HHsearch 1.5 NAME c1zldA_ FAM FILE c1zldA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1zldA_.a3m DATE Mon Mar 8 16:08:55 2010 LENG 102 match states, 102 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4214 -0.0096 SEQ >ss_dssp CCTTCEECHHHHTSCTTCEEEEECSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEECSSCEEEEEEEEEECSSSCEEEEEEEEEEECSEEEEEEEECCTTCSCCCEEEEE CC >sa_dssp EEEDCCDACEAACCEDECECECECCEEACABACADDDDCADADBDADBDDBCACABBCDECEEEDECEEECCDCDAEEDEDDCCAEADCECEDEDACACB EE >ss_pred CCCEEEEEEEEEEECCCCCEEEEECCEEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEECCEEEEECCCEEEEEEECCCCCCEEEEEE CC >ss_conf 9511235203675077640007613469987621034279999632785105899830581102302012235665612551799973368861257773 37 >Consensus gnigqvdidsvilgrpgaigswelnnfitiglnrvnadtvrvnirntgrtnrliitqwdntvtrgdvyelfgdyaliqgrgsfclnirsdtgrenwrmql en >c1zldA_ GNIGQVDIDSVILGRPGAIGSWELNNFITIGLNRVNADTVRVNIRNTGRTNRLIITQWDNTVTRGDVYELFGDYALIQGRGSFCLNIRSDTGRENWRMQL EN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 G 4 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 P 16 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 W 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 I 30 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 N 33 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 R 34 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 D 38 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 N 43 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 R 45 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 T 50 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 I 55 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 W 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 D 59 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 N 60 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 V 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 R 64 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 G 65 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 V 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 68 0 * * * * * * 1000 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 G 72 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 D 73 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 74 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 74 0 * * * * * * 1000 0 0 A 75 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 G 79 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 R 80 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 G 81 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 F 83 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 C 84 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 N 86 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 I 87 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 R 88 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 R 93 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 W 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 R 97 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 M 98 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 99 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 E 101 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 N 102 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 102 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //