HHsearch 1.5 NAME c2bsjB_ FAM FILE c2bsjB_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2bsjB_.a3m DATE Sat Mar 13 04:30:36 2010 LENG 122 match states, 122 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4046 -0.3847 SEQ >ss_dssp CCCHHHHHHHHHHHHCCCEEECTTCCEEEEETTTEEEEEEEETTTEEEEEEECSSCCCCCCCCSSSSSSCCEEEEETTEEEEEEEEESTTCCHHHHHHHH HHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC >sa_dssp EEDBDDBAEEABEECEDEDDDDEEDBABADCEEEBDACACCEEEDDACACAEAEDDCEECEDEECDCECCBCBCEDECDBBACADCDBEEBDCEDACDAB DCABEBADEBCEEEEEEEEDEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEECCEEEEEEEEECHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCHHHEECCCCCEEEEECCCCEEECHHHHHHHH HHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEC >ss_conf 9728999999999719988865367389998683899999725149999997511077421200001703122024684656503840000289989999 9999999975086767864639 >Consensus xttfxxLxxxlFxKlGlxxxxxedgiYtlevDgxxQvlixcyhxxWxqLfxELGxxxpxxxNlFGehWPAHvqgxldgxaiLWSQqplxxldvaelqAWl ErFIdDieqrxxpxxtxxxxxx >c2bsjB_ QTTFTELMQQLFLKLGLNHQVNENDVYTFEVDGHIQVLIACYHQQWVQLFSELGADLPTNDNLFGEHWPAHVQGRLDGKSILWSQQSLVGLDIDEMQAWL ERFIDDIEQRKEPQNTSPILFI >UniRef50_A6APP2(3-117:142) Type III secretion chaperone, CesT family n=2 Tax=Vibrio harveyi RepID=A6APP2_VIBHA E=2e-14 s/c=0.70 id=33% cov=91% -TTFDHLVKHFFEKNGLENPTAQDGIYSLLIDQKYQLHFTHQNEEWMVLYAELGEANPISEqlaksNIFGEYWPAHIVSHQENSAVLWSQQPMAMLNVAG LEAWTECFIQDLIEKQ----------- >UniRef50_Q7N0U0(5-117:130) Similar to YopT chaperone SycT of Yersinia spp n=2 Tax=Photorhabdus luminescens RepID=Q7N0U0_PHOLL E=4e-46 s/c=1.64 id=58% cov=93% ---YHQLIEALFSKLGVPASPTEDGIYTLEVDGRFQVLIGCYHDNWLQLFCELGSEISHANNLFGQHWPAHVQGDLDGQAILWSQRPLGEVDVAELQAWL ERFIDDIEQRLTPNTT------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Q 1 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1584 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1584 0 0 F 4 * * * * 532 * * * * * * * * * * * * * * 1696 4 0 * * * * * * 1813 0 0 T 5 * * 1412 * * * 1696 * * * * * * * * * 1664 * * * 5 0 * * * * * * 1813 0 0 E 6 * * * 1664 * * 1412 * * * * * * 1696 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1813 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1813 0 0 M 8 * * * * * * * 1696 * * 1664 * * * * * * 1412 * * 8 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 9 * * * 1696 * * * * 1412 * * * * 1664 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 10 1696 * * * * * 1412 * * * * * * 1664 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1813 0 0 L 11 * * * * 1412 * * * * 680 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1813 0 0 F 12 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1813 0 0 L 13 * * * 1412 * * * * * 1664 * * * * * 1696 * * * * 13 0 * * * * * * 1813 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1813 0 0 L 15 * * * * * * * * * 680 * 1412 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1813 0 0 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1813 0 0 L 17 * * * * * * * * * 532 * * * * * * * 1696 * * 17 0 * * * * * * 1813 0 0 N 18 * * * 1412 * * * * * * * 1664 1696 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1813 0 0 H 19 1696 * * * * * 1664 * * * * 1412 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 20 * * * * * * * * * * * * 1412 1664 * 1696 * * * * 20 0 * * * * * * 1813 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * 1696 * * * 1412 1664 * * 21 0 * * * * * * 1813 0 0 N 22 1412 * * * * * * * * * * 1664 * * * * 1696 * * * 22 0 * * * * * * 1813 0 0 E 23 * * * 680 * * * * * * * * * 1412 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1813 0 0 N 24 * * 547 * * * * * * * * 1664 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1813 0 0 D 25 * * 1664 * * 547 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1813 0 0 V 26 * * * * * * * 547 * * * * * * * * * 1664 * * 26 0 * * * * * * 1813 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1813 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * 1412 680 * * * 28 0 * * * * * * 1813 0 0 F 29 * * * * 1664 * * * * 547 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1813 0 0 E 30 * * * 680 * * * * * 1412 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1813 0 0 V 31 * * * * * * * 1412 * * * * * * * * * 680 * * 31 0 * * * * * * 1813 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1813 0 0 G 33 * * * * * 680 * * * * * * * 1412 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1813 0 0 H 34 * * * * * * 1664 * 1412 * * * * * 1696 * * * * * 34 0 * * * * * * 1813 0 0 I 35 * * * * 1696 * * 1664 * * * * * * * * * * * 1412 35 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1813 0 0 V 37 * * * * * * * * * 1412 * * * * * * * 680 * * 37 0 * * * * * * 1813 0 0 L 38 * * * * * * 1412 * * 680 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1813 0 0 I 39 * * * * 1412 * * 680 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1813 0 0 A 40 1664 * * * * 1696 * * * * * * * * * * 1412 * * * 40 0 * * * * * * 1813 0 0 C 41 * 680 * * * * 1412 * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1813 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * 1412 * * * * * 680 42 0 * * * * * * 1813 0 0 H 43 * * * * * * 680 * * * * 1412 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 44 * * 1696 1412 * * * * * * * * * 1664 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 45 * * * 1412 * * * * * * * 1696 * 1664 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1813 0 0 W 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 46 0 * * * * * * 1813 0 0 V 47 * * * * * * * * * 1696 1412 * * * * * * 1664 * * 47 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 48 * * * * * * * * * * * * * 680 * * * 1412 * * 48 0 * * * * * * 1813 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1813 0 0 F 50 * * * * 680 * * * * * * * * * * * * * * 1412 50 0 * * * * * * 1813 0 0 S 51 1412 1696 * * * * * * * * * * * * * 1664 * * * * 51 0 * * * * * * 1813 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1813 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1813 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1813 0 0 A 55 1664 * * 1412 * * * * * * * * * * * 1696 * * * * 55 0 * * * * * * 1813 0 0 D 56 1412 * 1664 1696 * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1813 0 0 L 57 * * * * * * * 1696 * 1664 * 1412 * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1813 0 0 P 58 * * * * * * * * * * * * 532 * * 1696 * * * * 58 0 * * * * * * 1813 0 0 T 59 * * * * * * 1696 1412 * * * * * * * * 1664 * * * 59 0 * * * * * * 1813 0 0 N 60 1696 * * * * * * * * * * 1664 * * * 1412 * * * * 60 0 * * * * * * 1813 0 0 D 61 * * 1664 1412 * * * * * * * 1696 * * * * * * * * 61 680 1412 * 2322 322 * * 1813 1000 0 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1813 0 0 L 63 * * * * * * * 1412 * 680 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1813 0 0 F 64 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1813 0 0 G 65 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1813 0 0 E 66 * * * 532 * * * * * * * * * 1696 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1813 0 0 H 67 * * * * * * 680 * * * * * * * * * * * * 1412 67 0 * * * * * * 1813 0 0 W 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 68 0 * * * * * * 1813 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1813 0 0 A 70 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1813 0 0 H 71 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1813 0 0 V 72 * * * * * * * 1412 * * * * * * * * * 680 * * 72 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 73 * * * * * * * * * * * * * 680 * * * 1412 * * 73 0 * * * * * * 1813 0 0 G 74 * * * * * 680 * * * * * * * * * 1412 * * * * 74 0 * * * * * * 1813 0 0 R 75 * * 1696 * * * 1412 * * * * * * * 1664 * * * * * 75 0 * * * * * * 1813 0 0 L 76 * * * * * * * * * 680 * * * 1412 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1813 0 0 D 77 * * 680 1412 * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1813 0 0 G 78 * * * * * 680 * * * * * 1412 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1813 0 0 K 79 * * * * * * * * 1664 * * * * 1696 * 1412 * * * * 79 0 * * * * * * 1813 0 0 S 80 547 * * * * * * * * * * * * * * 1664 * * * * 80 0 * * * * * * 1813 0 0 I 81 * * * * * * * 680 * * * * * * * * * 1412 * * 81 0 * * * * * * 1813 0 0 L 82 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1813 0 0 W 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 83 0 * * * * * * 1813 0 0 S 84 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 84 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 85 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 86 * * * * * * * * * * * * * 532 1696 * * * * * 86 0 * * * * * * 1813 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * * 547 * * 1664 * * * * 87 0 * * * * * * 1813 0 0 L 88 * * * * * * * * * 680 1412 * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1813 0 0 V 89 1412 * * * * 1696 * * * * * * * * * * * 1664 * * 89 0 * * * * * * 1813 0 0 G 90 * * * 1696 * 1664 * * * * 1412 * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1813 0 0 L 91 * * * * * * * * * 532 * * * * * * * 1696 * * 91 0 * * * * * * 1813 0 0 D 92 * * 680 * * * * * * * * 1412 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1813 0 0 I 93 * * * * * * * 1664 * * * * * * * * * 547 * * 93 0 * * * * * * 1813 0 0 D 94 547 * 1664 * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1813 0 0 E 95 * * * 680 * 1412 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1813 0 0 M 96 * * * * * * * * * 547 1664 * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 97 * * * 1412 * * * * * * * * * 680 * * * * * * 97 0 * * * * * * 1813 0 0 A 98 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1813 0 0 W 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 99 0 * * * * * * 1813 0 0 L 100 * * * * * * * * * 680 * * * * * * 1412 * * * 100 0 * * * * * * 1813 0 0 E 101 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1813 0 0 R 102 * 1412 * * * * * * * * * * * * 680 * * * * * 102 0 * * * * * * 1813 0 0 F 103 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1813 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1813 0 0 D 105 * * 680 * * * * * * * * * * 1412 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1813 0 0 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1813 0 0 I 107 * * * * * * * 680 * 1412 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1813 0 0 E 108 * * * 680 * * * 1412 * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1813 0 0 Q 109 * * * 1412 * * * * * * * * * 680 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1813 0 0 R 110 * * * * * * * * 1412 * * * * * 680 * * * * * 110 0 * * * * * * 1813 0 0 K 111 * * * * * * * * 1664 1696 * * * 1412 * * * * * * 111 0 * * * * * * 1813 0 0 E 112 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 112 0 * * * * * * 1334 0 0 P 113 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1334 0 0 Q 114 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 114 0 * * * * * * 1334 0 0 N 115 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 115 0 * * * * * * 1334 0 0 T 116 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 116 0 * * * * * * 1334 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 P 118 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 I 119 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 L 120 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 F 121 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 I 122 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 122 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //