HHsearch 1.5 NAME c2lvsA_ FAM FILE c2lvsA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2lvsA_.a3m DATE Fri Feb 1 11:45:27 2013 LENG 105 match states, 105 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.3770 -1.9838 SEQ >ss_dssp CCSHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHTCCHHHHHHHHHHHHHHTSSSSCCSCCCCSCCSCHHHHHHHTHHHHHCCCHHHHHHHHTCCSHHHHHHHHHH TCCCC >sa_dssp EDEEEDDDEEBBDCDCBDCCCEBABEEBEDDEEDADEBBDEBDEECEBEEDEEEDEDECECDEEBDDDBEDCEEEECEDEDBBEEBDCEDECADEACEEE EEECE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH CCCCC >ss_conf 9862016999999997498899999996322999999999700023334444322345540599999999999721589999998298567999999983 64369 >Consensus xxxxxxxxxxvxxlyKxGxpvkeIxKxxnxxxstvyxiLxKxnxxxriKxxkxxxxthrrltxexixkIxemYxkGxSIYkIakqLgxptstVyYxLKkl glKxx >c2lvsA_ MPSVNDSLDIVEKLYKDGVPVKEIAKRSNNSMSTVYKALEKLEAMGRIKRRKGRYRQHRRLTEEELATIRELYLKGATVYEIARQLGRPESTIYYALKKL GLKLE >UniRef50_Q4JBG8(75-156:162) SRSR-binding protein n=1 Tax=Sulfolobus acidocaldarius RepID=Q4JBG8_SULAC E=0.0002 s/c=0.57 id=36% cov=79% ----------VVELAKQGHSARYISKMLKISESSALRILKKHNVGRKIK----------KLSDEDINKIKEMYLKGESIYRIAKTLGKSTNLVVYHLKRL GV--- >UniRef50_A3DN45(18-105:106) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Staphylothermus marinus F1 RepID=A3DN45_STAMF E=2e-15 s/c=0.95 id=40% cov=85% --------------YKKGLPVKEIVKKHNIYLALLYEILRKYNIPLR-KTEKQKMPTHKRKKKSIIKKIVKMYRRGTSIYKISKQLGLPTSTVYYILKRQ GLK-- >UniRef50_A4YIR4(56-138:139) Resolvase helix-turn-helix domain protein n=11 Tax=Sulfolobaceae RepID=A4YIR4_METS5 E=1e-06 s/c=0.66 id=33% cov=75% ---------------KQGYSANKISKLLKMNSNTVLRILKKHNL----------VKTKRKLTQDKIQRIMEMYKNGSSIYKIAKELDISTNLVVYYLKKL QLK-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 N 5 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 S 7 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1475 0 0 E 12 * * * 851 * * * * * * * * * * * * * 1166 * * 12 0 * * * * * * 1475 0 0 K 13 * * * 1166 * * * * 851 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1475 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1475 0 0 Y 15 1709 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 527 15 0 * * * * * * 1838 0 0 K 16 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 2033 0 0 D 17 * * 1775 * * * * * 1853 * * * * 1214 * * * * * * 17 0 * * * * * * 2033 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2033 0 0 V 19 * * * * * * 2233 * * 1853 * * * * * * * 1775 * 2195 19 0 * * * * * * 2033 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 814 * * 1214 * * * * 20 0 * * * * * * 2033 0 0 V 21 1214 * * * * * * * * * * * * * * * * 814 * * 21 0 * * * * * * 2033 0 0 K 22 * * * * * * * * 814 * * 2195 * * 2233 * * * * * 22 0 * * * * * * 2033 0 0 E 23 * * * 814 * * * * 2195 * * * * * * * * * * 2233 23 0 * * * * * * 2033 0 0 I 24 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2033 0 0 A 25 1775 * * * * * * * * * * * * * * 1214 * 1853 * * 25 0 * * * * * * 2033 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 2033 0 0 R 27 * * * * * * * * 1853 2195 2233 * * * 1775 * * * * * 27 0 * * * * * * 2033 0 0 S 28 * * * * * * 1853 * * 1214 * * * * * 1775 * * * * 28 0 * * * * * * 2033 0 0 N 29 * * * * * * * * 1214 * * 814 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 2033 0 0 N 30 * * * * * * * 1031 * * 2195 1775 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 2033 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * 2195 * * * 986 * * * 1853 31 0 * * * * * * 2033 0 0 M 32 * * * 2233 * * * * * 1853 1775 * * * * 2195 * * * * 32 0 * * * * * * 2033 0 0 S 33 1853 * * * * * * * * * * 2195 * * * 986 * * * * 33 0 * * * * * * 2033 0 0 T 34 * * * * * * * * * 1853 * * * * * 2233 970 * * * 34 0 * * * * * * 2033 0 0 V 35 2233 * * * * * * * * 1853 * * * * * * * 970 * * 35 0 * * * * * * 2033 0 0 Y 36 * * * * * * * * * 1214 * * * * * * * * * 814 36 0 * * * * * * 2033 0 0 K 37 * * * 1853 * * * * 1775 * * * * * 1214 * * * * * 37 0 * * * * * * 2033 0 0 A 38 1775 * * * * * * 498 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 2033 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 2033 0 0 E 40 * * * 1775 * * * * 1214 * * * * * 1853 * * * * * 40 0 * * * * * * 2033 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 2033 0 0 L 42 * * * * * * 1214 * * 1775 * * * * * * * * * 1853 42 0 * * * * * * 2033 0 0 E 43 * * * 1775 * * * * * * * 498 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 2033 0 0 A 44 1775 * * * * * * 1853 * 2195 * * * * * * * 2233 * * 44 355 * 2195 * * * * 2033 0 0 M 45 * * * * * 1709 * * * * 1497 * 1557 * * * * * * * 45 0 * * * * * 0 1838 0 1000 G 46 * * * * * 1497 * * * 1557 * * * * 1709 * * * * * 46 0 * * * * * 0 1838 0 1000 R 47 * * * * * * * * 1709 * * * * * 527 * * * * * 47 599 * 1557 * * * 0 1838 0 1000 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * 858 1158 1475 0 1485 K 49 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 49 527 * 1709 * * * 0 1838 0 1000 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 984 * 1016 * * * 50 0 * * * * * 0 1499 0 1278 R 51 * * * 1016 * * * * * * * * * * 984 * * * * * 51 0 * * * * * 0 1499 0 1278 K 52 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * 0 1499 0 1278 G 53 * * * * * 984 * * * * * * * 1016 * * * * * * 53 0 * * * * * 0 1499 0 1278 R 54 * * * * * * * * 1016 * * * * * 984 * * * * * 54 0 * * * * 1000 1000 1499 0 1278 Y 55 * * * * * * * * * * 1561 * * * * * * 1713 * 1490 55 0 * * * * * 0 1864 0 1000 R 56 * * * * * * * * 1713 * * * 1561 * 1490 * * * * * 56 0 * * * * * 0 1864 0 1000 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 1490 * * 635 * * * 57 0 * * * * * 0 1864 0 1000 H 58 * * * * * * 525 * 1713 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * 0 1864 0 1000 R 59 * * * * * * * * 1561 * * * * * 597 * * * * * 59 0 * * * * 0 * 1864 0 1000 R 60 * * * * * * * * 1214 * * * * * 814 * * * * * 60 0 * * * * * * 2033 0 0 L 61 * * * * * * * * 1853 468 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 2033 0 0 T 62 * * * * * * * * 1853 * * * * * * 2233 970 * * * 62 0 * * * * * * 2033 0 0 E 63 * * 2233 1775 * * * * 1853 * * * * 2195 * * * * * * 63 0 * * * * * * 2033 0 0 E 64 * * 2195 986 * * * * * * * * * * * 1853 * * * * 64 0 * * * * * * 2033 0 0 E 65 * * 2233 1775 * * * 1853 2195 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2033 0 0 L 66 * * * * * * * 498 * 1775 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 2033 0 0 A 67 1775 * * * * * * * 1853 * * 2233 * 2195 * * * * * * 67 0 * * * * * * 2033 0 0 T 68 * * * * * * * * 1031 * * * * * 2195 * 1775 * * * 68 0 * * * * * * 2033 0 0 I 69 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2033 0 0 R 70 * * * * * * * * 2233 * 2195 * * * 1775 * * 1853 * * 70 0 * * * * * * 2033 0 0 E 71 * * * 468 * * * * 1853 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 2033 0 0 L 72 * * * * * * * * * 1775 498 * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 2033 0 0 Y 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 73 0 * * * * * * 2033 0 0 L 74 * * * * * * * * 2195 986 * * * * 1853 * * * * * 74 0 * * * * * * 2033 0 0 K 75 * * * * * * * * 986 * * 2195 * * 1853 * * * * * 75 0 * * * * * * 2033 0 0 G 76 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2033 0 0 A 77 1775 * * 2233 * * * * * * * * * * * 2195 1853 * * * 77 0 * * * * * * 2033 0 0 T 78 * * * * * * * * * * * * * * * 498 1775 * * * 78 0 * * * * * * 2033 0 0 V 79 * * * * * * * 498 * * * * * * * * * 1775 * * 79 0 * * * * * * 2033 0 0 Y 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 80 0 * * * * * * 2033 0 0 E 81 * * * 1775 * * * * 1014 * * * * * 2233 * * * * * 81 0 * * * * * * 2033 0 0 I 82 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 2033 0 0 A 83 468 * * * * * * * * * * * * * * 1853 * * * * 83 0 * * * * * * 2033 0 0 R 84 * * * * * * * * 498 * * * * * 1775 * * * * * 84 0 * * * * * * 2033 0 0 Q 85 * * * 2195 * * * * * * * * * 814 * * 2233 * * * 85 0 * * * * * * 2033 0 0 L 86 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2033 0 0 G 87 * * 2195 * * 355 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2033 0 0 R 88 * * * * * * * 2195 2233 1853 * * * * 1775 * * * * * 88 0 * * * * * * 2033 0 0 P 89 * * * * * * * * * * * * 814 * * 1214 * * * * 89 0 * * * * * * 2033 0 0 E 90 * * * 1775 * * * * * * * * * * * * 498 * * * 90 0 * * * * * * 2033 0 0 S 91 * * * * * * * * * * * 1214 * * * 814 * * * * 91 0 * * * * * * 2033 0 0 T 92 * * * * * * * * * 1214 * * * * * * 814 * * * 92 0 * * * * * * 2033 0 0 I 93 * * * * * * * 1775 * * * * * * * * * 498 * * 93 0 * * * * * * 2033 0 0 Y 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1214 * 814 94 0 * * * * * * 2033 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 2033 0 0 A 96 1775 * * * * * 2233 1853 * * * * * * * * * * * 2195 96 0 * * * * * * 2033 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 2033 0 0 K 98 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2033 0 0 K 99 * * * * * * * * 970 * * * * * 1031 * * * * * 99 0 * * * * * * 2033 0 0 L 100 * * * * * * * * * 468 * * * 1853 * * * * * * 100 0 * * * * * * 2033 0 0 G 101 * * * * * 355 * * * * * * * 2195 * * * * * * 101 0 * * * * * * 2033 0 0 L 102 * * * * * * * * * 345 * * * * * * * 2233 * * 102 0 * * * * * * 2033 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1864 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 E 105 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //