HHsearch 1.5 NAME c2kqvA_ FAM FILE c2kqvA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2kqvA_.a3m DATE Sat Aug 28 15:41:07 2010 LENG 129 match states, 129 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.9 EVD 0.4321 0.9897 SEQ >ss_dssp CTTCCEECCCHHHHHHHHHHSCCBCEEETTCHHHHHHHHHHCCSCCCCSSBCCSSSCCEEECTTSCHHHHHHHHHHHCSCEEECCSTTSSSCCCHHHHHH HHTTCCSCEEEECSSTTHHHHHHHHHTCC >sa_dssp EEECDBCDCECEDBBDCADEDECBAAAABDCEEBADCADEDBEECEDDDBDBEDDBEABAADDECDBECBBEDADEDEDCAAACCBADECEECECDDAAE CBEDBEBDBBBBBEDEECCEEADCCCEDE >ss_pred CCCEEEEEEEHHHHHHHHHHCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHHCCCCHHHHHH HHHCCCCCEEEEECCCCCCEEEHHHCCCC >ss_conf 9720557730999973256537355477323899999742046765211112132588987155718999997754399748756134416620999887 75345676699960878532002210059 >Consensus xxxxxxvsxxxxxmxxxxxexxxlxpIcxDxxAxxkxlkrxxxxxxxkegxvdxGvxfyxYsskxPlxxIitxlNslxxplxxmPiGyVthGxxLaxaax xmrxltvPxvvxvxSxdxVpxynxyxxxx >c2kqvA_ GSHMGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPICMDVRAIMATIQRKYKGIKIQEGIVDYGVRFFFYTSKEPVASIITKLNSLNEPLVTMPIGYVTHGFNLEEAAR CMRSLKAPAVVSVSSPDAVTTYNGYLTSS >UniRef50_P0C6T6(1220-1336:4248) Non-structural protein 11 n=5 Tax=Rousettus bat coronavirus HKU9 RepID=R1A_BCHK9 E=2e-47 s/c=1.62 id=31% cov=91% ------VSMSFSAMVNFGKEKGLLIPVVIDYPAFLKVLKR----FSPKEGLFSSnGYEFYGYSRDKPLHEVSKDLNSLGRPLIMIPFGFIVNGQTLAVSA VSMRGLTVPHTVVVPSESSVPLYRAYF--- >UniRef50_P0C6T5(1359-1474:4481) Non-structural protein 11 n=12 Tax=Betacoronavirus RepID=R1A_BCHK5 E=4e-11 s/c=0.59 id=34% cov=75% --------------------------ICTDQSANAKLLKGRGVDLTKKTQTVD-GVKYYLYSSKDPLTDIITAANAC-KGICAMPIGYVTHGLDLAQAGQ QVKKITVPYVCLLASKDQVPILNS----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 G 5 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1587 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1587 0 0 W 9 * * * * * * * * * * 1049 * * * * * * * 953 * 9 0 * * * * * * 1587 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 953 * * * 1049 * * * * 10 0 * * * * * * 1587 0 0 L 11 * * * * 1049 * * * * 953 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1587 0 0 R 12 * * * * * * * * * * * * * * 953 1049 * * * * 12 0 * * * * * * 1587 0 0 E 13 1049 * * 953 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1587 0 0 M 14 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1587 0 0 L 15 * * * * * * * * * 953 * * * * * * * 1049 * * 15 0 * * * * * * 1587 0 0 A 16 953 * * * * * * * * * * 1049 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1587 0 0 H 17 * * * * 1049 * 953 * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1587 0 0 A 18 953 * * * * 1049 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1587 0 0 E 19 * * * 953 * * * * 1049 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1587 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1587 0 0 T 21 * * * * * * * * 1049 * * * * * * * 953 * * * 21 0 * * * * * * 1587 0 0 R 22 * * * * * 1049 * * * * * * * * 953 * * * * * 22 0 * * * * * * 1587 0 0 K 23 * * * * * * * * 953 1049 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1587 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1587 0 0 M 25 * * * * * * * 1049 * * 953 * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1587 0 0 P 26 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1587 0 0 I 27 * * * * * * * 587 * * * * * * * * * 1581 * * 27 0 * * * * * * 2027 0 0 C 28 * 587 * * * * * * * * * * * * * * * 1581 * * 28 0 * * * * * * 2027 0 0 M 29 * * * * * * * 1581 * * 1592 * * * * * 1581 * * * 29 0 * * * * * * 2027 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 2027 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * 1581 * * * 1592 * 1581 31 0 * * * * * * 2027 0 0 R 32 * * * * * * * * * * * * 1581 * 1592 1581 * * * * 32 0 * * * * * * 2027 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2027 0 0 I 34 * * * * 1581 * * 1592 * * * 1581 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2027 