HHsearch 1.5 NAME c2kk2A_ FAM FILE c2kk2A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2kk2A_.a3m DATE Sat Aug 28 17:37:21 2010 LENG 61 match states, 61 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4604 1.4825 SEQ >ss_dssp CCGGGSBCTTTCSSCTTSSHHHHHTCTTTCBHHHHTTTBCHHHHHHHHHHHTSSSCSCBCC >sa_dssp DEBCECBCDEEBEBEEEEADEBABEDEEDBBCEBADDAADEEABECADEDACEEEDDCEDE >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCCC >ss_conf 9730156552477636999998317854320255555674148748888416667787579 >Consensus ynpeddytpltcphtisvvwyectentancgtaccdscfeltgntmcllqagaagsgcdme >c2kk2A_ YNPEDDYTPLTCPHTISVVWYECTENTANCGTACCDSCFELTGNTMCLLQAGAAGSGCDME # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Y 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 7 0 * * * * * * 1000 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 C 12 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 P 13 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 H 14 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 I 16 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 W 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 21 0 * * * * * * 1000 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 C 23 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 N 29 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 C 30 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 C 34 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 C 35 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 C 38 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 F 39 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 E 40 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 M 46 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 C 47 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 C 58 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 D 59 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 M 60 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //