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ANALYSIS FOR AMMONIUM TETRACYANO PLATINUM (II) [PEU]
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Formula : N6,H8,PT1,C4
Solution chemistry: PT1,[C1,N1]4 -2
All distances below are to the element PT [ platinum ]
| PROTEIN: 155C CYTOCHROME C550
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX PROSTHETIC GROUP. FE2:
Hev Atom conc.: 5.600 mM
Precip & conc.: 95.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.: 0.500 M SODIUM CHLORIDE
Comments :
Reference : DICKERSON et.al. 1972 :1976 :
pH 7.0 Soak time = 168.00 Hours Reference number = 117.01
Site 1: 1 ASN OD1 5.16 ( 6.61) . . .
: 76 ILE CD1 3.43 ( 6.40) . . .
: 107 GLN CB 5.72 ( 6.80) . . .
: 108 ALA CB 4.72 ( 5.50) . . .
: 83 LYS NZ 4.55 ( 6.64) . . .
: 96 LYS O 4.55 ( 5.39) . . .
: 97 THR OG1 5.97 ( 6.89) . . .
: 100 THR OG1 5.78 ( 7.10) . . .
Site 2: 88 LYS NZ 5.14 ( 7.69) . . .
: 89 MET SD 4.48 ( 5.84) . . .
: 102 LYS O 4.93 ( 6.84) . . .
: 103 MET C 5.49 ( 5.50) . . . [Het: HEM CBB - CE 4.10]
: 104 GLY O 5.84 ( 4.94) . . .
: 105 LYS CB 5.45 ( 5.92) . . .
Site 3: 42 VAL O 5.29 ( 5.74) . . .
: 43 GLY O 5.41 ( 4.10) . . .
: 69 THR OG1 5.59 ( 6.93) . . .
: 70 TRP O 5.59 ( 7.03) . . . [Het: HEM CMA - CE2 4.00]
: 71 THR OG1 5.76 ( 4.81) . . .
: 120 ASP O 5.06 ( 7.27) . . .
: 121 ALA O 5.31 ( 4.27) . . .
: 124 UNK O 5.10 ( 7.04) . . .
: 133 UNK O 4.20 ( 6.33) . . .
: 134 UNK N 5.58 ( 5.06) . . .
: 33 LYS CE 5.74 ( 9.11) . . .
Site 4: 91 ASP OD2 4.62 ( 4.88) . . .
: 92 ASP N 5.80 ( 6.23) . . .
: 93 LYS NZ 3.28 ( 6.35) . . .
: 10 LYS CE 5.90 ( 4.74) . . .
: 11 GLU OE1 4.73 ( 4.44) . . .
: 13 ASN ND2 4.18 ( 6.06) . . .
: 14 LYS NZ 4.92 ( 7.43) . . . [Het: HEM CMC - O 3.90]
| PROTEIN: 3CYT CYTOCHROME C (ALBACORE, OXIDIZED)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINS FE(III):
Hev Atom conc.: 0.670 mM
Precip & conc.: 100.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments :
Reference : DICKERSON et.al. 1981 :SWANSON et.al. 1977 :
pH 7.0 Soak time = 672.00 Hours Reference number = 142.01
Site 1: 16 GLN O OE1 5.97 ( 4.94) . . . [Het: HEM CMC - CG 4.00]
: 7 LYS I NZ 4.67 ( 7.11) . . T
: 8 LYS I CG 5.11 ( 5.20) . . T
: 11 VAL I CG1 4.73 ( 6.04) . . T
: 17 HOH O O 5.36 (-1.00) . . .
Site 2: 62 ASP I OD1 3.80 ( 5.78) . . T
: 36 PHE O CE1 5.11 ( 4.79) . . T
: 37 GLY O N 4.36 ( 4.67) . . T
: 59 TRP O O 4.81 ( 7.24) . . T [Het: HEM CGA - NE1 3.70]
: 60 ASN O CB 4.85 ( 4.91) . . T
: 61 ASN O OD1 5.43 ( 6.98) . . T
: 99 LYS O CE 5.41 ( 7.84) . . T
Site 3: 8 LYS O CD 5.40 ( 5.34) . . .
: 11 VAL O CG1 5.20 ( 6.15) . . .
: 12 GLN O OE1 4.24 ( 4.89) . . .
: 20 VAL I CG2 5.98 ( 8.30) . . T
: 97 TYR I OH 5.02 ( 8.15) . . T
: 100 SER I OG 5.54 ( 6.84) . . T
: 101 ALA I O 5.36 ( 4.63) . . T
Site 4: 3 VAL O CG1 5.91 ( 6.93) . . .
: 96 ALA O O 4.36 ( 5.84) . . T
: 99 LYS O CD 4.88 ( 5.69) . . T
: 100 SER O OG 4.25 ( 4.38) . . T
: 36 PHE I C 5.88 ( 6.83) . . T
: 37 GLY I O 5.13 ( 4.27) . . T
: 58 VAL I CG1 3.91 ( 6.31) . . T
: 59 TRP I O 4.81 ( 6.75) . . T [Het: HEM CGA - NE1 3.70]
: 60 ASN I ND2 4.37 ( 5.72) . . T
Site 5: 65 MET O SD 5.75 ( 7.70) . . T
: 88 LYS O NZ 3.40 ( 6.62) . . T
: 92 GLN O OE1 3.72 ( 7.27) . . T
: 19 THR I CG2 4.47 ( 6.95) . . T
: 21 GLU I OE2 5.90 (10.02) . . T
: 25 LYS I NZ 4.15 ( 5.94) . . T
: 27 LYS I NZ 2.98 ( 7.18) . . T
: 6 HOH I O 5.82 (-1.00) . . .
Site 6: 55 LYS I NZ 5.92 (11.48) . . T
: 66 GLU I OE1 4.76 ( 7.65) . . T
: 73 LYS I NZ 5.53 ( 7.65) . . T
: 74 TYR I CE1 5.24 ( 6.20) . . T
: 12 GLN I O 5.37 ( 7.51) . . T
: 13 LYS I CE 5.52 ( 5.26) . . T [Het: HEM CHC - O 4.00]
: 16 GLN I NE2 5.60 ( 9.69) . . T [Het: HEM CMC - CD 3.90]
: 82 PHE I CE2 4.34 ( 7.03) . . T [Het: HEM CBB - CD1 4.10]
: 12 HOH I O 4.41 (-1.00) . . .
: 16 HOH I O 4.11 (-1.00) . . .
Site 7: 5 LYS I O 4.65 ( 6.45) . . T
: 6 GLY I O 2.75 ( 3.09) . . T
: 7 LYS I O 5.94 ( 5.41) . . T
: 8 LYS I N 5.86 ( 6.64) . . T
: 9 THR I OG1 4.07 ( 4.39) . . T
: 10 PHE I CB 4.95 ( 4.86) . . T
: 85 ILE I CD1 5.81 ( 9.06) . . T [Het: HEM CBB - CD1 4.10]
: 90 GLU I O 3.98 ( 6.02) . . T
: 91 ARG I O 5.25 ( 5.96) . . T
: 93 ASP I O 3.97 ( 4.89) . . T
: 94 LEU I CD1 2.16 ( 2.13) . . T [Het: HEM CMB - CD2 4.00]
: 95 VAL I N 4.46 ( 5.78) . . T
: 97 TYR I CD2 5.22 ( 5.83) . . T
Site 8: 0 ACE O C 5.82 (-1.00) . . .
: 1 GLY O O 4.38 ( 4.17) . . .
: 2 ASP O N 5.78 ( 6.70) . . .
: 3 VAL O CG2 5.66 ( 7.16) . . .
: 61 ASN O ND2 5.14 ( 8.29) . . T
: 92 GLN O O 4.85 ( 6.67) . . T
: 95 VAL O O 5.52 ( 6.50) . . T
: 96 ALA O O 4.79 ( 3.54) . . T
: 97 TYR O N 5.76 ( 6.92) . . T
: 99 LYS O NZ 4.28 ( 7.04) . . T
: 58 VAL I CG1 5.81 ( 6.91) . . T
| PROTEIN: 5CYT CYTOCHROME C (ALBACORE, REDUCED)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINS FE(II):
Hev Atom conc.: 6.000 mM
Precip & conc.: 95.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.: SODIUM ASCORBATE
Comments : SODIUM ASCORBATE PREVENTS XL'S OXIDATION
Reference : DICKERSON et.al. 1981 :TAKANO et.al. 1973 :1977 :
pH 6.0 Soak time = 24.00 Hours Reference number = 121.01
Site 1: 36 PHE R CD1 5.46 ( 5.12) . . T
: 37 GLY R C 5.47 ( 3.97) . . T
: 58 VAL R CG1 5.87 ( 8.13) . . T
: 59 TRP R O 5.07 ( 7.41) . . T [Het: HEM CGA - NE1 3.40]
: 60 ASN R CG 5.90 ( 5.50) . . H
: 60 HOH R O 5.17 (-1.00) . . .
: 65 HOH R O 5.22 (-1.00) . . .
: 3 VAL R CG2 5.76 ( 7.28) . . .
: 27 HOH R O 4.38 (-1.00) . . .
: 43 HOH R O 5.72 (-1.00) . . .
Site 2: 53 LYS R NZ 5.86 ( 7.92) . . H
: 83 HOH R O 5.87 (-1.00) . . .
: 3 VAL R CG1 3.76 ( 5.52) . . .
: 4 ALA R CB 4.69 ( 4.59) . . .
: 7 LYS R NZ 5.84 ( 6.99) . . .
: 97 TYR R CD1 5.87 ( 7.56) . . H
: 38 HOH R O 1.54 (-1.00) . . .
: 39 HOH R O 3.80 (-1.00) . . .
: 50 HOH R O 5.62 (-1.00) . . .
: 79 HOH R O 1.61 (-1.00) . . .
Site 3: 70 ASN R CG 5.23 ( 7.58) . . H
: 72 LYS R NZ 3.25 ( 6.64) . . H
: 73 LYS R NZ 5.80 ( 4.32) . . H
: 25 HOH R O 5.21 (-1.00) . . .
: 44 GLU R OE1 2.56 ( 5.51) . . T
Site 4: 99 LYS R CD 4.92 ( 6.34) . . H
: 100 SER R N 5.79 ( 5.46) . . H
: 103 SER R OG 5.48 ( 7.47) . . T
: 6 HOH R O 5.53 (-1.00) . . .
: 28 HOH R O 5.80 (-1.00) . . .
: 31 HOH R O 2.79 (-1.00) . . .
: 65 HOH R O 5.79 (-1.00) . . .
: 66 HOH R O 4.13 (-1.00) . . .
: 99 LYS R CE 5.92 ( 6.08) . . H
: 100 SER R N 5.89 ( 5.75) . . H
: 103 SER R OG 4.89 ( 7.05) . . T
: 6 HOH R O 5.96 (-1.00) . . .
: 28 HOH R O 5.05 (-1.00) . . .
: 31 HOH R O 3.31 (-1.00) . . .
: 65 HOH R O 4.78 (-1.00) . . .
: 66 HOH R O 4.13 (-1.00) . . .