HHsearch 1.5 NAME c2kluA_ FAM FILE c2kluA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2kluA_.a3m DATE Sat Aug 28 18:48:23 2010 LENG 70 match states, 70 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4576 1.5507 SEQ >ss_dssp CCSSCCCSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCCSSSCTTSSHHHHHHHSSSCCCCCCCCCCCCCCC >sa_dssp EEEEEEEEECEEEEEDDDDEEEEEDDDEDEDEECEEEEEECDEDDEDDEEEEDEEEEEEEEEEEEEEEEE >ss_pred CCCCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCC >ss_conf 9867544410003301669999999999999986889988899999999973112011857777521689 >Consensus xxxxpxxxmalixlgxxaxlllxxgxxifxxxrxrhrxrxaermsqikrllsekktxqxphrfqktxspi >c2kluA_ GPLVPRGSMALIVLGGVAGLLLFIGLGIFFSVRSRHRRRQAERMSQIKRLLSEKKTSQSPHRFQKTHSPI >UniRef50_A6MAP0(410-461:461) CD4 n=2 Tax=Metatheria RepID=A6MAP0_MONDO E=1e-12 s/c=1.43 id=64% cov=76% -----------IGLGTGASLLLLFGFIMFCYARRRHRLRRAERMSQIRRLLSEKKTCQCPHRF------- >UniRef50_P01730(289-458:458) T-cell surface glycoprotein CD4 n=82 Tax=Eutheria RepID=CD4_HUMAN E=5e-91 s/c=0.74 id=82% cov=101% TWSTPVQPMALIVLGGVAGLLLFIGLGIFFCVRCRHRRRQAERMSQIKRLLSEKKTCQCPHRFQKTCSPI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * 1 0 * * * * * * 1126 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * 2 0 * * * * * * 1126 0 0 L 3 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 3 0 * * * * * * 1126 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 4 0 * * * * * * 1126 0 0 P 5 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1126 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * 6 0 * * * * * * 1126 0 0 G 7 * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1126 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 8 0 * * * * * * 1126 0 0 M 9 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1126 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1126 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1126 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1277 0 0 V 13 * * * * * 1415 * * * * * * * * * * * 678 * * 13 0 * * * * * * 1277 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1277 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1277 0 0 G 16 * * * * * 678 * * * * * * * * * * 1415 * * * 16 0 * * * * * * 1277 0 0 V 17 * * * * * 1415 * * * * * * * * * * * 678 * * 17 0 * * * * * * 1277 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1277 0 0 G 19 * * * * * 678 * * * * * * * * * 1415 * * * * 19 0 * * * * * * 1277 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1277 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1277 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1277 0 0 F 23 * * * * 678 * * * * 1415 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1277 0 0 I 24 * * * * 1415 * * 678 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1277 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1277 0 0 L 26 * * * * 1415 * * * * 678 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1277 0 0 G 27 * * * * * 678 * 1415 * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1277 0 0 I 28 * * * * * * * 678 * * 1415 * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1277 0 0 F 29 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1277 0 0 F 30 * 1415 * * 678 * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1277 0 0 S 31 * 1700 * * * * * * * * * * * * * 1656 * * * 1415 31 0 * * * * * * 1277 0 0 V 32 1415 * * * * * * * * * * * * * * * * 678 * * 32 0 * * * * * * 1277 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1277 0 0 S 34 * 1700 * * * * * * * * * * * * 1415 1656 * * * * 34 0 * * * * * * 1277 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * * * * * 1277 0 0 H 36 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1277 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1277 0 0 R 38 * * * * * * * * * 1415 * * * * 678 * * * * * 38 0 * * * * * * 1277 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 39 0 * * * * * * 1277 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * * 678 1415 * * * * * 40 0 * * * * * * 1277 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1277 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1277 0 0 R 43 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 43 0 * * * * * * 1277 0 0 M 44 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1277 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1277 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1277 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1277 0 0 K 48 * * * * * * * * 678 * * * * * 1415 * * * * * 48 0 * * * * * * 1277 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1277 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1277 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1277 0 0 S 52 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 52 0 * * * * * * 1277 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1277 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1277 0 0 K 55 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1277 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1277 0 0 S 57 * 551 * * * * * * * * * * * * * 1656 * * * * 57 0 * * * * * * 1277 0 0 Q 58 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1277 0 0 S 59 * 551 * * * * * * * * * * * * * 1656 * * * * 59 0 * * * * * * 1277 0 0 P 60 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1277 0 0 H 61 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1277 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1277 0 0 F 63 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1277 0 0 Q 64 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1126 0 0 K 65 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1126 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 66 0 * * * * * * 1126 0 0 H 67 * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1126 0 0 S 68 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 68 0 * * * * * * 1126 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1126 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * 0 * * * 1126 0 0 //