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ANALYSIS FOR IODINE [ILA]
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Formula : I2
Solution chemistry: [I3] -1 : [I]1 +1
All distances below are to the element I [ iodine ]
| PROTEIN: 1REI IMMUNOGLOBIN B-J FRAGMENT (V-DIMER) REI
|
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 0.000 M
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : EPP et.al. 1974 :
pH Soak time = Hours Reference number = 34.06
Site 1: 31 LYS A NZ 4.41 ( 9.04) . . T
: 32 TYR A CE1 5.48 ( 8.40) . s T
: 49 TYR A OH 3.79 ( 8.66) . s E
: 50 GLU A OE1 3.10 ( 6.60) . . E
: 255 HOH O 3.24 (-1.00) . . .
: 59 PRO B CB 5.80 ( 6.28) . . T
: 61 ARG B CD 5.72 ( 8.02) . . T
: 79 GLN B AE1 5.61 ( 9.75) . . T
: 252 HOH O 2.51 (-1.00) . . .
Site 2: 31 LYS B NZ 2.44 ( 4.53) . . T
: 32 TYR B OH 4.32 ( 3.97) . s T
: 33 LEU B N 5.57 ( 6.98) . . T
: 49 TYR B OH 5.78 ( 7.79) . s E
: 50 GLU B OE1 3.48 ( 4.48) . . E
: 91 TYR B OH 3.60 ( 8.52) . s T
Site 3: 49 TYR A OH 4.27 (10.43) . s E
: 94 LEU B CD1 5.93 ( 8.10) . s T
: 96 TYR B OH 5.57 (11.25) . s T
: 258 HOH O 4.41 (-1.00) . . .
: 269 HOH O 4.93 (-1.00) . . .
: 59 PRO B O 5.98 ( 5.74) . . T
: 60 SER B OG 1.48 ( 3.67) . . T
: 61 ARG B CD 5.46 ( 4.92) . . T
: 252 HOH O 5.22 (-1.00) . . .
Site 5: 34 ASN A CG 5.83 ( 7.76) . s E
: 36 TYR A OH 5.66 (11.56) . s E
: 89 GLN A CD 4.34 ( 7.46) . s E
: 90 GLN A O 5.41 ( 7.02) . . T
: 91 TYR A CE1 5.31 ( 4.43) . s T
: 96 TYR A OH 4.30 ( 6.00) . s T
: 34 ASN B AD2 4.98 ( 8.55) . s E
: 36 TYR B OH 5.01 (11.36) . s E
: 89 GLN B CD 5.98 ( 9.48) . s E
: 91 TYR B CB 5.99 ( 7.47) . s T
: 96 TYR B CE2 5.35 ( 8.98) . s T
: 240 HOH O 1.56 (-1.00) . . .
Site 6: 94 LEU A CD2 5.79 ( 8.80) . s T
: 96 TYR A OH 3.66 ( 8.30) . s T
: 34 ASN B CG 4.63 ( 6.89) . s E
: 49 TYR B OH 3.72 ( 6.45) . s E
: 50 GLU B N 5.89 ( 6.59) . . E
: 91 TYR B OH 3.44 ( 6.18) . s T
: 240 HOH O 3.98 (-1.00) . . .
Site 7: 49 TYR A OH 4.39 ( 9.88) . s E
: 50 GLU A OE2 5.53 ( 9.08) . . E
: 94 LEU B CD1 5.82 ( 9.03) . s T
: 255 HOH O 5.95 (-1.00) . . .
: 59 PRO B CD 5.97 ( 4.00) . . T
: 60 SER B OG 3.56 ( 4.26) . . T
: 61 ARG B NH1 5.20 ( 4.45) . . T
: 62 PHE B N 6.00 ( 7.40) . . T
: 79 GLN B CD 5.88 ( 9.06) . . T
: 252 HOH O 2.38 (-1.00) . . .
Site 9: 19 VAL A O 5.69 ( 8.05) . . E
: 20 THR A OG1 4.89 ( 5.91) . . E
: 63 SER A OG 4.57 ( 5.30) . . E
: 64 GLY A C 5.50 ( 5.30) . . E
: 65 SER A OG 5.04 ( 6.38) . . E
: 72 THR A OG1 6.00 ( 5.31) . . E
: 73 PHE A O 4.15 ( 4.32) . . E
: 74 THR A OG1 1.38 ( 2.97) . . E
: 75 ILE A N 5.15 ( 6.43) . . E
: 247 HOH O 4.85 (-1.00) . . .
Site A: 18 ARG A NH1 4.23 ( 4.92) . . T
: 19 VAL A CG1 5.41 ( 3.56) . . E
: 20 THR A OG1 1.50 ( 2.54) . . E
: 21 ILE A N 4.94 ( 6.32) . . E
: 73 PHE A O 5.42 ( 7.69) . . E
: 74 THR A OG1 4.88 ( 5.41) . . E
: 75 ILE A O 5.89 ( 6.91) . . E
: 20 THR B OG1 5.96 ( 7.16) . . E
: 22 THR B CG2 5.40 ( 7.53) . . E
| PROTEIN: 2APR ACID PROTEINASE (RHIZOPUS CHINENSIS)
|
Bound Ligands : CA CALCIUM ION:
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 0.000 M
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : SUBRAMANIAN et.al. 1976 :
pH Soak time = Hours Reference number = 56.04
Site 1: 38 SER OG 5.37 ( 6.33) . . T
: 39 SER O 3.76 ( 4.48) . . T
: 40 ASP OD1 3.19 ( 1.02) . . E
: 41 LEU O 4.82 ( 3.92) . . E
: 42 TRP NE1 5.70 ( 5.48) . . E
: 75 ILE CD1 4.67 ( 7.85) . . E
: 77 TYR OH 5.11 (10.51) . . T
: 105 GLU OE1 3.80 ( 7.10) . . E
: 122 LEU O 5.52 ( 6.90) . . E
: 124 GLY N 5.24 ( 5.34) . . E
: 132 THR OG1 5.86 ( 6.79) . . T
: 503 HOH O 4.68 (-1.00) . . .
: 505 HOH O 4.52 (-1.00) . . .
: 508 HOH O 4.57 (-1.00) . . .
: 510 HOH O 3.16 (-1.00) . . .
: 527 HOH O 5.16 (-1.00) . . .
: 589 HOH O 4.81 (-1.00) . . .
Site 2: 4 GLY O 4.89 ( 6.52) . . T
: 6 VAL CG1 5.18 ( 5.72) . . E
: 34 PHE CE1 5.48 ( 7.60) . . E
: 94 LEU CD1 3.67 ( 5.78) . . E
: 125 LEU CD1 5.71 ( 8.87) . . T
: 154 PHE CB 5.79 ( 7.02) . . E
: 169 TYR CE2 5.65 ( 5.24) . . E
: 170 ILE C 5.45 ( 5.80) . . E
: 171 PHE CE1 0.66 ( 5.10) . . E
Site 3: 543 HOH O 4.93 (-1.00) . . .
: 583 HOH O 4.42 (-1.00) . . .
: 735 HOH O 3.61 (-1.00) . . .
: 757 HOH O 3.97 (-1.00) . . .
Site 4: 4 GLY O 5.08 ( 5.93) . . T
: 5 THR CG2 5.84 ( 4.42) . . E
: 6 VAL CG1 2.63 ( 2.21) . . E
: 7 PRO CD 3.95 ( 5.57) . . E
: 20 GLN O 4.44 ( 6.33) . . E
: 34 PHE CE2 5.87 (10.66) . . E
: 94 LEU CD1 5.50 ( 5.32) . . E
: 95 GLY O 5.41 ( 3.36) . . T
: 96 GLY N 5.72 ( 7.10) . . T
: 169 TYR O 5.19 ( 6.82) . . E
: 171 PHE CE1 5.79 ( 8.27) . . E
: 575 HOH O 3.33 (-1.00) . . .
: 674 HOH O 5.72 (-1.00) . . .
: 725 HOH O 3.33 (-1.00) . . .
: 750 HOH O 4.72 (-1.00) . . .
: 800 HOH O 5.47 (-1.00) . . .
Site 5: 562 HOH O 4.58 (-1.00) . . .
: 249 THR OG1 5.81 ( 6.33) . . E
: 252 CYS SG 5.83 ( 7.82) d . T
: 279 GLU OE2 5.87 ( 5.31) . . E
: 280 GLU CG 5.72 ( 4.13) . . E
: 281 PHE CG 5.99 ( 4.59) . . E
: 283 GLY C 5.66 ( 6.63) . . T
: 284 GLN OE1 5.88 ( 3.74) . . E
: 285 CYS SG 4.88 ( 2.74) d . E
: 286 ILE CD1 3.46 ( 3.76) . . E
: 603 HOH O 5.51 (-1.00) . . .
: 773 HOH O 5.71 (-1.00) . . .
Site 6: 652 HOH O 1.63 (-1.00) . . .
