HHsearch 1.5 NAME c1q01A_ FAM FILE c1q01A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c1q01A_.a3m DATE Wed Jan 9 19:27:40 2013 LENG 38 match states, 38 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.5284 4.5455 SEQ >ss_dssp CCSSCCCSCCSSSSSCCTTSCCCSSCCCCCSCCSSCCC >sa_dssp DEECEEDEEDEEEDDBCDEDEEDEECDCDDEEEEEEEE >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 98886755778761000232101324767433433679 >Consensus gxnxppkkxxpxgcfghkidrigshsglgcnkvddnkg >c1q01A_ GDNKPPKKGPPNGCFGHKIDRIGSHSGLGCNKVDDNKG >UniRef50_P82972(1-33:37) Natriuretic peptide PNP n=1 Tax=Pseudocerastes persicus RepID=VNP_PSEPC E=1e-07 s/c=1.75 id=82% cov=87% GENEPPKKKAPDGCFGHKIDRIGSHSGLGCNK------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1114 0 0 D 2 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1114 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1114 0 0 K 4 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1114 0 0 P 5 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1114 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1114 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1114 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1114 0 0 G 9 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1114 0 0 P 10 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1114 0 0 P 11 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1114 0 0 N 12 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1114 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1114 0 0 C 14 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1114 0 0 F 15 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1114 0 0 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1114 0 0 H 17 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1114 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1114 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1114 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1114 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1114 0 0 I 22 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1114 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1114 0 0 S 24 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 24 0 * * * * * * 1114 0 0 H 25 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1114 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1114 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1114 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1114 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1114 0 0 C 30 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1114 0 0 N 31 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1114 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1114 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 D 35 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //