HHsearch 1.5 NAME c2jzfA_ FAM FILE c2jzfA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2jzfA_.a3m DATE Wed Mar 10 22:11:08 2010 LENG 143 match states, 143 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4226 0.5850 SEQ >ss_dssp CCCCCCCCCCCCCCCCCCSEECCCSHHHHHHHHHHTCEEEEETTCHHHHHHHHHHSTTCCCCCEEEESSSEEEEECTTSCHHHHHHHHTTTCCCEEESCS TTSTTCCCHHHHHHHHHTCCSCEEEECSCHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEEEEEEEEECEDEEDDECBCDCECEDAADBADDCEBAAAAACDCEECAEDACEDBDEBECCECEBEDEADABAADDEDDBDDAAEDADECECDAAACBB ACECCEDECCDAADCBEDBEBDBAAAAEDEEBCEDADDCCEED >ss_pred CCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEH HHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCEEEHHHCCCC >ss_conf 9704404668861667575642229999842565373543763238999997420468652111121325888871557189999977543997487562 3442661099988776345676699960878532002210159 >Consensus xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxvsxxxxxmxxxxxexxxlxpIcxDxxAxxkxlkrxxxxxxxkegxvdxGvxfyxYsskxPlxxIitxlNslxxplxxmPi GyVthGxxLaxaaxxmrxltvPxvvxvxSxdxVpxynxyxxxx >c2jzfA_ GSHMVLPSEAPNAKEEILGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPICMDVRAIMATIQRKYKGIKIQEGIVDYGVRFFFYTSKEPVASIITKLNSLNEPLVTMPI GYVTHGFNLEEAARCMRSLKAPAVVSVSSPDAVTTYNGYLTSS >UniRef50_P0C6T6(1216-1336:4248) Non-structural protein 11 n=5 Tax=Rousettus bat coronavirus HKU9 RepID=R1A_BCHK9 E=1e-49 s/c=1.63 id=30% cov=85% ----------------LVDVVSMSFSAMVNFGKEKGLLIPVVIDYPAFLKVLKR----FSPKEGLFSSnGYEFYGYSRDKPLHEVSKDLNSLGRPLIMIP FGFIVNGQTLAVSAVSMRGLTVPHTVVVPSESSVPLYRAYF--- >UniRef50_P0C6T5(1364-1474:4481) Non-structural protein 11 n=12 Tax=Betacoronavirus RepID=R1A_BCHK5 E=4e-11 s/c=0.62 id=34% cov=68% ----------------------------------------ICTDQSANAKLLKGRGVDLTKKTQTVD-GVKYYLYSSKDPLTDIITAANAC-KGICAMPI GYVTHGLDLAQAGQQVKKITVPYVCLLASKDQVPILNS----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 P 7 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 P 11 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 A 13 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 E 16 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 I 17 * * * * * * * 954 * 1047 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1599 0 0 L 18 * * * * * * * * * 954 * * * * * * * 1047 * * 18 0 * * * * * * 1599 0 0 G 19 * * 1047 * * 954 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1599 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 954 1047 * * 20 0 * * * * * * 1599 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1599 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 22 0 * * * * * * 1599 0 0 W 23 * * * * * * * * * * 1047 * * * * * * * 954 * 23 0 * * * * * * 1599 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 954 * * * 1047 * * * * 24 0 * * * * * * 1599 0 0 L 25 * * * * 1047 * * * * 954 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1599 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 954 1047 * * * * 26 0 * * * * * * 1599 0 0 E 27 1047 * * 954 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1599 0 0 M 28 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1599 0 0 L 29 * * * * * * * * * 954 * * * * * * * 1047 * * 29 0 * * * * * * 1599 0 0 A 30 954 * * * * * * * * * * 1047 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1599 0 0 H 31 * * * * 1047 * 954 * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1599 0 0 A 32 954 * * * * 1047 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1599 0 0 E 33 * * * 954 * * * * 1047 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1599 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1599 0 0 T 35 * * * * * * * * 1047 * * * * * * * 954 * * * 35 0 * * * * * * 1599 0 0 R 36 * * * * * 1047 * * * * * * * * 954 * * * * * 36 0 * * * * * * 1599 0 0 K 37 * * * * * * * * 954 1047 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1599 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1599 0 0 M 39 * * * * * * * 1047 * * 954 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1599 0 0 P 40 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1599 0 0 I 41 * * * * * * * 587 * * * * * * * * * 1581 * * 41 0 * * * * * * 2027 0 0 C 42 * 587 * * * * * * * * * * * * * * * 1581 * * 42 0 * * * * * * 2027 0 0 M 43 * * * * * * * 1581 * * 1592 * * * * * 1581 * * * 43 0 * * * * * * 2027 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2027 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * 1581 * * * 1592 * 1581 45 0 * * * * * * 2027 0 0 R 46 * * * * * * * * * * * * 1581 * 1592 1581 * * * * 46 0 * * * * * * 2027 0 0 A 47 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 2027 0 0 I 48 * * * * 1581 * * 1592 * * * 1581 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 2027 0 0 M 49 1581 * * * * * * * * 1581 1592 * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 2027 0 0 A 50 1592 * * * * * * * 581 * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 2027 0 0 T 51 * * * * * * * * * 1581 * * * * * * 1592 1581 * * 51 0 * * * * * * 2027 0 0 I 52 * * * * * * * 1592 * 581 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2027 0 0 Q 53 * * * * * * * * 581 * * * * 1592 * * * * * * 53 0 * * * * * * 2027 0 0 R 54 * * * * * 1581 * * * * * * * * 587 * * * * * 54 587 * 1581 * * * * 2027 0 0 K 55 * * * * * * * * 971 * * * * * 1030 * * * * * 55 0 * * * * * 0 1561 0 1000 Y 56 * * * * * 1030 * * * * * * * * * * * * * 971 56 0 * * * * * 0 1561 0 1000 K 57 * * * * * * * * 971 * * * * * * * * 1030 * * 57 0 * * * * * 0 1561 0 1000 G 58 * * 1030 * * 971 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * 0 * 1561 0 1000 I 59 * * * * 1581 * * 1592 * 1581 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 2027 0 0 K 60 * * * * * * * * 1592 * * * * * * 1581 1581 * * * 60 0 * * * * * * 2027 0 0 I 61 * * * * * * * 1592 1581 * * * 1581 * * * * * * * 61 0 * * * * * * 2027 0 0 Q 62 * * * * * * * * 581 * * * * 1592 * * * * * * 62 0 * * * * * * 2027 0 0 E 63 * * * 587 * * * * * * * * * * * * 1581 * * * 63 0 * * * * * * 2027 0 0 G 64 * * * * * 587 * * * * * * * 1581 * * * * * * 64 0 * * * * * * 2027 0 0 I 65 * * * * * * * 1592 * 1581 * * * * * * 1581 * * * 65 0 * * * * * * 2027 0 0 V 66 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * 587 * * 66 0 * * * * * * 2027 0 0 D 67 * * 587 * * * * * * * * * * * * 1581 * * * * 67 587 * 1581 * * * * 2027 0 0 Y 68 * * * * * * * * * * * * * * * 1047 * * * 954 68 954 1047 * 0 * 0 * 1599 1000 1000 G 69 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2027 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 587 * 1581 70 0 * * * * * * 2027 0 0 R 71 * * * 1581 * * * * 1581 * * * * * 1592 * * * * * 71 0 * * * * * * 2027 0 0 F 72 * * * * 587 * * * * * * * * * * * * * * 1581 72 0 * * * * * * 2027 0 0 F 73 * * * * 1592 * * * * * * * * * * * * * * 581 73 0 * * * * * * 2027 0 0 F 74 * * * * 1592 1581 * * * 1581 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 75 0 * * * * * * 2027 0 0 T 76 * * * * * * * * * * * * * * * 581 1592 * * * 76 0 * * * * * * 2027 0 0 S 77 * * * * * * * * * * * * * * 1581 587 * * * * 77 0 * * * * * * 2027 0 0 K 78 * * 1581 * * * * * 587 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2027 0 0 E 79 * * 1581 1592 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 2027 0 0 P 80 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 2027 0 0 V 81 * * * * * * * * * 581 * * * * * * * 1592 * * 81 0 * * * * * * 2027 0 0 A 82 1592 * * * * * 1581 * * * * * * * * * 1581 * * * 82 0 * * * * * * 2027 0 0 S 83 * * 1581 1581 * * * * * * * * * * * 1592 * * * * 83 0 * * * * * * 2027 0 0 I 84 * * * * * * * 587 * * * * * * * * * 1581 * * 84 0 * * * * * * 2027 0 0 I 85 * * * * * * * 587 * * * * * * * 1581 * * * * 85 0 * * * * * * 2027 0 0 T 86 * * * * * * * * 1581 * * * * * * * 587 * * * 86 0 * * * * * * 2027 0 0 K 87 1581 * 1581 * * * * * 1592 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2027 0 0 L 88 1581 * * * * * * * * 587 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 2027 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 2027 0 0 S 90 1581 * * * * * * * * * * * * * * 587 * * * * 90 0 * * * * * * 2027 0 0 L 91 * 1581 * * * * * * * 587 * * * * * * * * * * 91 587 * 1581 * * * * 2027 0 0 N 92 * * * * * 1047 * * * * * 954 * * * * * * * * 92 0 * * * * 0 * 1599 0 1000 E 93 * * * 1592 * * * * 1581 * * * * * 1581 * * * * * 93 0 * * * * * * 2027 0 0 P 94 * * * * * 1581 * * * * * * 587 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 2027 0 0 L 95 * * * * * * * 1581 * 587 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 2027 0 0 V 96 * 1581 * * * * * 1581 * * * * * * * * * 1592 * * 96 0 * * * * * * 2027 0 0 T 97 1581 * * * * * * * * * 1581 * * * * * 1592 * * * 97 0 * * * * * * 2027 0 0 M 98 * * * * * * * 1581 * * 587 * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2027 0 0 P 99 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 99 0 * * * * * * 2027 0 0 I 100 * * * * 1581 * * 587 * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 2027 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 102 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * * * 587 102 0 * * * * * * 2027 0 0 V 103 * * * * * * * 1581 * * * * * * * * * 587 * * 103 0 * * * * * * 2027 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 587 1581 * * 104 0 * * * * * * 2027 0 0 H 105 * * * * * * 587 * * * * 1581 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 2027 0 0 G 106 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 2027 0 0 F 107 * * * * 1592 * * * * 1581 * * * 1581 * * * * * * 107 0 * * * * * * 2027 0 0 N 108 * * 1581 * * * * * * * * 1592 * * * * 1581 * * * 108 0 * * * * * * 2027 0 0 L 109 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 2027 0 0 E 110 581 * * 1592 * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 2027 0 0 E 111 * * * 1592 * * * * * * * * * 1581 * * * 1581 * * 111 0 * * * * * * 2027 0 0 A 112 587 * * * * * * * * * * * * * * 1581 * * * * 112 0 * * * * * * 2027 0 0 A 113 587 * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 2027 0 0 R 114 * * * * * * * * * * * * * 1581 1592 * * 1581 * * 114 0 * * * * * * 2027 0 0 C 115 * 1592 * * * * * * * * * * * 1581 * 1581 * * * * 115 0 * * * * * * 2027 0 0 M 116 * * * * * * * * * * 587 * * * * * * 1581 * * 116 0 * * * * * * 2027 0 0 R 117 * * * * * * * * 1581 * * * * * 587 * * * * * 117 0 * * * * * * 2027 0 0 S 118 * * * * * 1581 * * 1581 * * * * * * 1592 * * * * 118 0 * * * * * * 2027 0 0 L 119 * * * * * * * 1581 * 587 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 2027 0 0 K 120 * * * * * * * * 1592 * * * * * * * 581 * * * 120 0 * * * * * * 2027 0 0 A 121 1592 * * * * * * * * * * * * * * * * 581 * * 121 0 * * * * * * 2027 0 0 P 122 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 122 0 * * * * * * 2027 0 0 A 123 1592 * * * * * 1581 * * * * * * * * * * * * 1581 123 0 * * * * * * 2027 0 0 V 124 * * * * * * * * * * * * * * * * 1581 587 * * 124 0 * * * * * * 2027 0 0 V 125 * 1581 * * * * * * * * * * * * * * * 587 * * 125 0 * * * * * * 2027 0 0 S 126 * * * * * * * * * 1581 * * * * * 1592 * 1581 * * 126 0 * * * * * * 2027 0 0 V 127 * * * * * * * * * 1581 * * * * * * * 587 * * 127 0 * * * * * * 2027 0 0 S 128 1581 * * * * * * * * * * * 1581 * * 1592 * * * * 128 0 * * * * * * 2027 0 0 S 129 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 129 0 * * * * * * 2027 0 0 P 130 * * * 1581 * * * * 1581 * * * 1592 * * * * * * * 130 0 * * * * * * 2027 0 0 D 131 * * 587 * * * * * * * * * * * * 1581 * * * * 131 0 * * * * * * 2027 0 0 A 132 1592 * * * * * * * * * * * * 1581 * 1581 * * * * 132 0 * * * * * * 2027 0 0 V 133 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 133 0 * * * * * * 2027 0 0 T 134 * * * * * * * * * * * * 581 * * * 1592 * * * 134 0 * * * * * * 2027 0 0 T 135 * * * * * * * 1581 * 1581 * * * * * * 1592 * * * 135 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 136 * * * * * * * * * 1581 * * * * * * * * * 587 136 0 * * * * * * 2027 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 587 * * 1581 * * * * * 137 0 * * * * * * 2027 0 0 G 138 1581 * * * * 1592 * * * * * * * * * 1581 * * * * 138 0 * * * * * * 2027 0 0 Y 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 139 0 * * * * * * 1599 0 0 L 140 * * * * 1047 * * * * 954 * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1599 0 0 T 141 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 S 142 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 S 143 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 143 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //