HHsearch 1.5 NAME c2kzkA_ FAM FILE c2kzkA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2kzkA_.a3m DATE Sat Aug 28 18:03:30 2010 LENG 103 match states, 103 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4141 0.0813 SEQ >ss_dssp CCSCCEEEECCBTTBCCEEEECCSSSCCCSSCEEEBCCSSSCCBCCBCCSSCCCSSCEEECCCSSCCCSCCTTCCCEEECTTSCEEEECCCCSSSCCBCC CCC >sa_dssp EEDCADBDBCDEEECBCACACACAEEEADAEABACACCEECEEECCEBCEEDBBDECECCAEBEECACCDADECDACABCEEDDDCBCBCBCEDDEACAD DDE >ss_pred CCCEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCEEEECCCEEEECCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCEEEC CCC >ss_conf 9724999962777649999984755077155069962357713778618310034431246850334774478579998246889999712788704423 789 >Consensus NxxxLxixxxxxDNSLxFxLxNxTNxiixGNCxxxFsxxxxxxxsIxMGPHEIGIKxxKExxxFPxxxxxxaxxTxxixNQxGExIxxGKxxxSxxIxLx xPx >c2kzkA_ NDPLLHVEVSNEDNSLHFILYNKTNIIIPGNCTFEFSSQISEVFSIKMGPHEIGIKGQKELWFFPSLPTPLSNYTMKVVNQDGETILVGKCADSNEITLK SPL >UniRef50_P35193(258-361:415) Autophagy-related protein 19 n=6 Tax=Saccharomyces cerevisiae RepID=ATG19_YEAST E=4e-13 s/c=0.73 id=40% cov=100% NERSLQITMNQRDNSLYFQLFNNTNSVLAGNCKLKFTDAGDKPTTqiIDMGPHEIGIKEYKEYRYFPYALDLEAGSTIEIENQYGEVIFLGKYGSSPMIN LRPP- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * N 1 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1514 0 0 D 2 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1514 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 3 0 * * * * * * 1514 0 0 L 4 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 4 0 * * * * * * 1514 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1514 0 0 H 6 * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1514 0 0 V 7 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 7 0 * * * * * * 1514 0 0 E 8 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 8 0 * * * * * * 1514 0 0 V 9 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 9 0 * * * * * * 1514 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 10 0 * * * * * * 1514 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1514 0 0 E 12 * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 12 0 * * * * * * 1514 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1514 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1514 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1514 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1514 0 0 H 17 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 17 0 * * * * * * 1514 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1514 0 0 I 19 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 19 0 * * * * * * 1514 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1514 0 0 Y 21 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 21 0 * * * * * * 1514 0 0 N 22 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1514 0 0 K 23 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1514 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 24 0 * * * * * * 1514 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1514 0 0 I 26 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * 26 0 * * * * * * 1514 0 0 I 27 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 27 0 * * * * * * 1514 0 0 I 28 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1514 0 0 P 29 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1514 0 0 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1514 0 0 N 31 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1514 0 0 C 32 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1514 0 0 T 33 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 33 0 * * * * * * 1514 0 0 F 34 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1514 0 0 E 35 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1514 0 0 F 36 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1514 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 37 0 * * * * * * 1514 0 0 S 38 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 38 0 * * * * * * 1514 0 0 Q 39 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1514 0 0 I 40 * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1514 0 0 S 41 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 41 0 * * * * * * 1514 0 0 E 42 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1514 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * 43 0 * * * * * * 1514 0 0 F 44 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 44 0 * * * * * * 1514 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 45 1000 1000 * 1000 1000 * * 1514 1000 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1514 0 0 K 47 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1514 0 0 M 48 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1514 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1514 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1514 0 0 H 51 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1514 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1514 0 0 I 53 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1514 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1514 0 0 I 55 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1514 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1514 0 0 G 57 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1514 0 0 Q 58 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 58 0 * * * * * * 1514 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1514 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1514 0 0 L 61 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 61 0 * * * * * * 1514 0 0 W 62 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * 62 0 * * * * * * 1514 0 0 F 63 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 63 0 * * * * * * 1514 0 0 F 64 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1514 0 0 P 65 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1514 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 66 0 * * * * * * 1514 0 0 L 67 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1514 0 0 P 68 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1514 0 0 T 69 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 69 0 * * * * * * 1514 0 0 P 70 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1514 0 0 L 71 * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1514 0 0 S 72 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 72 0 * * * * * * 1514 0 0 N 73 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1514 0 0 Y 74 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 74 0 * * * * * * 1514 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 75 0 * * * * * * 1514 0 0 M 76 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1514 0 0 K 77 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1514 0 0 V 78 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 78 0 * * * * * * 1514 0 0 V 79 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 79 0 * * * * * * 1514 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1514 0 0 Q 81 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 81 0 * * * * * * 1514 0 0 D 82 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 82 0 * * * * * * 1514 0 0 G 83 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1514 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1514 0 0 T 85 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 85 0 * * * * * * 1514 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1514 0 0 L 87 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1514 0 0 V 88 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 88 0 * * * * * * 1514 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1514 0 0 K 90 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1514 0 0 C 91 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 91 0 * * * * * * 1514 0 0 A 92 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1514 0 0 D 93 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 93 0 * * * * * * 1514 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1514 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1514 0 0 E 96 * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1514 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1514 0 0 T 98 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 98 0 * * * * * * 1514 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1514 0 0 K 100 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 100 0 * * * * * * 1514 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 101 0 * * * * * * 1514 0 0 P 102 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1514 0 0 L 103 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 103 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //