 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1076 0 0 D 88 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1076 0 0 Y 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 89 0 * * * * * * 1076 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 0 * * * * * * 1076 0 0 Y 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 91 0 * * * * * * 1076 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1076 0 0 F 93 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1076 0 0 D 94 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1076 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1076 0 0 G 96 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1076 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1076 0 0 D 98 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1076 0 0 E 99 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1076 0 0 V 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 100 0 * * * * * * 1076 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1076 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1076 0 0 P 103 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 103 0 * * * * * * 1076 0 0 R 104 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 104 0 * * * * * * 1076 0 0 M 105 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1076 0 0 Y 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 106 0 * * * * * * 1076 0 0 C 107 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1076 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1076 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1076 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 110 0 * * * * * * 1076 0 0 A 111 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1076 0 0 P 112 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1076 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1076 0 0 D 114 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * 0 * * * 1076 0 0 //