0 0 M 35 1581 * * * * * * * * 1581 1592 * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2027 0 0 A 36 1592 * * * * * * * 581 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 2027 0 0 T 37 * * * * * * * * * 1581 * * * * * * 1592 1581 * * 37 0 * * * * * * 2027 0 0 I 38 * * * * * * * 1592 * 581 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 2027 0 0 Q 39 * * * * * * * * 581 * * * * 1592 * * * * * * 39 0 * * * * * * 2027 0 0 R 40 * * * * * 1581 * * * * * * * * 587 * * * * * 40 587 * 1581 * * * * 2027 0 0 K 41 * * * * * * * * 971 * * * * * 1030 * * * * * 41 0 * * * * * 0 1561 0 1000 Y 42 * * * * * 1030 * * * * * * * * * * * * * 971 42 0 * * * * * 0 1561 0 1000 K 43 * * * * * * * * 971 * * * * * * * * 1030 * * 43 0 * * * * * 0 1561 0 1000 G 44 * * 1030 * * 971 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * 0 * 1561 0 1000 I 45 * * * * 1581 * * 1592 * 1581 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 2027 0 0 K 46 * * * * * * * * 1592 * * * * * * 1581 1581 * * * 46 0 * * * * * * 2027 0 0 I 47 * * * * * * * 1592 1581 * * * 1581 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 2027 0 0 Q 48 * * * * * * * * 581 * * * * 1592 * * * * * * 48 0 * * * * * * 2027 0 0 E 49 * * * 587 * * * * * * * * * * * * 1581 * * * 49 0 * * * * * * 2027 0 0 G 50 * * * * * 587 * * * * * * * 1581 * * * * * * 50 0 * * * * * * 2027 0 0 I 51 * * * * * * * 1592 * 1581 * * * * * * 1581 * * * 51 0 * * * * * * 2027 0 0 V 52 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * 587 * * 52 0 * * * * * * 2027 0 0 D 53 * * 587 * * * * * * * * * * * * 1581 * * * * 53 587 * 1581 * * * * 2027 0 0 Y 54 * * * * * * * * * * * * * * * 1049 * * * 953 54 953 1049 * 0 * 0 * 1587 1000 1000 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 2027 0 0 V 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * 587 * 1581 56 0 * * * * * * 2027 0 0 R 57 * * * 1581 * * * * 1581 * * * * * 1592 * * * * * 57 0 * * * * * * 2027 0 0 F 58 * * * * 587 * * * * * * * * * * * * * * 1581 58 0 * * * * * * 2027 0 0 F 59 * * * * 1592 * * * * * * * * * * * * * * 581 59 0 * * * * * * 2027 0 0 F 60 * * * * 1592 1581 * * * 1581 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 61 0 * * * * * * 2027 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * 581 1592 * * * 62 0 * * * * * * 2027 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * 1581 587 * * * * 63 0 * * * * * * 2027 0 0 K 64 * * 1581 * * * * * 587 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 2027 0 0 E 65 * * 1581 1592 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2027 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 66 0 * * * * * * 2027 0 0 V 67 * * * * * * * * * 581 * * * * * * * 1592 * * 67 0 * * * * * * 2027 0 0 A 68 1592 * * * * * 1581 * * * * * * * * * 1581 * * * 68 0 * * * * * * 2027 0 0 S 69 * * 1581 1581 * * * * * * * * * * * 1592 * * * * 69 0 * * * * * * 2027 0 0 I 70 * * * * * * * 587 * * * * * * * * * 1581 * * 70 0 * * * * * * 2027 0 0 I 71 * * * * * * * 587 * * * * * * * 1581 * * * * 71 0 * * * * * * 2027 0 0 T 72 * * * * * * * * 1581 * * * * * * * 587 * * * 72 0 * * * * * * 2027 0 0 K 73 1581 * 1581 * * * * * 1592 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 2027 0 0 L 74 1581 * * * * * * * * 587 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2027 0 0 N 75 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 2027 0 0 S 76 1581 * * * * * * * * * * * * * * 587 * * * * 76 0 * * * * * * 2027 0 0 L 77 * 1581 * * * * * * * 587 * * * * * * * * * * 77 587 * 1581 * * * * 2027 0 0 N 78 * * * * * 1049 * * * * * 953 * * * * * * * * 78 0 * * * * 0 * 1587 0 1000 E 79 * * * 1592 * * * * 1581 * * * * * 1581 * * * * * 79 0 * * * * * * 2027 0 0 P 80 * * * * * 1581 * * * * * * 587 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 2027 0 0 L 81 * * * * * * * 1581 * 587 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 2027 0 0 V 82 * 1581 * * * * * 1581 * * * * * * * * * 1592 * * 82 0 * * * * * * 2027 0 0 T 83 1581 * * * * * * * * * 1581 * * * * * 1592 * * * 83 0 * * * * * * 2027 0 0 M 84 * * * * * * * 1581 * * 587 * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2027 0 0 P 85 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 2027 0 0 I 86 * * * * 1581 * * 587 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2027 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 88 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * * * 587 88 0 * * * * * * 2027 0 0 V 89 * * * * * * * 1581 * * * * * * * * * 587 * * 89 0 * * * * * * 2027 0 0 T 90 * * * * * * * * * * * * * * * * 587 1581 * * 90 0 * * * * * * 2027 0 0 H 91 * * * * * * 587 * * * * 1581 * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 2027 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2027 0 0 F 93 * * * * 1592 * * * * 1581 * * * 1581 * * * * * * 93 0 * * * * * * 2027 0 0 N 94 * * 1581 * * * * * * * * 1592 * * * * 1581 * * * 94 0 * * * * * * 2027 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 2027 0 0 E 96 581 * * 1592 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 2027 0 0 E 97 * * * 1592 * * * * * * * * * 1581 * * * 1581 * * 97 0 * * * * * * 2027 0 0 A 98 587 * * * * * * * * * * * * * * 1581 * * * * 98 0 * * * * * * 2027 0 0 A 99 587 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 2027 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * 1581 1592 * * 1581 * * 100 0 * * * * * * 2027 0 0 C 101 * 1592 * * * * * * * * * * * 1581 * 1581 * * * * 101 0 * * * * * * 2027 0 0 M 102 * * * * * * * * * * 587 * * * * * * 1581 * * 102 0 * * * * * * 2027 0 0 R 103 * * * * * * * * 1581 * * * * * 587 * * * * * 103 0 * * * * * * 2027 0 0 S 104 * * * * * 1581 * * 1581 * * * * * * 1592 * * * * 104 0 * * * * * * 2027 0 0 L 105 * * * * * * * 1581 * 587 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 2027 0 0 K 106 * * * * * * * * 1592 * * * * * * * 581 * * * 106 0 * * * * * * 2027 0 0 A 107 1592 * * * * * * * * * * * * * * * * 581 * * 107 0 * * * * * * 2027 0 0 P 108 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 108 0 * * * * * * 2027 0 0 A 109 1592 * * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * 1581 109 0 * * * * * * 2027 0 0 V 110 * * * * * * * * * * * * * * * * 1581 587 * * 110 0 * * * * * * 2027 0 0 V 111 * 1581 * * * * * * * * * * * * * * * 587 * * 111 0 * * * * * * 2027 0 0 S 112 * * * * * * * * * 1581 * * * * * 1592 * 1581 * * 112 0 * * * * * * 2027 0 0 V 113 * * * * * * * * * 1581 * * * * * * * 587 * * 113 0 * * * * * * 2027 0 0 S 114 1581 * * * * * * * * * * * 1581 * * 1592 * * * * 114 0 * * * * * * 2027 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 115 0 * * * * * * 2027 0 0 P 116 * * * 1581 * * * * 1581 * * * 1592 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 2027 0 0 D 117 * * 587 * * * * * * * * * * * * 1581 * * * * 117 0 * * * * * * 2027 0 0 A 118 1592 * * * * * * * * * * * * 1581 * 1581 * * * * 118 0 * * * * * * 2027 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 2027 0 0 T 120 * * * * * * * * * * * * 581 * * * 1592 * * * 120 0 * * * * * * 2027 0 0 T 121 * * * * * * * 1581 * 1581 * * * * * * 1592 * * * 121 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 122 * * * * * * * * * 1581 * * * * * * * * * 587 122 0 * * * * * * 2027 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 587 * * 1581 * * * * * 123 0 * * * * * * 2027 0 0 G 124 1581 * * * * 1592 * * * * * * * * * 1581 * * * * 124 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 125 0 * * * * * * 1587 0 0 L 126 * * * * 1049 * * * * 953 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1587 0 0 T 127 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 S 129 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 129 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //