HHsearch 1.5 NAME c2lidA_ FAM FILE c2lidA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2lidA_.a3m DATE Thu Jan 10 06:59:54 2013 LENG 34 match states, 34 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5923 5.7415 SEQ >ss_dssp CCCCCSSSSCCCCCCCSSSHHHHTCSCSSCCCCC >sa_dssp EEEDEEEDECEEDEEDEEDBCEDDDEEEEEEEEE >ss_pred CCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 9643210055666643057412544186401487 >Consensus ehkhsdestsefesiadnnddsyfqrkpklteap >c2lidA_ EHKHSDESTSEFESIADNNDDSYFQRKPKLTEAP # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 T 9 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 F 12 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 I 15 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 D 17 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 23 0 * * * * * * 1000 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //