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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4pkdB_ | PDB header: gene regulation | Chain: B: PDB Molecule: u1 small nuclear ribonucleoprotein a,u1 small nuclear | PDBTitle: u1-70k in complex with u1 snrna stem-loops 1 and u1-a rrm in complex2 with stem-loop 2 |
Added to library: Sat Jan 3 09:31:20 2015 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | T | R | P | N | H | T | I | Y | I | N | N | L | N | E | K | I | K | K | D | E | L | K | K | S | L | Y | A | I | F | S | Q | F | G | Q | I | L | D | I | L | V | S | R | S | L | K | M | R | G | Q | A | F | V | I | F | K | E | V | S | S | A | T | N | A | L | R | S | M | Q | G | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | S | T | T | S | S | T | T | T | T | T | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | P | F | Y | D | K | P | M | R | I | Q | Y | A | K | T | D | S | D | I | I | A | K | M | K | G | T | F | V | E | E | T | R | E | E | R | M | E | R | K | R | R | E | K | I | E | R | R | Q | Q | E | V | E | T | E | L | K | M | W | D | P | H | N | D | P | N | A | Q | G | D | A | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | B | S | S | S | B | S | S | T | T | T | G | G | G | T | T | S | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | K | T | L | F | V | A | R | V | N | Y | D | T | T | E | S | K | L | R | R | E | F | E | V | Y | G | P | I | K | R | I | H | M | V | Y | S | K | R | S | G | K | P | R | G | Y | A | F | I | E | Y | E | H | E | R | D | M | H | S | A | Y | K | H | A | D | G | K | K | I | D | G | R |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | S | T | T | T | T | S | T | T | T | S | S | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | |||||||||||||||||||||||
Sequence | R | V | L | V | D | V | E | R | G | R | T | V | K | G | W | R | P | R | R | L | G | G | G | L | G | G | T | R | R | G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | T | T | G | G | G | T | T | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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