Job Description A0FGR9 Confidence 100.00% Date Thu Apr 26 09:38:06 BST 2012 Rank 1 Aligned Residues 237 % Identity 38% Template c2r83B_ PDB info PDB header:endocytosis, exocytosis Chain: B: PDB Molecule:synaptotagmin-1; PDBTitle: crystal structure analysis of human synaptotagmin 1 c2a-c2b Resolution 2.70 Å

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		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.				340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.			.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.																										.	.
Query SS confidence																																												.	.	.																										.	.
Query Sequence		N	L	R	F	P	L	P	C	G	V	I	R	V	H	L	L	E	A	E	Q	L	A	Q	K	D	N	F	L	G	L	R	G	K	S	D	P	Y	A	K	V	S	I	.	.	.	G	L	Q	H	F	R	S	R	T	I	Y	R	N	L	N	P	T	W	N	E	V	F	E	F	M	.	.	V	Y	E	V	P	G	Q	D
Query Conservation																																												.	.	.																										.	.
Alig confidence																												.	.	.	.													.	.	.																										.	.
Template Conservation																												.	.	.	.
Template Sequence		S	L	D	Y	D	F	Q	N	N	Q	L	L	V	G	I	I	Q	A	A	E	L	P	A	L	D	M	.	.	.	.	G	G	T	S	D	P	Y	V	K	V	F	L	L	P	D	K	K	K	K	F	E	T	K	V	H	R	K	T	L	N	P	V	F	N	E	Q	F	T	F	K	V	P	Y	S	E	L	A	G	K	T
Template Known Secondary structure							T	T	T	T														S		S	S	.	.	.	.	T	T												T			S										S		S	S													G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.					.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.		.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410							.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.																													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	V	D	L	Y	D	E	D	T	.	D	R	D	D	F	L	G	S	L	Q	I	C	L	G	D	V	M	T	N	R	V	V	D	E	W	F	V	L	.	.	.	.	.	.	N	D	T	T	S	G	R	L	H	L	R	L	E	W	L	S	L	L	T	D	Q	E	V	L	T	E	D	H	G	G	L	S	T	A	I
Query Conservation												.																													.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																													.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	M	A	V	Y	D	F	D	R	F	S	K	H	D	I	I	G	E	F	K	V	P	M	N	T	V	D	F	G	H	V	T	E	E	W	R	D	L	Q	S	A	E	K	E	E	Q	E	K	L	G	D	I	C	F	S	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											S	S	S												G	G	G				S	S									B			S	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	V	F	L	E	S	A	C	N	L	P	R	N	P	F	D	Y	L	N	G	E	Y	R	A	K	K	L	S	R	F	A	R	N	K	V	S	K	D	P	S	S	Y	V	K	L	S	V	G	K	K	T	H	T	S	K	T	C	P	H	N	K	D	P	V	W	S	Q	V	F	S	F	F	V	H	N	V	A	T	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	H	L	K	V	L	D	D	D	Q	E	C	A	L	G	M	L	E	V	P	L	C	Q	I	L	P	Y	A	D	L	T	L	E	Q	R	F	Q	L	D	H	S	G	L	D	S	L	I	S	M	R	L	V	L	R	F	L	Q	V	E	E	R	E	L	G	S	P	Y	T	G	P	E	A	L	K	K	G	P	L	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		606	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	K	V	A	T	N	Q	G	P	K	A	Q	P	Q	E	E	G	P	T	D	L	P	C	P	P	D	P	A	S	D	T	K	D	V	S	R	S	T	T	T	T	T	S	A	T	T	V	A	T	E	P	T	S	Q	E	T	G	P	E	P	K	G	K	D	S	A	K	R	F	C	E	P	I	G	E	K	K	S	P
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		686	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	T	I	F	L	T	V	P	G	P	H	S	P	G	P	I	K	S	P	R	P	M	K	C	P	A	S	P	F	A	W	P	P	K	R	L	A	P	S	M	S	S	L	N	S	L	A	S	S	C	F	D	L	A	D	I	S	L	N	I	E	G	G	D	L	R	R	R	Q	L	G	E	I	Q	L	T	V	R	Y	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																																282	.
		766	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.		.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.
Query SS confidence																									.
Query Sequence		C	L	R	R	C	L	S	V	L	I	N	G	C	R	N	L	T	P	C	T	S	S	G	.	A	D	P	Y	V	R	V	Y	L	L	P	E	R	K	W	A	C	R	K	K	T	S	V	K	R	K	T	L	E	P	L	F	D	E	T	F	E	F	F	V	P	M	E	E	V	K	K	R	S	L	D	V	A	V	K	N
Query Conservation																									.
Alig confidence																									.
Template Conservation
Template Sequence		P	T	A	G	K	L	T	V	V	I	L	E	A	K	N	L	K	K	M	D	V	G	G	L	S	D	P	Y	V	K	I	H	L	M	Q	N	G	K	R	L	K	K	K	K	T	T	I	K	K	N	T	L	N	P	Y	Y	N	E	S	F	S	F	E	V	P	F	E	Q	I	Q	K	V	Q	V	V	V	T	V	L	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	T											S					S	T	T	S													T	T													S		S	S													T	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		845	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.													.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	P	L	G	S	H	R	R	K	E	L	G	K	V	L	I	D	L	S	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	I	K	G	F	S	Q	W	Y	E	L	T	P
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.
Template Sequence		Y	D	K	I	G	K	.	.	N	D	A	I	G	K	V	F	V	G	Y	N	S	T	G	A	E	L	R	H	W	S	D	M	L	A	N	P	R	R	P	I	A	Q	W	H	T	L	Q	V
Template Known Secondary structure				S	S	S		.	.											T	T															S	T	T	S									B
Template Predicted Secondary structure								.	.
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.			370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.