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ANALYSIS FOR DICHLOROETHYLENE DIAMINE PLATINUM (II) [PEF]
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Formula : PT1,H8,N2,C2,CL2
Solution chemistry: PT1,[H8,C2,N2]1,CL2 -0
All distances below are to the element PT [ platinum ]
| PROTEIN: 1RNS RIBONUCLEASE S
|
Hev Atom conc.: 2.000 mM
Precip & conc.: 3.200 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments :
Reference : WYCKOFF et.al. 1967 :
pH 8.0 Soak time = Hours Reference number = 130.01
Site 1: 59 SER OG 5.11 ( 5.23) . . T
: 14 ASP S OD1 4.15 ( 7.00) . . .
: 25 TYR CE1 5.51 ( 7.06) . . H
: 28 GLN CB 5.80 ( 6.73) . . H
: 29 MET SD 2.23 ( 4.72) . . H
: 32 SER OG 5.61 ( 7.32) . . H
: 33 ARG NH2 5.62 ( 8.30) . . H
Bound Ligands : CYA TWO OXYGEN ATOMS BOUND TO SG OF CYS-25.: NH4 AMMONIUM ION:
Hev Atom conc.: 100% SATURATION
Precip & conc.: 25.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.100 M SODIUM PHOSPHATE
Addict & conc.: 0.000 M
Comments : TEMP 4 C
Reference : BAKER et.al. 1976 :1977 :
pH 6.0 Soak time = 504.00 Hours Reference number = 42.01
Site 1: 69 TYR OH 5.85 ( 6.79) . s H
: 136 ALA CB 4.72 ( 6.07) . s E
: 160 VAL CG2 3.60 ( 5.80) . s T
: 211 MET SD 2.14 ( 5.67) . s T
: 20 HOH O 5.26 (-1.00) . . .
: 21 HOH O 3.93 (-1.00) . . .
: 25 HOH O 5.89 (-1.00) . . .
: 68 HOH O 4.74 (-1.00) . . .
: 75 HOH O 5.75 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 4.49 (-1.00) . . .
: 162 HOH O 4.27 (-1.00) . . .
: 249 HOH O 5.09 (-1.00) . . .
: 43 GLY O 5.77 ( 8.00) . . T
: 44 SER OG A 4.53 ( 5.06) . . T
: 45 LEU O 4.63 ( 5.64) . . T
Site 2: 68 GLY O 5.83 ( 8.00) . . T
: 69 TYR CE2 4.13 ( 5.33) . s H
: 70 ILE CD1 5.08 ( 6.31) . s H
: 136 ALA CB 4.45 ( 5.77) . s E
: 160 VAL CG2 4.95 ( 7.15) . s T
: 211 MET SD 2.11 ( 5.47) . s T
: 20 HOH O 3.36 (-1.00) . . .
: 21 HOH O 5.52 (-1.00) . . .
: 24 HOH O 4.67 (-1.00) . . .
: 52 HOH O 5.64 (-1.00) . . .
: 68 HOH O 5.91 (-1.00) . . .
: 75 HOH O 4.44 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 2.79 (-1.00) . . .
: 162 HOH O 3.63 (-1.00) . . .
: 212 HOH O 5.75 (-1.00) . . .
: 44 SER OG A 5.10 ( 5.97) . . T
Site 3: 19 GLN OE1 4.58 ( 8.62) . s T [Het: CYA OD1 - NE2 3.20]
: 23 GLY O 5.60 ( 5.35) . . T [Het: CYA OD1 - CA 3.70]
: 24 GLY N 5.91 ( 6.52) . . T [Het: CYA OD1 - N 3.80]
: 25 CYS SG 2.23 ( 4.63) . s T [Het: CYA OD1 - N 2.80]
: 26 TRP N 5.88 ( 7.12) . . T [Het: CYA OD2 - N 3.00]
: 161 ASP OD1 5.85 ( 6.09) . . T
: 162 HIS NE2 4.21 ( 3.58) . s E [Het: CYA OD1 - ND1 3.90]
: 163 ALA O 5.37 ( 5.70) . s E [Het: CYA OD2 - N 3.10]
: 184 TRP NE1 5.28 ( 9.20) . s T
: 1 CYA I OD1 2.17 (-1.00) . . .
: 77 HOH O 3.23 (-1.00) . . .
: 115 HOH O 5.73 (-1.00) . . .
: 201 HOH O 5.88 (-1.00) . . .
: 212 HOH O 5.49 (-1.00) . . .
: 214 HOH O 5.80 (-1.00) . . .
: 215 HOH O 3.94 (-1.00) . . .
: 216 HOH O 1.86 (-1.00) . . .
: 222 HOH O 4.75 (-1.00) . . .
: 223 HOH O 3.32 (-1.00) . . .
Site 4: 69 TYR CE2 5.46 ( 6.45) . s H
: 71 THR OG1 4.73 ( 6.27) . . H
: 115 ASN OD1 5.11 ( 7.67) . . T
: 211 MET SD 2.76 ( 5.05) . s T
: 213 SER OG 5.99 ( 7.24) . . T
: 20 HOH O 2.88 (-1.00) . . .
: 24 HOH O 3.52 (-1.00) . . .
: 51 HOH O 5.31 (-1.00) . . .
: 52 HOH O 2.84 (-1.00) . . .
: 75 HOH O 2.39 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 4.94 (-1.00) . . .
: 99 HOH O 4.33 (-1.00) . . .
: 152 HOH O 4.88 (-1.00) . . .
: 160 HOH O 3.06 (-1.00) . . .
: 209 HOH O 5.42 (-1.00) . . .
: 43 GLY O 5.21 ( 6.72) . . T
: 44 SER OG A 4.58 ( 5.17) . . T
| PROTEIN: 2YHX HEXOKINASE (YEAST) FORM BIII
|
Bound Ligands : OTG ORTHO-TOLUOYLGUCOSAMINE-SEE REMARK 7:
Hev Atom conc.: 5.000 mM
Precip & conc.: 70.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.040 M PHOSPHATE
Addict & conc.: 0.000 M O-TOLUOYLGLUCOSAMINE
Comments :
Reference : ANDERSON et.al. 1978 :STEITZ et.al. 1976 :
pH 7.0 Soak time = Hours Reference number = 253.02
Site 1: 7 UNK CD 3.01 ( 5.04) . . .
: 8 SER N 5.82 ( 6.52) . . .
: 11 GLU OE1 3.51 ( 6.78) . . .
Site 2: 162 UNK O 5.03 ( 7.21) . . .
: 163 LEU O 5.56 ( 5.93) . . .
: 165 LYS CE 5.68 ( 5.58) . . .
: 166 LEU O 5.02 ( 6.64) . . .
: 170 MET SD 3.28 ( 5.12) . . .
Site 3: 290 ARG NH2 4.91 ( 9.05) . . .
: 294 MET SD 4.49 ( 5.57) . . .
: 298 UNK CD 5.02 ( 7.72) . . .
: 311 UNK CG 4.66 ( 4.75) . . .
| PROTEIN: 4APE ACID PROTEINASE (ENDOTHIA PARASITICA)
|
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 2.700 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 2.000 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE
Addict & conc.: 10.000 % ACETONE
Comments :
Reference : JENKINS et.al. 1975 :1979 :
pH Soak time = Hours Reference number = 72.06
Site 1: 31 PHE CE1 4.21 ( 8.01) . . E
: 91 VAL CG1 4.46 ( 6.31) . . E
: 94 LEU CD2 5.68 ( 8.04) . . E
: 121 LEU CD2 5.02 ( 8.49) . . E
: 123 LEU CD1 4.49 ( 7.50) . . E
: 138 PHE CE1 5.99 ( 6.93) . . H
: 139 PHE CD2 5.56 ( 5.93) . . H
: 151 PHE CD1 5.52 ( 6.32) . . E
: 165 TYR CB 5.43 ( 6.45) . . E
: 166 ASN O 5.74 ( 6.60) . . E
: 167 PHE CE1 1.66 ( 5.21) . . E
Site 2: 282A SER OG 4.31 ( 6.16) . . E
: 249 HOH O 4.90 (-1.00) . . .
: 178 SER OG 5.90 ( 6.24) . . E
: 179 ILE O 4.54 ( 5.95) . . E
: 180 THR OG1 2.52 ( 3.67) . . E
: 181 TYR N 5.33 ( 6.71) . . E
: 261 VAL O 5.38 ( 7.64) . . E
: 263 SER OG 5.82 ( 5.84) . . T
: 264 ALA CB 4.73 ( 5.58) . . E
: 73 HOH O 5.30 (-1.00) . . .
: 74 HOH O 4.31 (-1.00) . . .
: 75 HOH O 2.96 (-1.00) . . .
: 76 HOH O 4.23 (-1.00) . . .
: 184 HOH O 2.44 (-1.00) . . .
: 185 HOH O 2.70 (-1.00) . . .
: 241 HOH O 5.09 (-1.00) . . .
: 265 HOH O 5.01 (-1.00) . . .
: 49 HOH O 5.87 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 4FXN FLAVODOXIN (CLOSTRIDIUM MP, SEMIQUINONE)
|
Bound Ligands : FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE PROSTHETIC GROUP:
Hev Atom conc.: 4.000 mM
Precip & conc.: 2.600 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.100 M PHOSPHATE
Addict & conc.:
Comments : SOAK TIME 4.0 TO 8.0 C. HA EXCHANGED FOR FRESH SOL
Reference : LUDWIG et.al. 1972 :
pH 6.8 Soak time = Hours Reference number = 252.01
Site 1: 56 MET SD 4.53 ( 5.44) . s T
: 57 GLY N 4.38 ( 4.90) . s T
: 62 GLU OE1 5.91 ( 6.29) . . T
: 63 GLU OE1 5.85 ( 6.62) . . T
: 1 FMN C6 5.20 (-1.00) . . .
Site 2: 1 MET SD 4.26 ( 2.96) . . E
: 2 LYS N 5.25 ( 6.63) . . E
: 28 LYS CG 5.27 ( 6.68) . . .
: 29 ASP O 3.95 ( 5.83) . . E
: 30 VAL N 5.84 ( 5.78) . . E
: 46 GLU OE1 4.51 ( 6.91) . . T
| PROTEIN: 4MDH MALATE DEHYDROGENASE
|
Bound Ligands : NAD NAD CO-ENZYME: SUL SULFATE:
Hev Atom conc.: 100% SATURATION
Precip & conc.: 70.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.100 M ACETATE
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : BIRKTOFT et.al. 1989 :TSERNOGLOU et.al. 1972 :
pH 5.0 Soak time = Hours Reference number = 115.01
Site 1: 73 GLU A OE1 5.14 ( 7.25) . . H
: 74 GLU A OE1 5.02 ( 7.56) . . H
: 192 HOH O 5.89 (-1.00) . . .
: 321 HOH O 5.87 (-1.00) . . .
Site 3: 43 THR A O 4.78 ( 6.80) . . T
: 44 PRO A O 4.27 ( 4.26) . . T
: 45 MET A N 5.52 ( 6.28) . . H
: 46 MET A N 5.86 ( 6.43) . . H
: 47 GLY A N 5.60 ( 6.07) . . H
: 105 HOH O 3.18 (-1.00) . . .
: 260 THR B O 5.58 ( 6.88) . . T
: 261 PRO B O 3.62 ( 5.71) . . T
: 262 GLU B OE1 4.01 ( 3.10) . . T
: 263 GLY B O 5.58 ( 3.56) . . T
: 264 GLU B O 5.00 ( 5.34) . . T
: 290 THR B CG2 5.57 ( 7.41) . . E
: 106 HOH O 5.18 (-1.00) . . .
: 303 HOH O 5.51 (-1.00) . . .
Site 4: 232 ALA A O 5.20 ( 7.21) . . H
: 233 VAL A CG1 5.93 ( 5.39) . . H
: 236 ALA A CB 3.41 ( 4.84) . . H
: 237 ARG A N 5.57 ( 6.48) . . H
: 47 GLY B O 3.93 ( 6.09) . . H
: 48 VAL B O 4.73 ( 5.73) . . H
: 49 LEU B O 4.44 ( 5.56) . . H
: 50 ASP B OD1 5.30 ( 2.76) . . H
: 51 GLY B O 3.42 ( 1.80) . . H
: 52 VAL B CB 5.96 ( 4.95) . . H
: 53 LEU B CD2 5.68 ( 5.07) . . H
: 54 MET B SD 3.78 ( 4.76) . . H
: 55 GLU B N 5.84 ( 7.07) . . H
: 228 HOH O 4.78 (-1.00) . . .
: 441 HOH O 4.39 (-1.00) . . .
Site 5: 17 TYR A OH 2.30 ( 5.48) . . T
: 52 VAL A CG1 4.75 ( 4.95) . . H
: 55 GLU A OE1 2.09 ( 6.20) . . H
: 237 ARG B NH1 4.04 ( 6.86) . . H
: 240 SER B O 4.90 ( 7.30) . . T
: 241 SER B C 5.60 ( 5.84) . . H
: 242 ALA B CB 5.73 ( 5.56) . . H
: 243 MET B SD 5.08 ( 4.97) . . H
: 244 SER B N 5.91 ( 7.19) . . H
: 111 HOH O 5.26 (-1.00) . . .
Site 6: 362 HOH O 2.77 (-1.00) . . .
Site 7: 95 MET B CE 5.48 ( 6.91) . . T
: 96 GLU B CD 5.63 ( 5.48) . . T
: 243 HOH O 5.69 (-1.00) . . .
: 244 HOH O 3.86 (-1.00) . . .
Site 8: 256 ILE B O 5.34 ( 7.68) . . H
: 257 TRP B O 5.71 ( 6.74) . . H
: 292 LYS B O 4.48 ( 5.98) . . E
: 293 ASP B OD1 4.48 ( 2.28) . . T
: 294 LYS B NZ 4.73 ( 3.68) . . T
: 295 THR B OG1 5.00 ( 6.10) . . E
: 375 HOH O 5.27 (-1.00) . . .
: 450 HOH O 4.27 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 6LDH LACTATE DEHYDROGENASE (DOGFISH)
|
Bound Ligands : SO4 SULFATE GROUP:
Hev Atom conc.: 2.500 mM
Precip & conc.:
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments : APO-ENZYME
Reference : ADAMS et.al. 1969 :1970 :WHITE et.al. 1976 :
pH Soak time = Hours Reference number = 218.01
Site 1: 179 GLY O 3.12 ( 4.90) . . T
: 180 VAL O 5.53 ( 4.81) . . T
: 181 HIS N 5.07 ( 5.85) . . T
: 347 HOH O 5.96 (-1.00) . . .
: 348 HOH O 5.33 (-1.00) . . .
: 358 HOH O 5.91 (-1.00) . . .
: 550 HOH O 5.56 (-1.00) . . .
: 551 HOH O 2.90 (-1.00) . . .
: 552 HOH O 2.63 (-1.00) . . .
: 645 HOH O 4.72 (-1.00) . . .
: 263 ASN O 5.23 ( 7.13) . . T
: 264 LEU O 4.55 ( 5.98) . . T
: 265 CYS SG 1.75 ( 3.91) . . E
: 291 VAL CG1 5.03 ( 7.39) . . E
: 292 LEU O 5.89 ( 7.60) . . E
: 293 ASN OD1 5.41 ( 6.63) . . T
: 298 SER OG 5.81 ( 7.79) . . T
: 18 ARG NH1 5.56 ( 9.99) . . T
: 369 HOH O 3.97 (-1.00) . . .
Site 2: 52 ASP OD1 5.64 ( 7.97) . . T
: 53 VAL CG2 5.00 ( 6.80) . . T
: 54 MET SD 1.82 ( 5.10) . . T
: 409 HOH O 5.01 (-1.00) . . .
: 419 HOH O 3.05 (-1.00) . . .
: 431 HOH O 5.89 (-1.00) . . .
: 445 HOH O 5.50 (-1.00) . . .
: 446 HOH O 2.78 (-1.00) . . .