: 707 HOH O 3.99 (-1.00) . . .
: 828 HOH O 3.18 (-1.00) . . .
: 204 VAL CG1 5.25 ( 5.16) . . E
: 205 GLY O 4.57 ( 3.07) . . T
: 206 THR OG1 3.44 ( 3.93) . . T
: 207 SER OG 4.20 ( 4.85) . . E
: 258 LYS CE 5.07 ( 7.54) . . T
: 635 HOH O 5.37 (-1.00) . . .
: 665 HOH O 2.44 (-1.00) . . .
: 688 HOH O 5.99 (-1.00) . . .
: 741 HOH O 4.40 (-1.00) . . .
: 758 HOH O 4.86 (-1.00) . . .
: 849 HOH O 4.48 (-1.00) . . .
Site 7: 150 SER OG 2.93 ( 4.04) . . T
: 151 ARG NE A 4.89 ( 3.83) . . T
: 172 GLY O 5.41 ( 6.91) . . T
: 601 HOH O 4.73 (-1.00) . . .
: 657 HOH O 5.64 (-1.00) . . .
: 776 HOH O 4.80 (-1.00) . . .
Site 8: 149 ILE C 5.55 ( 5.64) . . T
: 150 SER OG 3.28 ( 5.08) . . T
: 151 ARG N 5.37 ( 6.36) . . T
: 172 GLY O 3.49 ( 4.99) . . T
: 173 GLY N 5.55 ( 5.73) . . T
: 601 HOH O 2.27 (-1.00) . . .
: 776 HOH O 2.29 (-1.00) . . .
Site 9: 828 HOH O 5.98 (-1.00) . . .
: 842 HOH O 5.32 (-1.00) . . .
: 854 HOH O 4.99 (-1.00) . . .
: 205 GLY C 5.64 ( 6.02) . . T
: 206 THR OG1 4.35 ( 5.06) . . T
: 745 HOH O 5.88 (-1.00) . . .
: 762 HOH O 5.46 (-1.00) . . .
: 839 HOH O 5.65 (-1.00) . . .
Site A: 679 HOH O 4.46 (-1.00) . . .
: 870 HOH O 3.63 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 4APE ACID PROTEINASE (ENDOTHIA PARASITICA)
|
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 2.700 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 10.000 % ACETONE
Comments :
Reference : JENKINS et.al. 1975 :1979 :
pH Soak time = Hours Reference number = 72.04
Site 1: 3 THR OG1 5.47 ( 7.52) . . E
: 162 PRO CG 5.55 ( 7.27) . . E
: 22 HOH O 4.31 (-1.00) . . .
: 289 SER OG 4.62 ( 6.05) . . E
: 294 SER O 4.95 ( 5.70) . . E
: 295 ALA O 3.39 ( 3.19) . . T
: 296 GLY O 5.15 ( 2.82) . . T
: 297 ILE N 4.97 ( 6.43) . . T
: 4 HOH O 1.85 (-1.00) . . .
: 11 HOH O 5.61 (-1.00) . . .
: 120 HOH O 5.42 (-1.00) . . .
: 245 HOH O 4.02 (-1.00) . . .
Site 2: 228 VAL O 5.96 ( 8.15) . . H
: 232 TRP NE1 5.67 ( 4.38) . . H
: 233 ALA N 5.11 ( 5.83) . . H
: 235 VAL O 5.79 ( 7.20) . . T
: 237 GLY O 5.86 ( 7.15) . . T
: 238 ALA O 2.91 ( 3.70) . . E
: 238A LYS CG 5.77 ( 3.34) . . E
: 239 SER CB 5.31 ( 4.96) . . E
: 246 TYR OH 4.75 ( 4.99) . . E
: 247 VAL O 4.88 ( 6.45) . . E
: 109 HOH O 4.20 (-1.00) . . .
: 113 HOH O 4.52 (-1.00) . . .
: 206 HOH O 3.34 (-1.00) . . .
: 272 HOH O 4.90 (-1.00) . . .
Site 3: 30 ASP OD1 4.77 ( 5.42) . . E
: 31 PHE O 4.56 ( 4.99) . . E
: 32 ASP OD1 3.05 ( 2.75) . s E
: 33 THR N 4.94 ( 6.17) . . E
: 34 GLY N 5.62 ( 6.31) . . T
: 35 SER OG 3.36 ( 5.41) . . T
: 37 ASP O 5.82 ( 7.62) . . E
: 75 TYR OH 5.24 ( 8.97) . . E
: 120 LEU CD1 4.88 ( 4.81) . . E
: 121 LEU O 4.65 ( 5.58) . . E
: 122 GLY N 5.09 ( 4.92) . . E
: 215 ASP OD2 5.95 ( 8.26) . s E
: 217 GLY O 5.83 ( 4.71) . . T
: 2 HOH O 4.89 (-1.00) . s .
: 34 HOH O 4.72 (-1.00) . . .
: 200 HOH O 5.92 (-1.00) . . .
: 258 HOH O 5.81 (-1.00) . . .
Site 4: 29 LEU O 5.28 ( 5.03) . . E
: 30 ASP OD1 3.94 ( 2.83) . . E
: 31 PHE O 5.93 ( 5.28) . . E
: 32 ASP OD2 5.88 ( 5.92) . s E
: 117 ILE CD1 5.53 ( 6.55) . . E
: 119 GLY O 2.82 ( 4.78) . . E
: 120 LEU CD1 2.80 ( 2.70) . . E
: 121 LEU O 5.98 ( 5.54) . . E
: 200 HOH O 5.89 (-1.00) . . .
: 258 HOH O 5.91 (-1.00) . . .
Site 5: 125 HOH O 3.76 (-1.00) . . .
: 126 HOH O 4.74 (-1.00) . . .
: 128 HOH O 3.99 (-1.00) . . .
: 280 HOH O 5.88 (-1.00) . . .
: 281 HOH O 5.81 (-1.00) . . .
: 286 HOH O 5.50 (-1.00) . . .
: 345 HOH O 3.01 (-1.00) . . .
Site 6: 4 THR OG1 5.93 ( 8.08) . . E
: 14 TYR O 4.11 ( 5.74) . . E
: 15 ILE N 5.96 ( 5.94) . . E
: 16 THR OG1 5.26 ( 6.78) . . E
: 29 LEU O 4.49 ( 6.28) . . E
: 30 ASP OD1 2.96 ( 3.29) . . E
: 31 PHE CE1 5.96 ( 1.92) . . E
: 32 ASP CB 5.10 ( 4.32) . s E
: 33 THR N 5.89 ( 7.20) . . E
: 121 LEU O 5.18 ( 6.39) . . E
: 165 TYR OH 4.49 ( 9.23) . . E
: 216 THR OG1 4.38 ( 5.93) . . E
: 217 GLY N 5.82 ( 5.78) . . T
: 26 HOH O 3.86 (-1.00) . . .
: 27 HOH O 2.53 (-1.00) . . .
: 28 HOH O 2.70 (-1.00) . . .
Site 7: 228 VAL CG1 2.97 ( 5.35) . . H
: 229 SER N 5.88 ( 6.43) . . H
: 232 TRP NE1 3.34 ( 6.25) . . H
: 239 SER OG 5.18 ( 5.95) . . E
: 245 GLY O 5.88 ( 5.49) . . E
: 246 TYR OH 4.53 ( 3.70) . . E
: 247 VAL N 5.92 ( 7.14) . . E
: 287 ILE O 3.43 ( 5.82) . . E
: 288 GLN OE1 3.32 ( 4.17) . . E
: 289 SER CB 5.62 ( 5.62) . . E
: 3 HOH O 5.61 (-1.00) . . .
: 121 HOH O 3.99 (-1.00) . . .
Site 8: 125 HOH O 4.08 (-1.00) . . .
: 128 HOH O 3.21 (-1.00) . . .
: 176 HOH O 5.88 (-1.00) . . .
: 349 HOH O 3.23 (-1.00) . . .
: 345 HOH O 5.16 (-1.00) . . .
Site 9: 7 ILE CD1 4.20 ( 6.85) . . E
: 13 ALA O 5.60 ( 4.58) . . E
: 14 TYR O 4.83 ( 5.84) . . E
: 15 ILE CG2 4.50 ( 6.16) . . E
: 30 ASP OD1 4.60 ( 5.01) . . E
: 114 ASP OD1 5.75 ( 7.01) . . T
: 116 THR OG1 4.84 ( 6.56) . . T
: 117 ILE CD1 1.24 ( 4.58) . . E
: 26 HOH O 5.66 (-1.00) . . .
: 150 HOH O 4.48 (-1.00) . . .
: 200 HOH O 4.61 (-1.00) . . .
: 258 HOH O 5.93 (-1.00) . . .
Site A: 140 ASP O 5.21 ( 6.31) . . H
: 143 LYS NZ 5.08 ( 7.08) . . H
: 171 HOH O 5.92 (-1.00) . . .
: 350 HOH O 5.69 (-1.00) . . .