Phyre 2 Results for A2A6A1

Email	l.a.kelley@imperial.ac.uk
Description	A2A6A1
Date	Wed Jul 10 14:20:06 BST 2013
Unique Job ID	857d1118a9a8f123
Sequence	MADRFSRFNE ... Download FASTA

Summary

Top model

Image coloured by rainbow N → C terminus

Model dimensions (Å):

X:37.291 Y:30.520 Z:22.179

Model (left) based on template d1zr9a1

Top template information

Fold:beta-beta-alpha zinc fingers
Superfamily:beta-beta-alpha zinc fingers
Family:HkH motif-containing C2H2 finger

Confidence and coverage

Confidence:

97.8%

Coverage:

39 residues ( 3% of your sequence) have been modelled with 97.8% confidence by the single highest scoring template.

Additional confident templates have been detected (see Domain analysis) which cover other regions of your sequence.

101 residues ( 7%) could be modelled at >90% confidence using multiple-templates.

You may wish to try resubmitting your sequence in "intensive" mode to model more of your sequence.

Warning: 88% of your sequence is predicted disordered. Disordered regions cannot be meaningfully predicted.

3D viewing

Interactive 3D view in Jmol

Sequence analysis

Secondary structure and disorder prediction

1 . . . . . . . . 10 . . . . . . . . . 20 . . . . . . . . . 30 . . . . . . . . . 40 . . . . . . . . . 50 . . . . . . . . . 60

Sequence M A D R F S R F N E D R D F Q G N H F D Q Y E E G H L E I E Q A S L D K P I E S D N I G H R L L Q K H G W K L G Q G L G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ?
?
? ? ? ? ?
?
? ?
?
? ? ? ? ? ? ?
? ?
?
?
? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 70 . . . . . . . . . 80 . . . . . . . . . 90 . . . . . . . . . 100 . . . . . . . . . 110 . . . . . . . . . 120

Sequence K S L Q G R T D P I P I V V K Y D V M G M G R M E M E L D Y A E D A T E R R R V L E V E K E D T E E L R Q K Y K D Y V D

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ?
?
?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 130 . . . . . . . . . 140 . . . . . . . . . 150 . . . . . . . . . 160 . . . . . . . . . 170 . . . . . . . . . 180

Sequence K E K A I A K A L E D L R A N F Y C E L C D K Q Y Q K H Q E F D N H I N S Y D H A H K Q R L K D L K Q R E F A R N V S S

Secondary structure

SS confidence

Disorder ?
? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 190 . . . . . . . . . 200 . . . . . . . . . 210 . . . . . . . . . 220 . . . . . . . . . 230 . . . . . . . . . 240

Sequence R S R K D E K K Q E K A L R R L H E L A E Q R K Q A E C A P G S G P M F R P T T V A V D E D G G E E D K D E S S T N S G

Secondary structure

SS confidence

Disorder
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 250 . . . . . . . . . 260 . . . . . . . . . 270 . . . . . . . . . 280 . . . . . . . . . 290 . . . . . . . . . 300

Sequence A S A V S S C G F G A D F S T D K G G S F T S V Q I T N T T G L S Q A P G L A S Q G I S F G I K N N L G P P L Q K L G V

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 310 . . . . . . . . . 320 . . . . . . . . . 330 . . . . . . . . . 340 . . . . . . . . . 350 . . . . . . . . . 360

Sequence S F S F A K K A P V K L E S I A S V F K D H A E E G S S E D G T K A D E K S S D Q G V Q K V G D T D G T G N L D G K K E

Secondary structure

SS confidence

Disorder ?
?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 370 . . . . . . . . . 380 . . . . . . . . . 390 . . . . . . . . . 400 . . . . . . . . . 410 . . . . . . . . . 420

Sequence D E D P Q D G G S L A S T L S K L K R M K R E E G T G A T E P E Y Y H Y I P P A H C K V K P N F P F L L F M R A S E Q M

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 430 . . . . . . . . . 440 . . . . . . . . . 450 . . . . . . . . . 460 . . . . . . . . . 470 . . . . . . . . . 480

Sequence E G D H S A H S K S A P E N R K S S S P K P Q G C S K T A A S P G A E R T V S E A S E L Q K E A A V A G P S E P G G K T

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 490 . . . . . . . . . 500 . . . . . . . . . 510 . . . . . . . . . 520 . . . . . . . . . 530 . . . . . . . . . 540

Sequence E T K K G S G G G E D E Q S V E S R E T S E S P M C E S N P K D I S Q A T P A T K A G Q G P K H P T G P F F P V L S K D

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 550 . . . . . . . . . 560 . . . . . . . . . 570 . . . . . . . . . 580 . . . . . . . . . 590 . . . . . . . . . 600

Sequence E S T A L Q W P S E L L I F T K A E P S I S Y S C N P L Y F D F K L S R N K D A K A K G T E K P K D V A G S S K D H L Q

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 610 . . . . . . . . . 620 . . . . . . . . . 630 . . . . . . . . . 640 . . . . . . . . . 650 . . . . . . . . . 660

Sequence S L D P R E P N K S Q E E E Q D V V L S S E G R V D E P A S G A A C S S L N K Q E P G G S H M S E T E D T G R S H P S K

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 670 . . . . . . . . . 680 . . . . . . . . . 690 . . . . . . . . . 700 . . . . . . . . . 710 . . . . . . . . . 720

Sequence K E P S G K S H R H K K K K K H K K S S K H K R K H K A D T E E K S S K A E S G E K S K K R K K R K R K K N K S S A A A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 730 . . . . . . . . . 740 . . . . . . . . . 750 . . . . . . . . . 760 . . . . . . . . . 770 . . . . . . . . . 780

Sequence D S E R G P K S E P P G S G S P A P P R R R R R A Q D D S Q R R S L P A E E G N S G K K D D G G G G S S C Q D H S G R K

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 790 . . . . . . . . . 800 . . . . . . . . . 810 . . . . . . . . . 820 . . . . . . . . . 830 . . . . . . . . . 840

Sequence H K G E P P T S S C Q R R A N T K H S S R S S H R S Q P S S G D E D S D D A S S H R L H Q K S P S Q Y S E E E E E E E E

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 850 . . . . . . . . . 860 . . . . . . . . . 870 . . . . . . . . . 880 . . . . . . . . . 890 . . . . . . . . . 900

Sequence E E E E E D E D S G S E H S R S R S R S G H R H S S H R S S R R S Y S S S S D A S S D Q S C Y S R Q H S Y S D D S Y S D

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 910 . . . . . . . . . 920 . . . . . . . . . 930 . . . . . . . . . 940 . . . . . . . . . 950 . . . . . . . . . 960

Sequence Y S D R S R R H S K R S H D S D D S D Y T S S K H R S K R H K Y S S S D D D Y S L S C S Q S R S R S R S H T R E R S R S

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 970 . . . . . . . . . 980 . . . . . . . . . 990 . . . . . . . . . 1000 . . . . . . . . . 1010 . . . . . . . . . 1020

Sequence R G R S R S S S C S R S R S K R R S R S T T A H S W Q R S R S Y S R D R S R S T R S P S Q R S G S R K G S W G H E S P E

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1030 . . . . . . . . . 1040 . . . . . . . . . 1050 . . . . . . . . . 1060 . . . . . . . . . 1070 . . . . . . . . . 1080

Sequence E R R S G R R D F I R S K I Y R S Q S P H Y F Q S G R G E G P G K K E D G R G D D S K G A G L P S Q N S N T G T G R G S

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1090 . . . . . . . . . 1100 . . . . . . . . . 1110 . . . . . . . . . 1120 . . . . . . . . . 1130 . . . . . . . . . 1140

Sequence E S D C S P E D K N S V T A R L L L E K I Q S R K V E R K P N V C E E V L A T P N K A G L K Y K N P P Q G Y F G P K L P

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1150 . . . . . . . . . 1160 . . . . . . . . . 1170 . . . . . . . . . 1180 . . . . . . . . . 1190 . . . . . . . . . 1200

Sequence P S L G N K P V L P M I G K L P A T R K S N K K C E E S G L E R G E E Q E H S E P E E G S P R S S D A P F G H Q F S E E

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1210 . . . . . . . . . 1220 . . . . . . . . . 1230 . . . . . . . . . 1240 . . . . . . . . . 1250 . . . . . . . . . 1260

Sequence A A G P L S D P P P E E P K S E E A T A D H S V A P L G T P A H T D C Y P G D P A I S H N Y L P D P S D G D T L E S L D

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1270 . . . . . . . . . 1280 . . . . . . . . . 1290 . . . . . . . . . 1300 . . . . . . . . . 1310 . . . . . . . . . 1320

Sequence S G S Q P G P V E S S L L P I A P D L E H F P N Y A P P S G E P S I E S T D G T E D A S L A P L E S Q P I T F T P E E M

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1330 . . . . . . . . . 1340 . . . . . . . . . 1350 . . . . . . . . . 1360 . . . . . . . . . 1370 . . . . . . . . . 1380

Sequence E K Y S K L Q Q A A Q Q H I Q Q Q L L A K Q V K A F P A S T A L A P A T P A L Q P I H I Q Q P A T A S A T S I T T V Q H

Secondary structure

SS confidence

Disorder ?
?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1390 . . . . . . . . . 1400 . . . . . . . . . 1410 . . . . . . . . . 1420 . . . . . . . . . 1430 . . . . . . . . . 1440

Sequence A I L Q H H A A A A A A A I G I H P H P H P Q P L A Q V H H I P Q P H L T P I S L S H L T H S I I P G H P A T F L A S H

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
?
? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1450 . . . . . . . . . 1460 . . . . . . . . . 1470 . . . . . . . . . 1480 . . . . . . . . . 1490 . . . . . . . . . 1500

Sequence P I H I I P A S A I H P G P F T F H P V P H A A L Y P T L L A P R P A A A A A T A L H L H P L L H P I F S G Q D L Q H P

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
?
? ?
? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
?
? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . .

Sequence P S H G T

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ?

Disorder confidence

Confidence Key
High(9) Low (0)

? Disordered ( 88%)

Alpha helix ( 37%)

Beta strand ( 0%)

Domain analysis

Hover over an aligned region to see model and summary info

Please note, only up to the top 20 hits are modelled to reduce computer load

Rank	Aligned region

PDB 1zr9 chain A domain 1

Region: 130 - 170
Aligned: 39
Modelled: 41
Confidence: 97.8%
Identity: 33%
Fold: beta-beta-alpha zinc fingers
Superfamily: beta-beta-alpha zinc fingers
Family: HkH motif-containing C2H2 finger

Phyre2

PDB 1zr9 chain A

Region: 130 - 170
Aligned: 39
Modelled: 41
Confidence: 97.8%
Identity: 33%
PDB header:transcription
Chain: A: PDB Molecule:zinc finger protein 593;
PDBTitle: solution structure of a human c2h2-type zinc finger protein

Phyre2

PDB 4dgw chain A

Region: 88 - 206
Aligned: 99
Modelled: 108
Confidence: 95.6%
Identity: 20%
PDB header:splicing
Chain: A: PDB Molecule:pre-mrna-splicing factor prp9;
PDBTitle: crystal structure of the sf3a splicing factor complex of u2 snrnp

Phyre2

PDB 1zu1 chain A

Region: 136 - 168
Aligned: 33
Modelled: 33
Confidence: 93.2%
Identity: 18%
PDB header:rna binding protein
Chain: A: PDB Molecule:rna binding protein zfa;
PDBTitle: solution structure of the n-terminal zinc fingers of the2 xenopus laevis double stranded rna binding protein zfa

Phyre2

PDB 4f9a chain B

Region: 137 - 177
Aligned: 27
Modelled: 41
Confidence: 89.7%
Identity: 41%
PDB header:transferase
Chain: B: PDB Molecule:protein dbf4 homolog a;
PDBTitle: human cdc7 kinase in complex with dbf4 and nucleotide

Phyre2

PDB 4lct chain D

Region: 89 - 144
Aligned: 54
Modelled: 56
Confidence: 88.7%
Identity: 20%
PDB header:signaling protein
Chain: D: PDB Molecule:cop9 signalosome complex subunit 1;
PDBTitle: crystal structure and versatile functional roles of the cop92 signalosome subunit 1

Phyre2

PDB 2elb chain A domain 1

Region: 93 - 219
Aligned: 127
Modelled: 127
Confidence: 86.3%
Identity: 18%
Fold: BAR/IMD domain-like
Superfamily: BAR/IMD domain-like
Family: BAR domain

Phyre2

PDB 1zu1 chain A domain 2

Region: 135 - 168
Aligned: 34
Modelled: 34
Confidence: 76.6%
Identity: 18%
Fold: beta-beta-alpha zinc fingers
Superfamily: beta-beta-alpha zinc fingers
Family: HkH motif-containing C2H2 finger

Phyre2

PDB 1l8d chain B

Region: 105 - 194
Aligned: 85
Modelled: 90
Confidence: 70.9%
Identity: 19%
PDB header:replication
Chain: B: PDB Molecule:dna double-strand break repair rad50 atpase;
PDBTitle: rad50 coiled-coil zn hook

Phyre2

PDB 2rsi chain A

Region: 136 - 155
Aligned: 20
Modelled: 20
Confidence: 47.6%
Identity: 30%
PDB header:metal binding protein
Chain: A: PDB Molecule:zinc finger protein zfat;
PDBTitle: solution structures of the dna-binding domains of immune-related zinc-2 finger protein zfat

Phyre2

PDB 1mr1 chain C

Region: 120 - 136
Aligned: 17
Modelled: 17
Confidence: 47.5%
Identity: 18%
Fold: SAND domain-like
Superfamily: SAND domain-like
Family: SMAD4-binding domain of oncoprotein Ski

Phyre2

PDB 4esj chain A

Region: 134 - 145
Aligned: 12
Modelled: 12
Confidence: 46.5%
Identity: 42%
PDB header:hydrolase/dna
Chain: A: PDB Molecule:type-2 restriction enzyme dpni;
PDBTitle: restriction endonuclease dpni in complex with target dna

Phyre2

PDB 1fu9 chain A

Region: 137 - 164
Aligned: 20
Modelled: 28
Confidence: 44.1%
Identity: 50%
Fold: beta-beta-alpha zinc fingers
Superfamily: beta-beta-alpha zinc fingers
Family: C2HC finger

Phyre2

PDB 2vrd chain A domain 1

Region: 136 - 143
Aligned: 8
Modelled: 8
Confidence: 43.9%
Identity: 63%
Fold: beta-beta-alpha zinc fingers
Superfamily: beta-beta-alpha zinc fingers
Family: HkH motif-containing C2H2 finger

Phyre2

PDB 2vgq chain A

Region: 109 - 198
Aligned: 77
Modelled: 90
Confidence: 43.6%
Identity: 13%
PDB header:immune system/transport
Chain: A: PDB Molecule:maltose-binding periplasmic protein,
PDBTitle: crystal structure of human ips-1 card

Phyre2

PDB 1m9m chain A

Region: 46 - 74
Aligned: 22
Modelled: 29
Confidence: 43.0%
Identity: 36%
Fold: Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
Superfamily: Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
Family: Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain

Phyre2

PDB 1q2o chain A

Region: 46 - 74
Aligned: 22
Modelled: 29
Confidence: 42.0%
Identity: 36%
Fold: Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
Superfamily: Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
Family: Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain

Phyre2

PDB 1qus chain A

Region: 46 - 76
Aligned: 31
Modelled: 31
Confidence: 41.5%
Identity: 23%
Fold: Lysozyme-like
Superfamily: Lysozyme-like
Family: Bacterial muramidase, catalytic domain

Phyre2

PDB 1loi chain A

Region: 135 - 143
Aligned: 9
Modelled: 9
Confidence: 41.2%
Identity: 56%
PDB header:hydrolase
Chain: A: PDB Molecule:cyclic 3',5'-amp specific phosphodiesterase rd1;
PDBTitle: n-terminal splice region of rat c-amp phosphodiesterase,2 nmr, 7 structures

Phyre2

PDB 1ztd chain A domain 1

Region: 124 - 142
Aligned: 19
Modelled: 19
Confidence: 41.0%
Identity: 32%
Fold: RNase III domain-like
Superfamily: RNase III domain-like
Family: PF0609-like

Phyre2

100

101

102

103

104

105

106

107

108

109