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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c3bx2B_ | PDB header: transcription, rna binding protein/rna | Chain: B: PDB Molecule: protein puf4; | PDBTitle: puf4 rna binding domain bound to ho endonuclease rna 3' utr2 recognition sequence |
Added to library: Wed Jan 9 21:39:14 2013 | |
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Sequence | D | Q | Y | I | G | S | I | H | S | L | C | K | D | Q | H | G | C | R | F | L | Q | K | Q | L | D | I | L | G | S | K | A | A | D | A | I | F | E | E | T | K | D | Y | T | V | E | L | M | T | D | S | F | G | N | Y | L | I | Q | K | L | L | E | E | V | T | T | E | Q | R | I | V |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | S | G | G | G | T | S | S | T | T | G | G | G | T | S | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | L | T | K | I | S | S | P | H | F | V | E | I | S | L | N | P | H | G | T | R | A | L | Q | K | L | I | E | C | I | K | T | D | E | E | A | Q | I | V | V | D | S | L | R | P | Y | T | V | Q | L | S | K | D | L | N | G | N | H | V | I | Q | K | C | L | Q | R | L | K | P | E | N |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | G | T | S | T | T | S | G | G | G | T | S | T | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | F | Q | F | I | F | D | A | I | S | D | S | C | I | D | I | A | T | H | R | H | G | C | C | V | L | Q | R | C | L | D | H | G | T | T | E | Q | C | D | N | L | C | D | K | L | L | A | L | V | D | K | L | T | L | D | P | F | G | N | Y | V | V | Q | Y | I | I | T | K | E | A | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | T | T | S | T | T | T | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | K | N | K | Y | D | Y | T | H | K | I | V | H | L | L | K | P | R | A | I | E | L | S | I | H | K | F | G | S | N | V | I | E | K | I | L | K | T | A | I | V | S | E | P | M | I | L | E | I | L | N | N | G | G | E | T | G | I | Q | S | L | L | N | D | S | Y | G | N | Y | V | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | G | G | G | T | S | T | T | T | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | ||||||||||||
Sequence | Q | T | A | L | D | I | S | H | K | Q | N | D | Y | L | Y | K | R | L | S | E | I | V | A | P | L | L | V | G | P | I | R | N | T | P | H | G | K | R | I | I | G | M | L | |||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | G | G | G | G | S | T | T |
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