HHsearch 1.5 NAME c1cixA_ FAM FILE c1cixA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c1cixA_.a3m DATE Wed Jan 9 15:48:46 2013 LENG 44 match states, 44 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5183 4.0581 SEQ >ss_dssp CCCCCCTTEEECSCCTTSCSCCCCTTCEEEESSTTCSCEEEECC >sa_dssp EEECCEDCDDBDEECEEEEDEDBDEDBEDECDEEEDDDADADEE >ss_pred CCCEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCEECC >ss_conf 97003305304555159973311285222000688762210129 >Consensus ysrcqlqgfncvvrsyglptipccrgltcrsyfpgstygrcqry >c1cixA_ YSRCQLQGFNCVVRSYGLPTIPCCRGLTCRSYFPGSTYGRCQRY # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Y 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 C 4 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 7 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 C 11 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 16 0 * * * * * * 1000 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 C 23 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 C 24 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 C 29 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 32 0 * * * * * * 1000 0 0 F 33 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1000 0 0 G 39 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 C 41 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 42 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 R 43 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 44 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //