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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4v1oW_ | PDB header: transcription | Chain: W: PDB Molecule: mediator of rna polymerase ii transcription subunit 11; | PDBTitle: architecture of the rna polymerase ii-mediator core2 transcription initiation complex |
Added to library: Sat Feb 7 08:41:55 2015 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | Q | F | V | K | R | R | R | D | M | L | E | H | I | N | L | A | M | N | E | S | S | L | A | L | E | F | V | S | L | L | L | S | S | V | K | E | S | T | G | M | S | S | M | S | P | F | L | R | K | V | V | K | P | S | S | L | N | S | D | K | I | P | Y | V | A | P | T | K | K | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | S | S | S | G | G | G | G | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | Y | I | E | L | D | I | L | N | K | G | W | K | L | Q | S | L | N | E | S | K | D | L | L | R | A | S | F | N | K | L | S | S | I | L | Q | N | E | H | D | Y | W | N | K | I | M | Q | S | I | S | N | K | D | V | I | F | K | K | L | L | A | I | K | Y | G | D | R | G | I | A | N |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | I | N | L | D | L | I | P | H | H | S | V | K | K | F | L | R | V | R | I | F | T | K | I | E | S | E | D | D | Y | I | L | S | G | E | S | V | M | D | R | D | I | R | K | Q | I | Q | L | L | K | K | I | I | F | E | K | E | L | M | Y | Q | I | K | K | E | C | A | L | L | I | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | S | T | G | G | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | Y | G | V | S | I | E | N | E | N | K | V | I | I | E | L | P | N | E | K | F | E | I | E | L | L | S | L | D | D | D | L | P | K | I | N | D | K | R | A | N | L | M | L | V | M | L | R | L | L | L | V | V | I | F | K | K | T | L | R | S | R | I | S | S | P | H | G | L | I | N |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | T | T | T | S | S | S | S | T | T | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 340 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 350 |
Sequence | L | N | V | D | D | D | I | L | I | I | R | P | I | L | G | K | V | R | F | A | N | Y | K | L | L | L | K | K | I | I | K | D | Y | V | L | D | I | V | P | G | S | S | I | T | E | T | E | V | E | N | I | T | K | L | N | K | E | I | R | A | F | D | K | L | L | N | I | P | R | R |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | T | S | T | T | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 360 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 370 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 380 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 390 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 400 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 410 | . | . | . | . | . | . | . | . | . |
Sequence | E | L | K | I | N | L | P | L | T | E | H | K | S | P | N | L | S | L | M | L | E | S | P | N | Y | C | N | A | L | I | H | I | K | F | S | A | G | T | E | A | N | A | V | S | F | D | T | T | F | S | D | F | K | E | V | E | D | F | L | H | F | I | V | A | E | Y | I | Q | Q | |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | S | S | S | T | T | T | S | T | T |
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