HHsearch 1.5 NAME c2lqiB_ FAM FILE c2lqiB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2lqiB_.a3m DATE Wed Jan 9 22:39:26 2013 LENG 52 match states, 52 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5084 3.5387 SEQ >ss_dssp CCSSTTTTHHHHHHHHHHGGGSSCCCSCCCCCCCCSSGGGTHHHHHHHHTCC >sa_dssp EDEEEEDCDEECEEEECEDEEEDEEEEEEEEEEEDEEDEECEEECEEEEEDE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9601322678999851001123568888888888702404999998875229 >Consensus gsmshygnqtlqdlltsdslshsdgggsgggsgggslecdmesiirselmda >c2lqiB_ GSMSHYGNQTLQDLLTSDSLSHSDGGGSGGGSGGGSLECDMESIIRSELMDA # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 M 3 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 H 5 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 6 0 * * * * * * 1000 0 0 G 7 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 9 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 H 22 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 D 24 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 G 34 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 C 39 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 M 41 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 S 43 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 R 46 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 M 50 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 D 51 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 A 52 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //