HHsearch 1.5 NAME c2b2aA_ FAM FILE c2b2aA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c2b2aA_.a3m DATE Sat Mar 13 10:30:23 2010 LENG 164 match states, 164 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4262 -0.6594 SEQ >ss_dssp CCBCHHHHHHHHHHCTTCCEEEEHHHHHHHTTSSCTTCCCCHHHHHHHHHCEEEESSCCTGGGCCCCHHHHHHHHHHHTTTCCCBGGGTTCEEETTEEEC CTTTTSHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCEEEEEEETTEEEEEESBCHHHHHHHHSCCSCCSCCC >sa_dssp EDDEDDDADDCAEDAEDBEBDCCACDAACDAECBDEECECEEDBDEBACCABAAADDECBEEBCEEDBEDABCCABCDAEEEEDBBBCEECEDEEEECEE DECACCDCAEDABECBDDECACDAABDAAABBDDDEDBACBAAACCCEDBCDECDEEEEDEEDE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHHHHHHCCCCHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEHHHEEEEEEEHHHCCCCC >ss_conf 9730578999999754868899999999867766545543478999766776431356887788636997404515587274789987353300112445 5777300067899874100268999988877542115604532321201022343012012479 >Consensus mltrkedlltvlkqisalkyvsnlyefllatekivqtseldtqfqefltttiiaseqnlvenykqmtikqviddsiillgnkqnyvqqigtttigfyvey rqtlyssnfrnllnifgeedfkyflidflvftkveqngylqvagvclnqyfsvqvkqkkwyknn >c2b2aA_ MLTRKEDLLTVLKQISALKYVSNLYEFLLATEKIVQTSELDTQFQEFLTTTIIASEQNLVENYKQMTIKQVIDDSIILLGNKQNYVQQIGTTTIGFYVEY RQTLYSSNFRNLLNIFGEEDFKYFLIDFLVFTKVEQNGYLQVAGVCLNQYFSVQVKQKKWYKNN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 K 5 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 14 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 I 15 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 K 19 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 20 0 * * * * * * 1000 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 N 23 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 25 0 * * * * * * 1000 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 K 33 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 S 38 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 E 39 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 45 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 T 50 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 T 51 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 I 52 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 I 53 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 E 56 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 V 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 63 0 * * * * * * 1000 0 0 K 64 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 65 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 M 66 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 70 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 V 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 I 72 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 D 73 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 D 74 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 I 76 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 G 80 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 N 81 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 83 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 85 0 * * * * * * 1000 0 0 V 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 87 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 I 94 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 G 95 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 F 96 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 97 0 * * * * * * 1000 0 0 V 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 E 99 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 100 0 * * * * * * 1000 0 0 R 101 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 102 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 T 103 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 105 0 * * * * * * 1000 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 R 110 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 N 111 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 L 113 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 N 114 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 I 115 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 F 116 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 G 117 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 E 118 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 E 119 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 D 120 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 F 121 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 K 122 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 123 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 123 0 * * * * * * 1000 0 0 F 124 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 I 126 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 D 127 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 F 128 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 V 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 F 131 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 T 132 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 K 133 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 V 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 E 135 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 136 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 G 138 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 139 0 * * * * * * 1000 0 0 L 140 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 141 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 V 142 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 A 143 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 G 144 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 V 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 C 146 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 N 148 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 149 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 150 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 150 0 * * * * * * 1000 0 0 F 151 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 S 152 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 V 153 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 154 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 V 155 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 K 156 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 157 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 K 158 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 K 159 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 W 160 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 161 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 161 0 * * * * * * 1000 0 0 K 162 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 N 163 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 N 164 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 164 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //