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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4mijA_ | PDB header: transport protein | Chain: A: PDB Molecule: trap dicarboxylate transporter, dctp subunit; | PDBTitle: crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from2 polaromonas sp. js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound3 alpha/beta d-galacturonate, space group p21 |
Added to library: Sat Sep 21 08:34:46 2013 | |
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Sequence | T | E | F | R | S | A | D | T | H | N | A | D | D | Y | P | T | V | A | A | V | K | Y | M | G | E | L | L | E | K | K | S | G | G | K | H | K | I | K | V | F | N | K | Q | A | L | G | S | E | K | E | T | I | D | Q | V | K | I | G | A | L | D | F | T | R | V | N | V | G | P | M |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | S | T | T | T | T | T | T | S | S | S | S | G | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | N | A | I | C | P | L | T | Q | V | P | T | M | P | F | L | F | S | S | I | A | H | M | R | K | S | L | D | G | P | V | G | D | E | I | L | K | S | C | E | S | A | G | F | I | G | L | A | F | Y | D | S | G | A | R | S | I | Y | A | K | K | P | I | R | T | V | A | D | A | K | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | G | G | G | S | T | T | S | S | S | S | G | G | G | G | T | S | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | L | K | I | R | V | Q | Q | S | D | L | W | V | A | L | V | S | A | M | G | A | N | A | T | P | M | P | Y | G | E | V | Y | T | G | L | K | T | G | L | I | D | A | A | E | N | N | I | P | S | F | D | T | A | K | H | V | E | A | V | K | V | Y | S | K | T | E | H | S | M | A | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | G | G | G | T | S | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | E | I | L | V | M | S | K | I | I | Y | D | K | L | P | K | A | E | Q | D | M | I | R | A | A | A | K | E | S | V | A | F | E | R | Q | K | W | D | E | Q | E | A | K | S | L | A | N | V | K | A | A | G | A | E | I | V | E | V | D | K | K | S | F | Q | A | V | M | G | P | V | Y |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | D | K | F | M | T | T | P | D | M | K | R | L | V | K | A | V | Q | D | T | K | A | E | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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