HHsearch 1.5 NAME c2lohA_ FAM FILE c2lohA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2lohA_.a3m DATE Sat May 26 12:47:57 2012 LENG 43 match states, 43 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.5014 2.9853 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHTCSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEEEEEEDCEEECECDDDEEDEDEBDEEEDDEEEEDEDDEEEE >ss_pred CCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9844888211018774302676675899999999998875059 >Consensus gsxxlxfxaedxgsnkgaiiglmvggvviatvivitlvmlxkk >c2lohA_ GSQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIATVIVITLVMLKKK >UniRef50_B0V0E4(610-650:694) Amyloid beta (A4) protein b n=6 Tax=Clupeocephala RepID=B0V0E4_DANRE E=2e-12 s/c=1.80 id=83% cov=98% --KRLMFLAEDMGSNKGAIIGLMVGGVVIATVIVITLVMLRKK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 3 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 3 0 * * * * * * 1107 0 0 K 4 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 4 0 * * * * * * 1107 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1107 0 0 V 6 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 6 0 * * * * * * 1107 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1107 0 0 F 8 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1107 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1107 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1107 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1107 0 0 V 12 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 12 0 * * * * * * 1107 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1107 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1107 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1107 0 0 K 16 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1107 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1107 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1107 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1107 0 0 I 20 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1107 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1107 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1107 0 0 M 23 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1107 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1107 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1107 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1107 0 0 V 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 27 0 * * * * * * 1107 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1107 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1107 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1107 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1107 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1107 0 0 I 33 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1107 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1107 0 0 I 35 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1107 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1107 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1107 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1107 0 0 M 39 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1107 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1107 0 0 K 41 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 41 0 * * * * * * 1107 0 0 K 42 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1107 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * 0 * * * 1107 0 0 //