HHsearch 1.5 NAME c1r4gA_ FAM FILE c1r4gA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c1r4gA_.a3m DATE Wed Jan 9 17:50:13 2013 LENG 53 match states, 53 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4535 1.7881 SEQ >ss_dssp CCCHHHHHHHHTTSCCCSHHHHHHHHHHHTCCSSHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >sa_dssp EEEDEDCDEDAEECECDEECCDEBCEDADECEEEEDCEDCCDEBDDCCEDEEE >ss_pred CCCHHHHHHHEECCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 97213214521048044888999999887405558999999999987886439 >Consensus kxtxhslxlviexsplsrxekxayikslxkcxtxqevkxvmelxeedixsltn >c1r4gA_ KPTMHSLRLVIESSPLSRAEKAAYVKSLSKCKTDQEVKAVMELVEEDIESLTN >UniRef50_P28054(516-568:568) Phosphoprotein n=21 Tax=Respirovirus RepID=PHOSP_PI1HC E=9e-16 s/c=1.60 id=74% cov=102% KHTLHSLKLVIENSPLSRVEKKAYIKSLYKCRTNQEVKNVMELFEEDIDSLTN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1185 0 0 P 2 * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1185 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1185 0 0 M 4 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1185 0 0 H 5 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1185 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1185 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1185 0 0 R 8 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 8 0 * * * * * * 1185 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1185 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1185 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1185 0 0 E 12 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1185 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 13 0 * * * * * * 1185 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1185 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1185 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1185 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1185 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1185 0 0 A 19 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 19 0 * * * * * * 1185 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1185 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1185 0 0 A 22 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1185 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1185 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1185 0 0 V 25 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 25 0 * * * * * * 1185 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1185 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 27 0 * * * * * * 1185 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1185 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 29 0 * * * * * * 1185 0 0 K 30 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1185 0 0 C 31 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1185 0 0 K 32 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 32 0 * * * * * * 1185 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1185 0 0 D 34 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1185 0 0 Q 35 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 35 0 * * * * * * 1185 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1185 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1185 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1185 0 0 A 39 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1185 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1185 0 0 M 41 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1185 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1185 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1185 0 0 V 44 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 44 0 * * * * * * 1185 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1185 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1185 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1185 0 0 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1185 0 0 E 49 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1185 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1185 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1185 0 0 T 52 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 52 0 * * * * * * 1185 0 0 N 53 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 53 0 * * 0 * * * 1185 0 0 //