HHsearch 1.5 NAME c2gl1A_ FAM FILE c2gl1A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2gl1A_.a3m DATE Thu Mar 11 04:55:03 2010 LENG 47 match states, 47 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.5396 4.0496 SEQ >ss_dssp CEEEEECTTCCSCCCCHHHHHHHHHHTSCCSEEEECTTSSEEEEEEC >sa_dssp EDDCEDAEECEDEAEEDDDACDBADEECEDEBAECDEDEDACABDEE >ss_pred CCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCHHHHHCCCCCCCEEEEEECCC >ss_conf 90577875202872145761221038788640733233032131489 >Consensus ktcenlxxtyrgpcfttgscddhcknkehlxsgrcrddxrcwctrnc >c2gl1A_ KTCENLANTYRGPCFTTGSCDDHCKNKEHLRSGRCRDDFRCWCTRNC >UniRef50_P18646(29-75:75) Defensin-like protein n=38 Tax=Papilionoideae RepID=DEF_VIGUN E=3e-14 s/c=1.69 id=90% cov=102% KTCENLVDTYRGPCFTTGSCDDHCKNKEHLLSGRCRDDVRCWCTRNC # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1061 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1061 0 0 C 3 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1061 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1061 0 0 N 5 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1061 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1061 0 0 A 7 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 7 0 * * * * * * 1061 0 0 N 8 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1061 0 0 T 9 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 9 0 * * * * * * 1061 0 0 Y 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 10 0 * * * * * * 1061 0 0 R 11 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 11 0 * * * * * * 1061 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1061 0 0 P 13 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1061 0 0 C 14 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1061 0 0 F 15 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1061 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1061 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1061 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1061 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1061 0 0 C 20 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1061 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1061 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1061 0 0 H 23 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1061 0 0 C 24 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1061 0 0 K 25 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1061 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1061 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1061 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1061 0 0 H 29 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1061 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1061 0 0 R 31 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 31 0 * * * * * * 1061 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1061 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1061 0 0 R 34 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 34 0 * * * * * * 1061 0 0 C 35 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1061 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * * * 1061 0 0 D 37 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1061 0 0 D 38 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1061 0 0 F 39 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 39 0 * * * * * * 1061 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1061 0 0 C 41 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1061 0 0 W 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 42 0 * * * * * * 1061 0 0 C 43 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1061 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1061 0 0 R 45 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 45 0 * * * * * * 1061 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1061 0 0 C 47 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * 0 * * * 1061 0 0 //