HHsearch 1.5 NAME c2dw3A_ FAM FILE c2dw3A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2dw3A_.a3m DATE Tue Mar 9 10:39:41 2010 LENG 77 match states, 77 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4357 0.4957 SEQ >ss_dssp CCTTTTCCSCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTCSSCSSCCSSCSCSSCCCCC >sa_dssp EEEEEEEEEEEEEEEDDEEEEDDEEDEEDEDEDDDEEEDDEEEDCEEDDEEEDDDEEDEEDEDEDEEDEEEEEEEEE >ss_pred CCCCEECCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCC >ss_conf 97400000027887652342130142403550135999999999999998655343013789973001454321259 >Consensus adktifndhlntnpktnlrlwvafqmmkgagwaggvffgtllligffrvvgrmlpiqenqapapnitgalehhhhhh >c2dw3A_ ADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALEHHHHHH # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 D 2 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 D 8 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 H 9 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 N 13 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 P 14 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 W 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 M 26 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 M 27 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 K 28 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 W 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 G 34 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 F 37 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 F 38 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 G 39 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 F 46 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 R 48 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 V 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 G 51 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 M 53 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 P 55 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 E 58 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 60 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 A 61 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 P 62 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 P 64 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 I 66 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 E 71 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 H 72 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 H 73 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 H 74 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 H 75 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 H 76 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 H 77 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //